计算化学公社

标题: CP2K计算MD的耗时问题 [打印本页]

作者
Author: chands 时间: 2022-5-12 15:29
标题: CP2K计算MD的耗时问题
各位老师，初学CP2K，但是要跑一批吸附和表面反应的分子动力学，用了216(或108）个水分子的盒子。测试算例是一个NH3分子放在水盒子（216 H2O)上方模拟吸附过程，CP2K 8 psmp, 用了Quickstep, BLYP-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH, CUTOFF=300 Ry, REL_CUTOFF 40 Ry, 加两个方向的周期性边界条件, 开OT，outer_SCF。用1 fs的步长，在超算上两个节点共48核跑，每算一步（1 fs)要35秒时间左右。目测要跑30 ps以上才能看到反应。请问这个耗时算正常吗，我要跑快一点，是不是要上QMMM，或者用其他方法/基组？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-12 20:33
没什么显著异常
想更快可以考虑GFN1-xTB

作者
Author: chands 时间: 2022-5-12 21:26

sobereva 发表于 2022-5-12 20:33
没什么显著异常
想更快可以考虑GFN1-xTB

谢谢社长。GFN1-xTB的确快很多很多，只是我的反应物可以与水反应，至少在反应区域和附近，不好用GFN1-xTB。另外我翻了CP2K版的老帖子，xTB算水有算成冰结构的风险。http://bbs.keinsci.com/thread-28721-1-1.html。能否在反应区域（表面）用BLYP-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH，在其他区域用个好一点的水模型？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-14 11:12

chands 发表于 2022-5-12 21:26
谢谢社长。GFN1-xTB的确快很多很多，只是我的反应物可以与水反应，至少在反应区域和附近，不好用GFN1-xTB ...

两个量子化学级别在CP2K里没法组合
QM/MM虽然看似可以组合QM和MM，但水是不断运动的，没法确保始终都是对表面吸附反应部分的水用QM描述
虽然GFN1-xTB描述体相水并非很理想，但不代表这个问题会影响你研究当前的问题
GFN-xTB是理论，xtb是程序，应当区分清楚

作者
Author: chands 时间: 2022-5-14 11:28

sobereva 发表于 2022-5-14 11:12
两个量子化学级别在CP2K里没法组合
QM/MM虽然看似可以组合QM和MM，但水是不断运动的，没法确保始终都是 ...

谢谢社长。我也发现水分子动得很快，不好指定QM区域。用GFN1-xTB算同一体系，速度快15倍左右，先试一试结果好不好。

作者
Author: zblxyrz 时间: 2022-5-15 19:36

sobereva 发表于 2022-5-14 11:12
两个量子化学级别在CP2K里没法组合
QM/MM虽然看似可以组合QM和MM，但水是不断运动的，没法确保始终都是 ...

我要是编个脚本运行一段DFT运行一会儿xTB，交替进行，应该可以显著加速模拟过程吧，只是如果您作为审稿人，会对这种方法提出质疑么？

作者
Author: chands 时间: 2022-5-15 19:45

zblxyrz 发表于 2022-5-15 19:36
我要是编个脚本运行一段DFT运行一会儿xTB，交替进行，应该可以显著加速模拟过程吧，只是如果您作为审稿人 ...

如果MD跑到反应的时刻，反应还没完，级别就变了，这就说不清楚了。

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