计算化学公社

标题: 请问二价锌离子和油胺是几配位 [打印本页]

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-5-12 21:45
标题: 请问二价锌离子和油胺是几配位
锌离子通常有4、5、6配位，那怎样确定和油胺的配位数？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-12 22:34
算每步配位反应的自由能，如果加到第N+1个油胺的时候自由能不降反升，那配位数就是N。注意恰当考虑构象搜索以及溶剂化问题

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-5-14 20:03

wzkchem5 发表于 2022-5-12 22:34
算每步配位反应的自由能，如果加到第N+1个油胺的时候自由能不降反升，那配位数就是N。注意恰当考虑构象搜索 ...

好的谢谢

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-5-18 16:22

wzkchem5 发表于 2022-5-12 22:34
算每步配位反应的自由能，如果加到第N+1个油胺的时候自由能不降反升，那配位数就是N。注意恰当考虑构象搜索 ...

借楼追问一下。老师您的意思是从一个油胺开始，计算自由能G（Zn2+和N个油胺配位的构型）+ G（单个油胺）和 G（Zn2+和N+1个油胺配位的构型），如果某一步后者大于前者，则说明Zn2+的配位数是N对吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-18 16:43

wudiazhu 发表于 2022-5-18 09:22
借楼追问一下。老师您的意思是从一个油胺开始，计算自由能G（Zn2+和N个油胺配位的构型）+ G（单个油胺） ...

对

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-5-18 16:48

wzkchem5 发表于 2022-5-18 16:43
对

好的，感谢老师！

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-5-22 17:01
本帖最后由 wudiazhu 于 2022-5-22 17:03 编辑

作者
Author: ChemG 时间: 2022-5-22 17:45

wudiazhu 发表于 2022-5-22 17:01
**** 本内容被作者隐藏 ****

cation-pi相互作用吗？相比较而言两个羟基的螯合作用应该会更强吧。按你现在的模型，水多了肯定会空间位阻加大。为啥左边的结构水都在一侧，这样肯定空间位阻比较大。避免自己摆可以参考：使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-22 17:48

wudiazhu 发表于 2022-5-22 10:01
**** 本内容被作者隐藏 ****

不能简单在Pb的周围放置水，必须用molclus等软件做构型搜索，取最稳定的配位结构来算。如果不这样做的话，就像你说的，人为因素太大了，结果不能用

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-5-22 18:19
本帖最后由 wudiazhu 于 2022-5-22 18:26 编辑

wzkchem5 发表于 2022-5-22 17:48
不能简单在Pb的周围放置水，必须用molclus等软件做构型搜索，取最稳定的配位结构来算。如果不这样做的话 ...

感谢老师答复。您的意思是对每一个配位数，比如个3个水，构建n个“有机分子-Pb2+-3个水”的团簇，对每个团簇优化，取这n个团簇里自由能最低的一个作为此配位数下的自由能对吗？感觉工作量大起来了，每种配位数取5个团簇够说服力了么.....

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-5-22 18:34

ChemG 发表于 2022-5-22 17:45
cation-pi相互作用吗？相比较而言两个羟基的螯合作用应该会更强吧。按你现在的模型，水多了肯定会空间位 ...

感谢您的建议。是cation-pi作用，其实之前有试过比较两个羟基螯合和苯上方的结合能差异，发现两个羟基螯合位点结合能力不如在苯上方的位点，因为和羟基螯合的时候，Pb2+与有机分子处同一平面上，且两个羟基的氢会摆向两侧，所以可能计算结合能时还有很大因素是由于我的有机分子发生了构型的转变，所以现在就先考虑了苯上方的位置。不过那时用的是单独的Pb2+，没有考虑周围的水。我后面试着用genmer+molclus试试吧，谢谢您。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-22 18:56

wudiazhu 发表于 2022-5-22 11:19
感谢老师答复。您的意思是对每一个配位数，比如个3个水，构建n个“有机分子-Pb2+-3个水”的团簇，对每个 ...

molclus可以自动确定需要构建的团簇数目。另外可以在xTB等很便宜的理论级别下做初步的优化，取xTB级别下最稳定的几十个结构算DFT单点，再取DFT单点能量最低的几个结构做DFT优化、加大基组算单点能，最后再取DFT能量最低的那个算频率。这么算下来其实计算量并不大。

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-5-22 19:16

wzkchem5 发表于 2022-5-22 18:56
molclus可以自动确定需要构建的团簇数目。另外可以在xTB等很便宜的理论级别下做初步的优化，取xTB级别下 ...

行，感谢老师的建议！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)