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标题: 已解决：使用CO2 EPM2模型LINCS WARNING导致模拟崩溃 [打印本页]

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-5-14 11:36
标题: 已解决：使用CO2 EPM2模型LINCS WARNING导致模拟崩溃
本帖最后由五月雨于 2022-5-17 16:21 编辑

请问各位老师，我在NPT下模拟纯CO2体系计算平衡密度，使用的是EPM2模型，模拟刚开始就出现too many Lincs warning的错误，尝试把步长设置到1fs，constraints设置为none，仍然会崩溃。
LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000769, max 0.018196 (between atoms 865 and 867)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
865 866 30.8 0.1165 0.1168    0.1149

我尝试在相同条件下使用别的CO2模型数据，使用相同的CO2结构，相同的体系，相同的top、mdp文件，仅仅是CO2 itp文件不同，步长即使是2fs，模拟也一直很平稳。

我使用的EPM2模型的itp文件是sob老师在过往帖子里提供的：
[ atomtypes ]
; name    at.num mass    charge  ptype    sigma epsilon
C_EPM2       6    12.01    0.0000 A    0.2757 0.23388
O_EPM2       8    16.00    0.0000 A    0.3033 0.66937

[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
CO2             3

[ atoms ]
; id  at type    res nr  res name  at name cg nr    charge mass
1  C_EPM2       1    CO2          C       1    0.6512  12.01000
2  O_EPM2       1    CO2             O1       1    -0.3256  16.00000
3  O_EPM2       1    CO2             O2       1    -0.3256  16.00000

[ constraints ]
1 2 1 0.1149
1 3 1 0.1149

[ angles ]
; i    j    k    funct angle force.c.
  2    1    3       1    180    1236

是不是我mdp文件某些设置不合理导致的？
npt.mdp：
integrator  = md
nsteps    = 50000000
dt       = 0.002
;
nstxout    = 500
nstvout    = 500
nstenergy = 500
nstlog    = 500
energygrps  = system
;
continuation = no
constraint_algorithm = lincs
constraints    = h-bonds
lincs_iter    = 1
lincs_order    = 4
;
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid
nstlist       = 10
rcoulomb       = 1.4
rvdw          = 1.4
;
coulombtype    = PME
pme_order    = 4
fourierspacing  = 0.16
;
tcoupl    = V-rescale
tc-grps    = system
tau_t    = 0.2
ref_t    = 333.15
;
pcoupl    = Berendsen
pcoupltype  = isotropic
tau_p    = 0.5
ref_p    = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
pbc       = xyz
;
DispCorr = EnerPres
;
gen_vel    = no
gen_temp = 333.15
gen_seed = -1

[attach]49213[/attach][attach]49213[/attach][attach]49213[/attach][attach]49213[/attach]
所以想请问各位老师，为什么使用别的模型没事，使用EPM2模型就出问题？这个问题该怎么解决？
之前的几个体系模拟已经表明体系结构和拓扑文件没有问题，因此我尝试在低温情况下（100K）跑，模拟进行的很平稳（测试200K时也会崩溃）。
在mdp文件中加入了：
annealing             = single
annealing-npoints = 2
annealing-time    = 0 1000
annealing-temp    =0  333

之后多次测试模拟进行的都很顺利。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-14 11:53
本帖最后由牧生于 2022-5-14 15:42 编辑

我模拟CO2水合物都用的这个参数，没有问题。
因为气体占主要，所以你把DispCorr 设为 no试试呢？

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-5-14 12:17

牧生发表于 2022-5-14 11:53
我模拟CO2水合物都用的这个参数，没有问题。
因为气体占主要，所以你把DispCorr 设为 none试试呢？

好的，我试试

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-5-14 15:24

牧生发表于 2022-5-14 11:53
我模拟CO2水合物都用的这个参数，没有问题。
因为气体占主要，所以你把DispCorr 设为 none试试呢？

还是不行，一样的满屏的LINCS WARNING

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-14 16:07
我跑了一个纯CO2气体的盒子，在em这一步出现了很多LINCS WARNING，但em结束以后，再进行1bar下的NPT，跑起来是没有问题的。

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-5-14 16:35

牧生发表于 2022-5-14 16:07
我跑了一个纯CO2气体的盒子，在em这一步出现了很多LINCS WARNING，但em结束以后，再进行1bar下的NPT，跑起 ...

我在em的时候是没有出现过这种情况的，NPT时一直出现LINCS WARNING，但是有时并不直接崩溃，可以跑下来

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-5-15 14:41
尝试从0K慢慢升温333K，可能是升温过快导致的崩溃

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-5-15 21:31

高处裹棉被发表于 2022-5-15 14:41
尝试从0K慢慢升温333K，可能是升温过快导致的崩溃

好的，谢谢

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-5-17 09:21

五月雨发表于 2022-5-17 00:51
我比较小白，请问大佬有没有你说的慢慢升温的mdo文件，十分感谢

用mdp文件里的annealing退火设置，详情可以看手册

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