标题: sobtop可否实现根据assign_AT.dat指认原子类型，缺失的用GAFF/UFF的 [打印本页] 作者Author: liqhua 时间: 2022-5-14 18:12 标题: sobtop可否实现根据assign_AT.dat指认原子类型，缺失的用GAFF/UFF的 sobtop可否实现首先根据assign_AT.dat指认原子类型，缺失的用再用GAFF或UFF补充？ 作者Author: sobereva 时间: 2022-5-14 23:43
可以
指认原子类型那一步，你选过5 Assign atom types according to the rule in assign_AT.dat file之后，没有被指认原子类型的原子还是问号状态，你再选Assign UFF atom types for all undetermined atoms就行了。如果用GAFF作为assign_AT.dat的补充，就先选4 Assign AMBER atom types as much as possible再选5 Assign atom types according to the rule in assign_AT.dat file。