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标题: 使用Gaussian进行计算时，只需要把RWF放进高速硬盘就行了吗 [打印本页]

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Author: mfdsrax2 时间: 2022-5-15 00:09
标题: 使用Gaussian进行计算时，只需要把RWF放进高速硬盘就行了吗
本帖最后由 mfdsrax2 于 2022-5-15 00:12 编辑

购买了一块PCI-E的SSD，在进行CCSD(T)计算时，把RWF文件放在SSD上，其他保持默认，计算速度有所提升，但并不明显，跟http://sobereva.com/397相比差远了，用top命令看CPU有15%左右的wa；iostat命令查看读写，发现机械盘的使用率达到100%，SSD多数时候都是闲置，偶尔有个位数的使用率，是设置的问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-15 00:29
是
看看SSD上rwf文件尺寸多大

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2022-5-15 01:08

sobereva 发表于 2022-5-15 00:29
是
看看SSD上rwf文件尺寸多大

401GB

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2022-5-15 09:55
sda和dm-1是机械盘吧，使用率达到了100%，反倒是nvme的SSD没有使用率，还需要把高斯文件夹放入SSD吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-15 21:41
文件夹和硬盘对应的关系自己最清楚

Gaussian程序没必要放到SSD上

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2022-5-16 21:09
根据我的测试，把高斯文件夹放在机械盘（以下简称HDD）和固态硬盘（SSD）有明显的速度差异。
CCSD(T)的计算步骤可以分成四个部分，HF计算，CCSD预处理，CCSD计算和(T)计算。

首先HF计算上，SSD相比HDD提升明显，从8分钟降低到1分钟，不过这部分耗时相比后面的计算可以忽略。

CCSD预处理和CCSD计算上两种方法差异不大，SSD耗时35m+30h51m，HDD耗时38m+31h24m，SSD略快。从资源监视器来看，主要是CPU任务，偶尔有RWF的读写。

(T)计算差别较大，虽然现在还在算，但是已经能够感受到明显的差异了，HDD计算时机械盘狂转，系统非常卡顿。用资源管理器查看，CPU只有13核在计算（设置的24核并行），同时有10-20%的wa。wa代表waiting，即CPU等待IO，说明硬盘读写速度成了计算瓶颈。另外通过查看硬盘状态，发现机械盘的使用率达到100%，但SSD只有0%，说明这个时候主要是HDD在读写，SSD并没有工作。

把高斯移动到SSD后，计算(T)时有显著改变，SSD使用率拉满，虽然偶尔也有HDD的读写，但主要任务都落在SSD头上，同时CPU使用率也回归正常，wa只有0-5%，说明IO瓶颈被有效克服。
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高斯程序作为调用程序，存放在哪里对读写速度的影响是巨大的。首先，RWF文件并不是实时更新的，而是过一段时间更新一次，中间的数据估计是在内存里。只有读写RWF文件时SSD有使用率，也证明了这一点。如果仅仅把RWF文件存放在SSD上，那么只有读写RWF文件时速度加快，对整体计算的提升幅度有限。第二，不知道大家有没有注意，其实高斯文件夹是很大的，我这里将近12GB，即使只看实际执行的单个文件，比如CCSD(T)中用到的l913.exe也有126MB，24核同时读取这个文件中的内容，产生的读取量也是惊人的。所以要想进一步提高计算速度，还是需要把高斯文件夹放到SSD下面。

还要注意的是，即使把高斯文件夹移动到SSD下，机械盘时不时也有IO，而且使用率还不低，最高到74%，但并不持久，多数时候在50%以下。相比之前HDD时持续100%已经有了显著好转，而且系统也不卡顿，可以流畅运行。但是HDD使用率能否进一步降低，可能需要把系统也装在SSD上，之后有条件会测试。

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