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标题: 请问怎么把两个平衡好的体系放在一起？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-5-15 17:57
标题: 请问怎么把两个平衡好的体系放在一起？
各位老师好，我在相同温度，不同压力下用NPT系综预先平衡了一个纯聚合物box和一个超临界CO2+有机小分子（按一定比例）的box，

随后我想把这个聚合物box嵌入居中在超临界CO2+有机小分子的混合溶剂box，想请问该如何操作？

我先前查到用solvate命令可以填充纯溶剂分子，面对混合溶剂该如何操作？

另外想请问这个溶剂填充完毕后是否应先对聚合物做限制性动力学（类似蛋白质在水中），等周围的溶剂再次跑平衡了再做长时间动力学？

谢谢各位老师解答了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-15 22:21
solvate用混合溶剂的盒子填充空白区域应当也可以
也可以自行先把两部分的结构文件手动合并成一个，载入到VMD里，把聚合物挪到恰当的位置然后保存结构，保存时扣除和聚合物重叠的其它分子

没必要

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-5-15 22:43

sobereva 发表于 2022-5-15 22:21
solvate用混合溶剂的盒子填充空白区域应当也可以
也可以自行先把两部分的结构文件手动合并成一个，载入到V ...

谢谢sob老师回答，想再追问一下，那为什么蛋白质和水的体系会在solvate后对蛋白质做一步限制性动力学，与这里有什么区别？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-15 23:42

高处裹棉被发表于 2022-5-15 22:43
谢谢sob老师回答，想再追问一下，那为什么蛋白质和水的体系会在solvate后对蛋白质做一步限制性动力学，与 ...

那是为了避免和蛋白质有密切接触，甚至不合理接触的水，在模拟一开始把蛋白质结构弄坏。蛋白质的构象是极为关键的。

你当前的研究没这个问题。就算一开始的瞬间某些区域的个别聚合物的分子构象被环境分子瞬间不当地扰动了，之后MD跑起来也自然能复原。

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