计算化学公社

标题: Autodock中如何进行电荷的修改？ [打印本页]

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Author: 璀璨星空 时间: 2022-5-16 15:45
标题: Autodock中如何进行电荷的修改？
各位老师，我请教一个问题，我用来对接的配体分子在使用autodock计算电荷后，输出的pdbqt文件里的电荷总量是-0.002，如果我想让其中的一个N带一个正电荷我应该怎么操作呢？是直接在pdbqt文件里修改吗？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-5-17 12:46
Autodock是联合原子模型，质子化NH是不会联合掉的，换句话说就是你做配体的pdbqt文件时用的pdb或者mol2文件里N上有H就行

作者
Author: 璀璨星空 时间: 2022-5-17 14:39

喵星大佬发表于 2022-5-17 12:46
Autodock是联合原子模型，质子化NH是不会联合掉的，换句话说就是你做配体的pdbqt文件时用的pdb或者mol2文件 ...

非常感谢解答，老师的意思是，我在配体的pdb文件里直接在N上添加一个H就行了是嘛？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-5-17 18:48

璀璨星空发表于 2022-5-17 14:39
非常感谢解答，老师的意思是，我在配体的pdb文件里直接在N上添加一个H就行了是嘛？

是的，完了再确认一下pdbqt里的电荷，看看程序判对了没

作者
Author: 璀璨星空 时间: 2022-5-19 08:51

喵星大佬发表于 2022-5-17 18:48
是的，完了再确认一下pdbqt里的电荷，看看程序判对了没

非常感谢

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