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标题: 求助模拟离子通道时怎样在POPC磷脂层的一边加入固定浓度的Ca2+离子 [打印本页]

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Author: hongyi166_ 时间: 2022-5-16 22:40
标题: 求助模拟离子通道时怎样在POPC磷脂层的一边加入固定浓度的Ca2+离子
目前想先按照这篇nature communication2021年的文章“https://doi.org/10.1038/s41467-020-14573-w”进行复现（如下图），用CHARMM-GUI生成popc-ryr的体系问题：1.在计算中怎么设定跨膜电势？（文中提到是100mv）2.文中提到直接使用CHARMM-GUI形成的模型进行动力学模拟，无法观察到Ca离子的渗透，原因是Ga离子在默认的模型中与蛋白结合过于紧密，所以创新性的提出了6个结合位点的模型，那这6个位点在模拟的时候怎么才能规定呢？
3.怎么在膜两侧加入不同浓度的Ca离子呢，通过体积计算离子个数？还是有代码可以计算，求各位老师的指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-17 02:04
3 是

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Author: hongyi166_ 时间: 2022-5-17 22:10

sobereva 发表于 2022-5-17 02:04
3 是

谢谢老师，还想问老师，如果我用membed方法嵌入蛋白质，使用54A8膜力场平衡好的POPC拓扑文件，插入蛋白时，应该使用那个力场呢？水选择SPC可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-18 22:11

hongyi166_ 发表于 2022-5-17 22:10
谢谢老师，还想问老师，如果我用membed方法嵌入蛋白质，使用54A8膜力场平衡好的POPC拓扑文件，插入蛋白时 ...

54A8并不是膜力场，分清楚和膜力场54A8_v1之间的关系
用54A8_v1表现膜的时候就用54A8描述蛋白质
水还用SPC

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