计算化学公社

标题: 求助sobtop产生不了top文件 [打印本页]

作者
Author: thor 时间: 2022-5-17 21:05
标题: 求助sobtop产生不了top文件
各位老师好，想请教一下，我建的模型想用sobtop产生其拓扑文件，但是拖入之后没有具体的提示反馈如图所示。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-17 21:37
你这个似乎不是单一物质，而是一个建立好的盒子？如果是一整个盒子，参见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/ FAQ 4：

作者
Author: thor 时间: 2022-5-17 22:38

牧生发表于 2022-5-17 21:37
你这个似乎不是单一物质，而是一个建立好的盒子？如果是一整个盒子，参见 http://sobereva.com/soft/Sobtop ...

谢谢兄弟，是一种二维材料哎

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-18 01:48
我刚才在sobtop官网上更新了3.1(dev)，用这个版本，否则巨大体系没法处理

你的pdb文件本身有问题。很多原子在pdb文件里没有元素信息，最后一列是空着的，虽然sobtop对当前体系也能正确识别元素，但这种情况存在明显风险。而且，当前盒子信息不合理。pdb载入VMD，输入pbc box，会看到在盒子边界上的原子在等价的周期镜像位置上有另外的原子同时存在，相当于有原子重合了。

你的体系原子之间埃得太近，必须自定义sobtop目录下的bondcrit.dat文件，指定不同元素之间判断成键的距离阈值的下限和上限，而不能用默认的判断方式。否则Ti-Ti会被判断为成键。把sobtop.ini里的ioutatminfo设为1，在sobtop载入你的pdb文件后当前目录下就会出现atminfo.txt，从此文件里可以检查自动判断的连接关系是否是期望的，不合理就再改。

另外，你的体系只需要靠bond和angle项就足以描述，不需要考虑二面角项。建议把sobtop.ini里iskipgendih设为1，忽略产生本身没必要存在的二面角项，这样耗时会低得多。

作者
Author: thor 时间: 2022-5-18 09:13

sobereva 发表于 2022-5-18 01:48
我刚才在sobtop官网上更新了3.1(dev)，用这个版本，否则巨大体系没法处理

你的pdb文件本身有问题。很多 ...

好的，我试试，谢谢sobtop老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)