计算化学公社

标题: Sobtop 1.0(dev 3.1)发布 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-18 04:19
标题: Sobtop 1.0(dev 3.1)发布
灵活、方便的产生GROMACS拓扑文件的Sobtop 1.0(dev 3.1)今日发布，已可以在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop下载。

之前有人希望让Sobtop支持xtb产生的Hessian，因为xtb能对很大体系做振动分析。现在Sobtop 1.0(dev 3.1)在载入Hessian矩阵的地方已经可以用xtb做--ohess任务后在当前目录下产生的名为Hessian的文件作为这一步的输入文件了。

当然，别对GFN-xTB的Hessian的质量有太高期望，这只能算是聊胜于无。遇到DFT做振动分析实在搞不动的贼大体系可以试试。

另外，sobtop.ini里增加了iskipgendih选项，有些体系完全不需要靠二面角来描述（如很多无机固体），这种情况可以把此选项设1来忽略无用的二面角的产生，对体系特别大时能节约不少时间。sobtop.ini里还增加了ioutatminfo选项，设成1后，载入结构文件后原本在屏幕上显示的原子坐标和连接关系信息都会输出到当前目录下的atminfo.txt文件中便于检查。

Sobtop之前的版本会对产生的键角、二面角项按原子序号由小到大自动做排序，以便于用户检查。但对于含有十几、几十万angle、dihedral项的时候这一步极为耗时，由于重要性也不太高，所以新版本中当angle、dihedral项超过50000时会自动忽略排序。

作者
Author: hld888 时间: 2022-7-21 22:39
老师，我用sobtop老是出现这种信息，是怎么回事呢？

Loading atom information from .pdb file...
Error: Unable to determine element for atom 8! Please guarantee that this file records element information!
Press ENTER button to exit

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-22 20:12

hld888 发表于 2022-7-21 22:39
老师，我用sobtop老是出现这种信息，是怎么回事呢？
Loading atom information from .pdb file...
Er ...

输入文件有问题
检查pdb里定义元素那一列的信息。如果没有，手动补上，确保sobtop能正确判断元素。

作者
Author: hld888 时间: 2022-7-22 22:24
搞定了，原来是元素那一列部分元素有1+或1-的问题，谢谢老师。

作者
Author: huangjin 时间: 2022-7-27 00:17
我在进行第5个例子计算时，“例5：产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件”，提示我“Error: Calculation of MMFF94 atomic charges was failed! Perhaps because there are elements not supported by this method”，所使用文件就是软件包里面的，请问这个如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-27 01:50

huangjin 发表于 2022-7-27 00:17
我在进行第5个例子计算时，“例5：产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件”，提示我“Error: Calculati ...

没细节没法说
操作系统，使用步骤（sobtop输出的所有信息都拷到txt文件里上传），OpenBabel版本，都得交代得特别明确

作者
Author: huangjin 时间: 2022-8-4 08:52
我的操作系统是windows10，openbabel版本为OpenBabel-3.1.1，官网下载后按照默认步骤安装，使用了2台电脑都出现了同样问题，操作界面见附件。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-4 09:45

huangjin 发表于 2022-8-4 08:52
我的操作系统是windows10，openbabel版本为OpenBabel-3.1.1，官网下载后按照默认步骤安装，使用了2台电脑都 ...

手动在cmd下执行D:\Program Files\OpenBabel-3.1.1\obabel.exe "examples\polymer\Neoprene_40.mol2" -omolreport --partialcharge MMFF94 看显示什么

作者
Author: huangjin 时间: 2022-8-4 14:04

sobereva 发表于 2022-8-4 09:45
手动在cmd下执行D:\Program Files\OpenBabel-3.1.1\obabel.exe "examples\polymer\Neoprene_40.mol2" -om ...

已经找到原因了，应该“Program Files”文件夹名字中间有空格的原因，所有OpenBabel安装路径的文件夹的命名不应该有空格。感谢卢老师。

作者
Author: huangjin 时间: 2022-8-4 22:47
卢老师，我使用这个软件在windows10平台计算生成了丙烯酰胺和丙烯酸钠嵌段聚合物的gro、itp等文件，但是出现问题，1、itp文件总氧原子写成了C，但是gro文件中的正常，导致提示两个文件的原子不对应；2、在itp文件中的atom列相同原子没有用序号区分。由于无法上传超过500k的文件，因此itp文件只保留了一部分。请问是我哪里操作不对造成的吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-5 08:32

huangjin 发表于 2022-8-4 22:47
卢老师，我使用这个软件在windows10平台计算生成了丙烯酰胺和丙烯酸钠嵌段聚合物的gro、itp等文件，但是出 ...

文本编辑器打开25HPAM.mol2一看就知道原子名不对
氧原子这里写成C干嘛
4 C -5.90265 -0.202443 0 O.co2 1 C3H4O2 0

论坛首页公告栏和置顶的新社员必读贴都说了，较大文本型文件必须压缩后再上传

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-30 11:48
sobtop能不能实现对饱和氢原子以后的二氧化硅也进行傻瓜式的生成top呢？

我用附件中的1544734.cif，Multiwfn将其扩展为5×5×5的超胞。gv打开超胞以后自动加氢，得到了新的pdb文件。但是用sobtop去生成top时候（参照了二氧化硅的例子，依次选择1  5），就有些原子不能被识别。
Current atom types and meaning:
1Si: ?       Unknown
2O : O_bulk    O in bulk SiO2
3O : O_bulk    O in bulk SiO2
4Si: ?       Unknown
……
  800H : ?       Unknown
  801H : ?       Unknown
  802H : ?       Unknown

(, 下载次数 Times of downloads: 1)        (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-30 15:15

牧生发表于 2022-8-30 11:48
sobtop能不能实现对饱和氢原子以后的二氧化硅也进行傻瓜式的生成top呢？

我用附件中的1544734.cif，Mult ...

需要自己改写assign_AT.dat增加判断规则

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2022-8-30 16:23
不知道我的理解对不对：
在“例9：产生二氧化硅晶体的拓扑文件”里做了r0和σ的变换，原始文献Chem. Mater., 26, 2647 (2014)给的L-J方程是这样的形式E=ε[(σ/r)^12-2(σ/r)^6]。我的理解，该文献给出的σ，实际上应该就是r0才对，所以这个实例里有必要做r0和σ的变换吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-30 18:12

xiaoruoqiu 发表于 2022-8-30 16:23
不知道我的理解对不对：
在“例9：产生二氧化硅晶体的拓扑文件”里做了r0和σ的变换，原始文献Chem. Mater ...

文献里给的符号有误导性。不用转换

作者
Author: mol 时间: 2022-10-24 14:36
sob老师好，不知sobtop是否可以像Multiwfn一样可以再cmd里通过批处理的方式调用。
在其他目录运行会提示sobtop.ini不在当前文件夹

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-25 00:00

mol 发表于 2022-10-24 14:36
sob老师好，不知sobtop是否可以像Multiwfn一样可以再cmd里通过批处理的方式调用。
在其他目录运行会提示so ...

在sobtop目录下做批处理就完了

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-11-30 17:35
本帖最后由 GoldenBaby 于 2022-11-30 23:33 编辑

请问sob老师，Sobtop有没有考虑支持这种比较复杂的拓扑文件的产生？
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid227005

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2022-11-30 21:51
本帖最后由社会主义小战士于 2022-12-7 13:07 编辑

社长好，参照二茂铁这篇教程用Sobtop计算了二茂铁硅烷的参数，Si和Fe的原子类型用的UFF，CH用GAFF的，现在能量最小化可以正常跑完，但是做NVT时步长得调到0.0001才能算，同时键的约束=none，温度300K,这里现在只要升温或者改变步长就会报LINCS Warning，没办法使用2fs或者更高温度来跑，这个问题应该怎么解决呢？

是因为DFT计算过程泛函和基组设置不合理么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-1 05:24

GoldenBaby 发表于 2022-11-30 17:35
请问sob老师，Sobtop有没有考虑支持这种比较复杂的拓扑文件的产生？
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mo ...

sobtop主页上本身就有MOF的例子

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-1 05:25

社会主义小战士发表于 2022-11-30 21:51
社长好，参照二茂铁这篇教程用Sobtop计算了二茂铁硅烷的参数，Si和Fe的原子类型用的UFF，CH用GAFF的，现在 ...

量化计算级别没显著问题（lanl2DZ最好改为SDD），其它的没细节没法说。可以考虑的做法在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里都提了

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-12-1 09:44

sobereva 发表于 2022-12-1 05:24
sobtop主页上本身就有MOF的例子

抱歉，Sob老师我可能没解释清楚。我不是想单独模拟MOF，因为这篇文章讲的是一种由小分子模拟MOF成键过程（或者叫自组装更合适，这里面的键相对没有共价键那么强，可以理解为分子间相互作用），好像文中利用了虚拟点的概念（原文中表述为the cationic dummy atom method)，请问这种情况能用Sobtop直接产生拓扑文件吗？望不吝赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-1 09:51

GoldenBaby 发表于 2022-12-1 09:44
抱歉，Sob老师我可能没解释清楚。我不是想单独模拟MOF，因为这篇文章讲的是一种由小分子模拟MOF成键过程 ...

用sobtop照常产生小分子的拓扑文件
如果虚拟点是必须的，自己手动改sobtop产生的拓扑文件加上虚拟点

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2022-12-1 12:59
本帖最后由社会主义小战士于 2022-12-10 23:31 编辑

sobereva 发表于 2022-12-1 05:25
量化计算级别没显著问题（lanl2DZ最好改为SDD），其它的没细节没法说。可以考虑的做法在http://sobereva. ...

感谢社长的回复！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 02:44

社会主义小战士发表于 2022-12-1 12:59
感谢社长的回复！！！
又用Sobtop做了一个力场参数，结果可以跑！（4 使用内置的键参数，缺失项猜）
...

没细节没法判断
至少自行检查一下相应的力场参数是否在合理范围内

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-12-2 09:49

sobereva 发表于 2022-12-1 09:51
用sobtop照常产生小分子的拓扑文件
如果虚拟点是必须的，自己手动改sobtop产生的拓扑文件加上虚拟点

好的，感谢sob老师的回复。还有一个小问题，那个原帖里提到的gromacs中的table势，请问这个能直接用Sobtop产生吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-3 01:48

GoldenBaby 发表于 2022-12-2 09:49
好的，感谢sob老师的回复。还有一个小问题，那个原帖里提到的gromacs中的table势，请问这个能直接用Sobto ...

不能

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-12-3 09:59

sobereva 发表于 2022-12-3 01:48
不能

好的，感谢sob老师的解答

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2022-12-3 13:29
本帖最后由社会主义小战士于 2022-12-10 23:32 编辑

sobereva 发表于 2022-12-2 02:44
没细节没法判断
至少自行检查一下相应的力场参数是否在合理范围内

谢谢社长！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-4 01:02

社会主义小战士发表于 2022-12-3 13:29
谢谢社长！！！
TEST.itp（4 使用内置的键参数，缺失项猜）
MOL.itp（完全基 ...

那叫Hessian矩阵，非要说成中文也是海森，哪来的嗨森，没什么可嗨的

连具体的量化程序的输入文件、fch文件、给sobtop的mol2文件全都没有，什么结构都不知道，连接关系也无从检查，根本没法说
自行检查算出来的力常数的数量级，根据常识判断合理性，不合理的就不用

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2022-12-4 17:01
本帖最后由社会主义小战士于 2022-12-5 18:16 编辑

sobereva 发表于 2022-12-4 01:02
那叫Hessian矩阵，非要说成中文也是海森，哪来的嗨森，没什么可嗨的

连具体的量化程序的输入文件、fch ...

谢谢社长！！！

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-1-24 03:43
请问sob老师，sobtop产生的刚性二面角参数，如果想将之用于Amber，用Fourier级数在(-pi+theta_0,pi+theta_0)上展开谐振势，这样可行吗？主要是分子里的那个二面角几乎就是不能旋转的，既不能用Antechamber+parmchk2，又不太方便做扫描。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-24 07:27

Kalinite 发表于 2023-1-24 03:43
请问sob老师，sobtop产生的刚性二面角参数，如果想将之用于Amber，用Fourier级数在(-pi+theta_0,pi+theta_0 ...

amber我很长时间不用了，细节记不清。Amber里为什么不也用improper之类谐振势的二面角？至于用Fourier级数展开，只要二面角实际运动的范围是Fourier级数曲线与谐振势曲线重合程度比较好的地方，那也可以

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-1-25 00:52

sobereva 发表于 2023-1-24 07:27
amber我很长时间不用了，细节记不清。Amber里为什么不也用improper之类谐振势的二面角？至于用Fourier级 ...

amber貌似只支持普通周期形式的二面角参数，或者通过多项组合达到类似于Fourier级数的效果，没法用谐振势

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-1-25 01:31

Kalinite 发表于 2023-1-25 00:52
amber貌似只支持普通周期形式的二面角参数，或者通过多项组合达到类似于Fourier级数的效果，没法用谐振势

不可能的，Antechamber生成小分子的GAFF力场拓扑文件的时候芳香原子上就用的偕振室，照着改就好了

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-1-25 02:54

喵星大佬发表于 2023-1-25 01:31
不可能的，Antechamber生成小分子的GAFF力场拓扑文件的时候芳香原子上就用的偕振室，照着改就好了

antechamber -i ph.pdb -fi pdb -o ph.mol2 -fo mol2
parmchk2 -i ph.mol2 -f mol2 -o ph.frcmod -a y
这是我对一个苯分子产生的.frcmod，其中二面角部分如下：
DIHE
ca-ca-ca-ca 4 14.500    180.000          2.000
ca-ca-ca-ha 4 14.500    180.000          2.000
ha-ca-ca-ha 4 14.500    180.000          2.000
按照amber官网给出的文件格式，这里使用的应该是周期性形式，即： (PK/IDIVF) * (1 + cos(PN*phi - PHASE)) (http://ambermd.org/FileFormats.php)
官网和手册上都没提到二面角有谐振形式，应当怎么定义呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-25 09:03

Kalinite 发表于 2023-1-25 02:54
antechamber -i ph.pdb -fi pdb -o ph.mol2 -fo mol2
parmchk2 -i ph.mol2 -f mol2 -o ph.frcmod -a y
...

你可以用parmED或acpype把sobtop产生的带谐振势的二面角的拓扑文件转成prmtop，然后看里面怎么写的

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-1-26 03:00

sobereva 发表于 2023-1-25 09:03
你可以用parmED或acpype把sobtop产生的带谐振势的二面角的拓扑文件转成prmtop，然后看里面怎么写的

明白了，这些Amber FileFormats上都没写，谢谢老师！

作者
Author: huangjin 时间: 2023-3-9 21:02
请教一个问题，使用sobtop生成的gro文件是否可以作为结构优化后的分子进行RESP电荷计算？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-11 23:03

huangjin 发表于 2023-3-9 21:02
请教一个问题，使用sobtop生成的gro文件是否可以作为结构优化后的分子进行RESP电荷计算？

sobtop自身并不会优化结构

作者
Author: FLFL 时间: 2023-7-13 18:05
请问老师使用sobtop怎么在论文中引用呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-13 19:22

FLFL 发表于 2023-7-13 18:05
请问老师使用sobtop怎么在论文中引用呢

sobtop主页上明确说了

作者
Author: lujiahao 时间: 2023-8-15 15:10
请问一下老师，在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候，总是闪退，但是gro文件的时候又没有问题，请问是体系太大了的原因吗？MOL2文件中已经采用MOE计算了opls-aa力场下的电荷。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-15 15:59

lujiahao 发表于 2023-8-15 15:10
请问一下老师，在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候，总是闪退，但是gro文件的 ...

完全没有必要建立这么大的模型来生成拓扑文件，用单分子就行。gromacs的top文件里面写个分子数就行。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-16 07:35

lujiahao 发表于 2023-8-15 15:10
请问一下老师，在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候，总是闪退，但是gro文件的 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ明确说了

再顺带一说，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

作者
Author: 1215839425 时间: 2023-9-19 17:13

hld888 发表于 2022-7-22 22:24
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你好，请问对于这个问题一般怎么处理呢？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)