计算化学公社

标题: Gaussian中关于计算叶绿素这样带电分子的输入文件的疑问 [打印本页]

作者
Author: shuihua 时间: 2022-5-18 19:44
标题: Gaussian中关于计算叶绿素这样带电分子的输入文件的疑问
各位老师好，在优化叶绿素a结构的时候出了一些困难。https://doi.org/10.1080/00387010.2013.78103文章中作者从3ARC和2X20里面去掉其他结构，只保留叶绿素。然后放在Gaussian中计算。我也跟着尝试了一下，但是发现计算出错。我认为是我输入文件中叶绿素的镁离子出了问题，是否我应该在文件中加入分子的带电数。[attach]49425[/attach]
我的结构 (, 下载次数 Times of downloads: 86)
文章中的结构
(, 下载次数 Times of downloads: 90)

以下是我的输入文件
%chk=chloro.chk
# opt freq=raman b3lyp/6-31+g(d)

chloro

0 1
C                5.80629169 -4.58117074 2.46885242
…………
H             -14.07581231 -3.57284574 -3.21606258
H             -12.67639431 -4.02833774 -2.22277758
H             -15.47489831 -0.94018574 -2.19116758
H             -15.44623631 -2.62553374 -1.66599158
H             -15.54021231 -1.89800674 0.73688042
H             -15.47888731 -0.20824874 0.23183942
H             -17.66117431 -0.49289374 -0.97615358
H             -19.10245131 -2.47960074 -0.44407958
H             -17.66798131 -2.96436374 -1.37199758
H             -17.73171331 -3.25706774 0.38368942
H             -19.05728931 -0.48528674 1.10392942
H             -17.55852631 0.44854726 1.33988942
H             -17.70589431 -1.18793974 2.02477242
Mg                5.18464701 -1.26385435 -0.51306507

作者
Author: shuihua 时间: 2022-5-18 19:57
Gaussian计算时是不考虑原子间的化学键的，因此镁离子是否与卟啉环中间的N成键是没有任何影响的吧。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-18 20:21
提问的常识：但凡说程序报错，必须给出完整的报错输出。报错未必是结构不合理导致的，必须给出输出文件里具体的报错信息，我们才能判断如何解决报错

作者
Author: shuihua 时间: 2022-5-18 20:47

wzkchem5 发表于 2022-5-18 20:21
提问的常识：但凡说程序报错，必须给出完整的报错输出。报错未必是结构不合理导致的，必须给出输出文件里具 ...

我马上看一下！忘记这个规矩了

作者
Author: shuihua 时间: 2022-5-24 20:41

wzkchem5 发表于 2022-5-18 20:21
提问的常识：但凡说程序报错，必须给出完整的报错输出。报错未必是结构不合理导致的，必须给出输出文件里具 ...

您好，想向您请教一个问题。整个计算过程没有报错，但是计算结果明显有点问题。。。关键词# td=(nstates=15) b3lyp/cc-pvdz
不知道哪里出了问题……感谢您的赐教！
(, 下载次数 Times of downloads: 87)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-24 23:55

shuihua 发表于 2022-5-24 13:41
您好，想向您请教一个问题。整个计算过程没有报错，但是计算结果明显有点问题。。。关键词# td=(nstates= ...

结构不合理，（1）有的甲基不是四面体结构，（2）卟啉环上多了两个氢。另外电荷也设错了，虽然Mg带+2电荷，但是配体带-2电荷，这个只要画共振式就能看出来。
必须先优化结构，且确认没有虚频，才能做TDDFT计算。不能不经优化就做TDDFT计算。

作者
Author: shuihua 时间: 2022-5-25 01:03

wzkchem5 发表于 2022-5-24 23:55
结构不合理，（1）有的甲基不是四面体结构，（2）卟啉环上多了两个氢。另外电荷也设错了，虽然Mg带+2电荷 ...

谢谢您这么晚还回复我的帖子！我马上看看！

作者
Author: mengyuancui 时间: 2025-7-11 19:08
请问对叶绿素a结构优化您选择的是什么方法呀？

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