计算化学公社

标题: 求助，用plumed计算的Metadynamics如何判断自由能是否收敛？ [打印本页]

作者
Author: lnz 时间: 2022-5-19 09:28
标题: 求助，用plumed计算的Metadynamics如何判断自由能是否收敛？
本帖最后由 lnz 于 2022-5-22 10:26 编辑

用Metadynamics算了一个由两个CV,一个是质心距离，一个是角度的二维自由能，用的力场是martini，暂时是跑了8亿步，想请教一下判断其是否收敛的方法。

作者
Author: 陈小宇 时间: 2022-8-9 19:34
请问您现在知道了吗，我最近也在用plumed

作者
Author: gehan 时间: 2023-6-3 10:24
请问现在您知道了吗，我最近也在思考这个问题，但没找到答案

作者
Author: ccccc123 时间: 2023-6-3 10:50
本帖最后由 ccccc123 于 2023-6-3 10:53 编辑

个人理解有两种方法
1：生成多个迭代的fes*.dat,画图看随着步数增大，会探索出更全的自由能形貌图
2：HILLS文件中有一列是height，随着迭代次数增大会越来越小，最后趋为0即收敛

作者
Author: zhitengcheer 时间: 2023-6-16 16:37

ccccc123 发表于 2023-6-3 10:50
个人理解有两种方法
1：生成多个迭代的fes*.dat,画图看随着步数增大，会探索出更全的自由能形貌图
2：HIL ...

赞成

作者
Author: beyond 时间: 2023-6-16 18:48

ccccc123 发表于 2023-6-3 10:50
个人理解有两种方法
1：生成多个迭代的fes*.dat,画图看随着步数增大，会探索出更全的自由能形貌图
2：HIL ...

Gaussian height 趋于0，绝对不是判断收敛的一个标准。。。

作者
Author: biogon 时间: 2023-6-16 22:07
plumed如何用质心距离作为cv

作者
Author: miiiiiw 时间: 2024-6-11 17:24
请问有没有详细的判断标准的做法，cv比较复杂的时候该怎么判断

作者
Author: JCenter 时间: 2025-5-13 20:53

beyond 发表于 2023-6-16 18:48
Gaussian height 趋于0，绝对不是判断收敛的一个标准。。。

您好，大佬。Mtd的收敛标准应该是什么呢

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