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标题: 求助：想要生成没有缺陷的A-A双层冰 [打印本页]

作者
Author: NUAAjj 时间: 2022-5-19 11:01
标题: 求助：想要生成没有缺陷的A-A双层冰
如图，这一块冰始终存在5-7或者八个原子的缺陷，做了温度调整、控温控压方式以及跑更长时间的模拟，都无法改善缺陷。
目标：想生成一整块都是六方的冰

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2022-5-19 11:03
如果只想获取结构的话，直接使用GenIce建一个就可以了

作者
Author: NUAAjj 时间: 2022-5-19 12:00

Lacrimosa 发表于 2022-5-19 11:03
如果只想获取结构的话，直接使用GenIce建一个就可以了

刚刚做了下尝试，因为wall为疏水壁面，用该结构跑NPT体系会立刻被打散，出些很多缺陷。仍旧不是周期性结构

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-19 13:40
本帖最后由牧生于 2022-5-19 13:47 编辑

可以把水和冰晶加入一个盒子，低温MD让其全部结冰后，再用vmd去选取层状保存出来。

另外，吐槽一下genice，用miniconda安装genice倒还算容易，但用起来也不是那么容易，尤其是那个analice插件分析笼子，我更是从来没成功过。

作者
Author: NUAAjj 时间: 2022-5-19 15:41

牧生发表于 2022-5-19 13:40
可以把水和冰晶加入一个盒子，低温MD让其全部结冰后，再用vmd去选取层状保存出来。

另外，吐槽一下genic ...

上图就是截取一整块均六方的，但是重新跑NPT后又会出现缺陷

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