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标题: 关于GMX周期性体系模拟问题 [打印本页]

作者
Author: wwl 时间: 2022-5-19 15:53
标题: 关于GMX周期性体系模拟问题
我在使用GMX模拟多层二维周期性COF体系时，提交任务以后出现如下报错：
Fatal error:
There is no domain decomposition for 48 ranks that is compatible with the
given box and a minimum cell size of 5.35164 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition

于是我修改了命令：mpirun -np 48 gmx_mpi mdrun -deffnm md
将其中的-np 48 逐一修改，从1-48，只有当-np 1的时候是能正常跑的，但是跑的结果也不对。
于是我在后面加了-rdd 0.9，可以正常跑了，但是会出现大量的dd_dump_err_0_n*.pdb文件，并且虽然表面上模拟正在进行中，但是查看它的日志文件时发现，事实上计算机并没有进行任何的计算。
日志文件如下图所示：

注：由于是周期性体系，因此我在mdp文件中使用了periodic-molecules = yes comm-grps = system设置

我个人觉得有两种可能：1. cof力场问题。 2. cof建模问题（因为cof是二维结构，层之间的间距我设置为3.57埃，有没有可能是因为cof层之间距离太近，不好分割？）
cof力场我采用的是GAFF力场，后来又重换力场，还是会出现以上的错误。
请各位老师帮忙看看，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-19 17:12
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查，并且参考文中模拟周期性体系的例子

没事甭用MPI版

作者
Author: wwl 时间: 2022-5-19 21:26

sobereva 发表于 2022-5-19 17:12
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查，并且参考文中模拟周期性体系的例子

没事甭用MPI版

多谢老师，我再排查一下问题出在哪了

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