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标题: 一个生成使用resp电荷配体力场文件的简易流程 [打印本页]

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2022-5-19 15:56
标题: 一个生成使用resp电荷配体力场文件的简易流程
resp电荷sob老师已经科普多次，amber原本的方法还是比较麻烦的。
sob老师开发了一个生成resp电荷的脚本，可以说是非常方便，唯一麻烦的一点就是最后还需要把电荷贴回到原mol2文件中。
后来阅读了一下sob老师的脚本，发现了一个更简单的方法，几乎无前处理与后处理。
流程如下：
1. 去网站下载配体结构文件，如pubchem，下下来是sdf格式。
2. 修改sob老师的RESP.sh脚本，将rm gau.gjf gau.chk.....这一行注释掉
3.运行RESP.sh xx.sdf
4.antechamber -i gau.out -fi gout -o xxx.mol2 -fo mol2 -c resp
5. parmchk2 ...
完成。

如有问题还请批评指正。

作者
Author: puzhongji 时间: 2022-5-19 17:38
这样处理，原子名是不是变了？

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