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标题: 求助：gmx能量最小化会缩短运行时间吗 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-5-20 06:10
标题: 求助：gmx能量最小化会缩短运行时间吗
各位老师好，我之前跑gmx都不做能量最小化，一般如果直接跑出问题就去packmol把分子间距改大一点就好了。想问一下，我这种做法对比能量最小化会有什么问题或者劣势吗？以及，做能量最小化比不做的情况会大幅缩短最后平衡需要的时间吗？如果会的话大概能缩短多少呀？感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-20 17:47
没直接关系，想多了

建模时候加大盒子尺寸让分子间距离整体远一些，可以减小分子间原子过近不合理接触的可能性，但并不能解决分子内不合理接触。而且盒子弄大，通过控压恢复到平衡尺寸的盒子原则上还需要花更多的时间。所以这不是值得推荐的适合普遍使用的做法。

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-5-21 04:32

sobereva 发表于 2022-5-20 17:47
没直接关系，想多了

建模时候加大盒子尺寸让分子间距离整体远一些，可以减小分子间原子过近不合理接触的 ...

好滴！感谢sob老师解答！

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