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标题: gaussian计算天然产物化学位移与实验值不符应该怎么解决 [打印本页]

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Author: 不才cra 时间: 2022-5-20 10:32
标题: gaussian计算天然产物化学位移与实验值不符应该怎么解决
各位老师，根据sob老师谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，我在B972/def2TZVP水平下计算了一种天然海洋产物的nmr，但其中央环状结构的Cnmr却相差很大，想问下应该如何继续优化？ (, 下载次数 Times of downloads: 22) (, 下载次数 Times of downloads: 18)

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Author: zjxitcc 时间: 2022-5-20 10:54
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-5-20 14:02 编辑

建议试试pcSseg-2基组。另外，如果实验是在溶剂里测的，你也要在隐式溶剂里做NMR计算

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Author: 不才cra 时间: 2022-5-20 11:31

zjxitcc 发表于 2022-5-20 10:54
建议试试pcSseg-2基组

好的，我试试，谢谢大神

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Author: wzkchem5 时间: 2022-5-20 14:55
另外注意考虑构象平均效应，Stefan Grimme做过这方面的工作，发现除非对于极其简单的（比如10个重原子以内的）体系以外，不做构象平均得到的结果完全不可信。

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Author: sobereva 时间: 2022-5-20 18:01
尝试此文的方法
revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择
http://sobereva.com/623（http://bbs.keinsci.com/thread-25918-1-1.html）

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Author: 星斗如盘 时间: 2022-5-26 11:27

wzkchem5 发表于 2022-5-20 14:55
另外注意考虑构象平均效应，Stefan Grimme做过这方面的工作，发现除非对于极其简单的（比如10个重原子以内 ...

除非花费特别大的精力，DFT模拟的氢谱还没有MestReNova可信。感觉计算氢谱没有太大的意义，除了刚性结构部分的氢原子，化学位移都不可信。

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Author: wzkchem5 时间: 2022-5-26 15:17

星斗如盘发表于 2022-5-26 04:27
除非花费特别大的精力，DFT模拟的氢谱还没有MestReNova可信。感觉计算氢谱没有太大的意义，除了刚性结构 ...

对于常见分子确实是的。但是如果来一个有大环电流的体系（比如卟啉），或者反芳香的体系，或者构象影响很大的体系（比如麦芽糖和纤维二糖），或者有过渡金属的体系，那MestReNova就瞎眼了。这些也是DFT计算核磁最主要的应用领域，MestReNova对于大部分有机分子足够了，但是总有不够的情况，这些情况就需要DFT了。

作者
Author: Henge 时间: 2023-2-18 15:18
请问楼主，天然产物里计算化合物的化学位移值是为了什么？印象里通常都是结构中某个位置构型差异导致的化学位移有差别，为了确定这个构型才需要将实验值与两个构型的计算值做对比，并且一般都是结合一个叫DP4+的方法做分析比较多。但用于DP4+分析的NMR计算泛函和基组基本都是固定的，所以计算结果基本都不会跟实验值很吻合。

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Author: mfdsrax2 时间: 2023-2-18 15:59
用标度法来算，又快又准
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354

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