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标题: 求助：蛋白质跑出了设定的盒子 [打印本页]

作者
Author: cylqcjx 时间: 2022-5-20 10:52
标题: 求助：蛋白质跑出了设定的盒子
各位老师

做的是蛋白质配体模拟，用VMD观看轨迹的时候居然出现了这个状态。。。是因为蛋白质在模拟过程中跑出了盒子的边界吗？

这种情况该怎么去查找问题呢？

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附上完整的.log文件麻烦大家出出主意。。谢谢！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-20 17:59
trjconv修正轨迹保持分子完整性

下文专门提了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: cylqcjx 时间: 2022-5-21 20:20

sobereva 发表于 2022-5-20 17:59
trjconv修正轨迹保持分子完整性

下文专门提了

谢谢sob老师！

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