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标题: Sobtop软件的FeCl2例子问题 [打印本页]

作者
Author: wwl 时间: 2022-5-20 17:13
标题: Sobtop软件的FeCl2例子问题
sob老师您好，我参照了您在sobtop上第11个例子中，按照例子中给出的流程和文件对FeCl2进行了一次模拟，但是不能模拟出结果。
我使用的gmx_mpi grompp -f md_PBC.mdp -c FeCl2_5x5x1.pdb -p FeCl2_5x5x1.top -o md.tpr -r FeCl2_5x5x1.pdb -maxwarn 3命令，产生了两个提示：
WARNING 1 [file md_PBC.mdp]:
  You are using full electrostatics treatment PME for a system without
  charges.
  This costs a lot of performance for just processing zeros, consider using
  Cut-off instead.
NOTE 1 [file md_PBC.mdp]:
  The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5
  and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,
  for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing.
同时生成了大量的dd_dump_err_0_n*.pdb文件，并且从日志上看，模拟停滞在了第0步上。
于是我关掉了压浴再次模拟，还是同样的结果。
我不知道是不是哪一步出现问题了，请您帮忙看看。非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-20 17:45
(, 下载次数 Times of downloads: 52)

此例子的输入输出文件都在这了，gmx 2018.8跑的（下文直接提供的编译好的windows版），完全正常，仔细对照
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

作者
Author: wwl 时间: 2022-5-20 20:41

sobereva 发表于 2022-5-20 17:45
此例子的输入输出文件都在这了，gmx 2018.8跑的（下文直接提供的编译好的windows版），完全正常，仔细 ...

嗯嗯，好的，多谢老师，我再试试

作者
Author: wwl 时间: 2022-5-21 10:40

sobereva 发表于 2022-5-20 17:45
此例子的输入输出文件都在这了，gmx 2018.8跑的（下文直接提供的编译好的windows版），完全正常，仔细 ...

sob老师，我根据您发的windows版GMX重跑了一次，发现确实可以正常运行，应该是我Linux版本的GMX有问题。然后我又根据您例6的例子跑了一次无限长的聚合物链，发现出现以下提示，请问这个是属于正常的吗？
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 1 and 46
at distance 4.526 which is larger than the table limit 1.187 nm.

This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.

IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.
我查看了下，这个1-46键事实上是[pairs]里面的一个参数， 1 46 1 ; C1-C73-C64-C46
请问这个问题是可以忽略的吗？

作者
Author: wwl 时间: 2022-5-21 16:00
标题: sobtop软件关于无限长聚合物问题
sob老师您好，我根据您发的windows版GMX重跑了一次，发现确实可以正常运行，应该是我Linux版本的GMX有问题。然后我又根据您例6的例子跑了一次无限长的聚合物链，发现出现以下提示，请问这个是属于正常的吗？
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 1 and 46
at distance 4.526 which is larger than the table limit 1.187 nm.

This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.

IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 104.858719, max 250.979477 (between atoms 43 and 52)
bonds that rotated more than 30 degrees:

我查看了下，这个1-46键事实上是[pairs]里面的一个参数， 1 46 1 ; C1-C73-C64-C46
若是这个正常的话，那改如何修改才能正常计算呢

这里面由于gro文件没有给出明确的盒子大小的，因此我进行了估算，得出盒子的大小，并修改了gro文件末尾盒子的大小（原本盒子大小全是0），同时修改了mdp_PBC文件中cut-off的值

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-22 00:49

wwl 发表于 2022-5-21 10:40
sob老师，我根据您发的windows版GMX重跑了一次，发现确实可以正常运行，应该是我Linux版本的GMX有问题。 ...

看一直跑下去，轨迹正常不正常。
如果只是一开始出现，通常无所谓

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