计算化学公社

标题: 使用Gaussian+xtb方法计算IRC和单点能问题 [打印本页]

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-20 19:24
标题: 使用Gaussian+xtb方法计算IRC和单点能问题
本人使用Sob老师Gaussian+xtb的方法对一个含有Fe体系的Cluster做了过渡态结构优化，之后做了freq和IRC分析。

之后我从IRC上取了7个点，分别是TS点，两端的点，还有4个线段上的点，对他们是单点能计算。用的都是GN1-xTB的方法去做opt，freq，IRC。取的7个点也是用的同样的方法。

但是算出来的能量和IRC的对不上。IRC在计算时候加了calcall。之后试着用cp2k的xtb方法也算了同样的单点。还有m06/Def2TZVP，Fe用SDD。

疑问：1）IRC的数据为什么和单独拿出来去算单点能的数据差那么多。（第三个点是TS，结果能垒都不见了）

2）GN1-xTB的方法是不是对FE的预测不太准确。

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-20 22:50
知道原因了。

1）Gaussian+xtb 里面用的是GFN2-xTB的level，我自己在从IRC取点之后用的是GFN1-xTB算的，之后用cp2k去算Energy，是用Multiwfn生成的inp文件，算出来的能量和用xtb的GFN1-xTB下的能量一直。这里有有个疑问，cp2k里面的xTB方法能不能达到GFN2-Xtb呢？还是默认的GFN1-XTB。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-21 03:57

yjb 发表于 2022-5-20 22:50
知道原因了。

1）Gaussian+xtb 里面用的是GFN2-xTB的level，我自己在从IRC取点之后用的是GFN1-xTB算的， ...

不支持GFN2-XTB

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-21 09:46

sobereva 发表于 2022-5-21 03:57
不支持GFN2-XTB

非常感谢老师！

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-21 11:19

sobereva 发表于 2022-5-21 03:57
不支持GFN2-XTB

老师能否让cp2k和xTB程序连起来让cp2k可以用GFN2-xTB。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-22 00:48

yjb 发表于 2022-5-21 11:19
老师能否让cp2k和xTB程序连起来让cp2k可以用GFN2-xTB。

不能。
而且本来从统计误差来看，GFN2-xTB比GFN1-xTB也没明显优势

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-22 14:11

sobereva 发表于 2022-5-22 00:48
不能。
而且本来从统计误差来看，GFN2-xTB比GFN1-xTB也没明显优势

老师，我的体系是Fe+配体小分子和附近残基，我看了Grimme关于XTB的文章，他里面说到‘It should, however, be clear that this treatment provides bad and even qualitatively incorrect energetic splittings for states of different multiplicity, that is, GFNn-xTB Hamiltonians will always favor low-spin configurations.’ 对于高自旋可能会不好，学生想用DFTB再尝试算一下，但是苦于cp2k好像对于DFTB里面对于Fe的参数好像缺失，不知道用DFTB会不会好一些。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-5-22 15:01
算过渡金属配合物体系，能不用GFN-xTB，尽量别用，用DFT多香……

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-22 20:59

冰释之川发表于 2022-5-22 15:01
算过渡金属配合物体系，能不用GFN-xTB，尽量别用，用DFT多香……

我是跑一个protein体系，里面有金属，把配体小分子和Fe还有附近残基设为QM，跑一个长时间的QM/MM MD。用DFT跑不了那么长时间啊。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-23 00:40

yjb 发表于 2022-5-22 20:59
我是跑一个protein体系，里面有金属，把配体小分子和Fe还有附近残基设为QM，跑一个长时间的QM/MM MD。用D ...

起码用DFT验证一下，比如跑一段轨迹，对其中一些帧用DFT和GFN-xTB算相对能量，以及不同自旋态的能量差，看吻合程度等

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-23 10:19

sobereva 发表于 2022-5-23 00:40
起码用DFT验证一下，比如跑一段轨迹，对其中一些帧用DFT和GFN-xTB算相对能量，以及不同自旋态的能量差， ...

老师，这是从轨迹里面抓的一点算的单点能量的对比。自旋是5.

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)