计算化学公社

标题: 在MacOS上使用功能强大的Ambertools22 [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2022-5-21 21:34
标题: 在MacOS上使用功能强大的Ambertools22

(, 下载次数 Times of downloads: 34)

(Ambertools官网：https://ambermd.org/AmberTools.php)

AmberTools概述

AmberTools是由几个独立开发的软件包组成，可用于完整的分子动力学模拟。

AmberTools是免费的，其组件大多根据GNU通用公共许可证（GPL）发布。包括一些开源的或具有其他开源许可证的组件。

2022年4月27日发布的最新版AmberTools22包含以下主要功能：

NAB/sff：用于构建分子、运行MD模拟或应用距离几何约束
antechamber/MCPB：用于为有机分子和金属配合物创建力场
tleap/parmed：用于Amber模拟的基本准备
sqm：用于半经验和DFTB量子化学计算
pbsa：求解Poisson-Boltzmann模型的数值解
3D-RISM：求解溶剂的积分方程模型
sander：用于分子动力学模拟的负荷
gem.pmemd：用于使用高级力场
mdgx：用于参数拟合边界，以及自定义的虚拟位点和显式溶剂MD
cpptraj/pytraj：用于分析结构和动力学轨迹
MMPBSA.py：用于MD轨迹的能量分析

更新功能

略

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开始在MacOS上进行安装！！！

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打开终端检查配置
# conda -V #检查macOS有没有安装conda
# brew install conda #如果没有输出conda的版本信息，执行这一步安装conda
# conda create --name AmberTools22
# conda activate AmberTools22
# conda install -c conda-forge ambertools=22 compilers
# conda update -c conda-forge ambertools

以上就是利用conda相对比较方便的安装方法，是不是觉得很便捷？实际上在操作过程中会报出各种奇怪的错，比如某些库的缺失等......因此，以下以笔者亲身经验详细解释如何在MacOS上通过源码进行编译安装！

# 您的关注与支持是对笔者最大的鼓励，笔者也将在后续文章中分享更多的心得体会！

第一步在官网下载压缩包 AmberTools22.tar.bz2
打开终端，输入pwd查看当前目录

假设当前目录是～/daijh

新建工作目录AMBERJOB

# mkdir AMBERJOB #回车

# cd AMBERJOB #回车

# pwd #回车将看到以下信息

# ～/daijh/AMBERJOB

将下载的压缩包放置于 # ～/daijh/AMBERJOB目录下

第二步解压缩文件

# tar -jxvf AmberTools22.tar.bz2 #回车

第三步确定配置，开始编译

解压后会得到一个Amber22_src目录

进入该目录下的build进行编译

# cd Amber22_src/build #回车

# ./run_cmake #回车即开始编译

# make install #编译完成后安装

第四步编译完成，测试
略

只需要每次使用前source一下amber的绝对路径即可，这里取决于你的电脑里的实际情况，如：

# source /home/xxxx/amber22/amber.sh

作者
Author: makisekurisu 时间: 2022-10-11 11:57
解压之后的这个Amber22_src目录在哪里嘞？呜呜
没有找到

作者
Author: makisekurisu 时间: 2022-10-13 20:34

makisekurisu 发表于 2022-10-11 11:57
解压之后的这个Amber22_src目录在哪里嘞？呜呜
没有找到

草是我下载错包了在conda-forge那边下的，才100M，正常400多

作者
Author: dayu8278 时间: 2023-3-16 21:55
请问下老师，这块怎么办？实在是找不到解决办法了

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