公社群聊Q&A整理：2016.03.18 18 ~ 2016.04.04 19 - 计算化学公社

2016.03.18 18:48:51
Q:
请问怎么计算400nm以上的紫外可见光谱啊，我已经试到nstates=200了，感觉从几十到200这个过程只是200~300nm之间给算的更精细了，没有我想要的在更长波段的吸收，比如五六百那里，是算的态还不够吗，还是方法不对？
[图片]
恩，谢谢！是很大的共轭，那有什么办法能计算长波段的吸收吗，这是用Multiwfn看到的光谱图，
A:
算出来激发能是多少就是多少，这不是事先能指定的
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2016.03.18 20:11:53
Q:
老师，但是图中他们的转移比例不一样，按说应该是相同的[图片][图片]
A:
那大抵图1是在S1极小点下算的
Q:
谢谢老师的耐心讲解，那我该怎样做出图1来呢
A:
把NTO图贴上，ps一下就完了
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2016.03.18 20:12:13
Q:
[图片]使用Gview看MOs时，报错，请问怎么解决
A:
先将chk转换为fch文件，然后用文本编辑器打开fch文件，看看里面的Number of basis functions和Number of independent functions是否一致。如果不同，将independent改成independant
Q:
你试试把它用编辑器打开，在前面第12行有一行写着number of independent function 你把independent换成independant试试
什么编辑器，是记事本？
A:
记事本能打开，打不开卡住是因为文件太大，可以尝试写字板，写字板还卡主就用ultraedit
这年头居然连记事本也有人不认得
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2016.03.18 20:56:09
Q:
[图片]各位老师好，刚接触量化计算，现在看一篇文献上有上述公式，但是不知道里边的E代表的是哪种能量，望各位老师指点
看起来像结合能啊
络合物
嗯，是结合能，这是一个配合物
A:
E就是单点能
Q:
单点能是单个络合集团的结合能吗
A:
deltaE是基于单点能E算出来的结合能
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2016.03.18 21:37:12
Q:
刚看了下培训班的消息，地点会在北京哪里？大约多少钱，好期待啊
A:
预计学生1400，教室1900
地点在安贞
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2016.03.18 21:37:37
Q:
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB3LYP) = -5347.76639931 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.8110D-05 -V/T = 2.0586
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 4.6812 S= 1.7206
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 4.6812, after 13.1972
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l502.exe at Fri Mar 18 21:14:57 2016.
Job cpu time: 0 days 2 hours 40 minutes 40.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 343 Int= 0 D2E= 0 Chk= 9 Scr= 1
sob老师，我计算了一个镧系离子的配合物，最后1502报错
我用同样的方法计算氯化物是可以的，但配套换成较大的有机物，再做单点计算就1502报错
收敛失败
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.03.18 22:26:51
Q:
老师，那高级量化班大概什么时候会开课？
A:
高级班没定呢
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2016.03.18 23:51:38
Q:
红帽系统与移动硬盘不兼容，能推荐别的系统盘吗，老师
用U其麟系统，可兼容各种U盘和移动硬盘
U其麟系统收费吗，价位多少啊
linux收费的很少
A:
RHEL/CentOS兼容移动硬盘，用不了是你没挂载对
Q:
我只听过红帽一家
ubuntu的话比较省心
A:
计算用的机子还是RHEL/CentOS为首选
Q:
原来的红帽不能挂载硬盘
Ubuntu 15.10
A:
那是你操作不对
Q:
小红帽不好用，我早扔了。SOB老师，我用小红帽也挂不了移动硬盘。
要挂移动硬盘，要再装驱动
A:
gaussian计算，什么版本的linux比较合适方便？ http://bbs.keinsci.com/thread-2801-1-1.html
Q:
哪个都一样用。我就用的console版的ubuntu server
ubuntu我拿来当win用
我只有个虚拟机挂qq
其他全部在ubuntu下
A:
RHEL挂移动硬盘根本不需要驱动，fat32直接能认，NTFS的网上搜 linux ntfs了解挂载方式
Q:
安装ubuntu 和windows两个系统可以吧，老师
A:
如果linux和windows的程序都要用，装一个windows，再装个vmware虚拟机里面安装CentOS或RHEL，这是王道
我特鄙视ubuntu
Q:
/呲牙
sob老师为何如此鄙视ubuntu
为啥
A:
原因在刚才我给的链接里已经说了
Q:
我觉得ubuntu其实很不错了
我用着比centos方便好多。
我反正不太喜欢windows，能不用就不用，
A:
类似于用MacOS的人觉得MacOS已经很不错了，用了安卓才知道MacOS有多差
虽然有些人就是觉得MacOS好用
Q:
为毛我还觉得mac比android好些。。/撇嘴
A:
台机的MacOSX难用到吐血
要不是为了编译MacOSX版Multiwfn才不用这鬼东西
Q:
每个人使用的期望和需求是不同的，争论这个其实没有太大意义……
A:
但对于完全没接触过Linux，又要以跑计算为主的，还是需要引导，推荐虚拟机+RHEL/CentOS
N年前用过一阵ubuntu还说得过去。去年要不是为了装预编译的molcas（用于ubuntu12/14的）也不会再装个Ubuntu，居然发现不google一下都找不到terminal在哪，令我印象奇差，命令行都不放在明面上更甭提跑Gaussian了，明摆着不想让用户跑命令行程序。
据说最新版的ubuntu装openmotif还不好装（12版倒能直接装），导致DISLIN库、Multiwfn难以使用，简直了...
结果为了让ubuntu15的某外国用户能用，还为此专门写了个砍掉全部GUI、作图功能的Multiwfn版本
ubuntu里用root系统还各种找碴
Q:
Ubuntu 的 terminal 不就在桌面左边一列工具栏里么……
A:
不，时下的版本terminal没放在明面上
Q:
ctrl alt t
要学会用快捷
A:
要是没网，google不了就瞎了
Q:
我装的 ubuntu 14 版，terminal 就在桌面上啊
A:
不是学不学的问题
反正12没见着
Q:
我倒是第一次用os x时候找不到terminal
ubuntu有不同的桌面版本以适用不同用户习惯
我习惯老的gnome2,那我就选择ubuntu mate
A:
默认设置、桌面布局下最适合计算用途的，明显RHEL/CentOS
Q:
只在苹果的体验店里体验了一下 iOS，没觉得有什么新奇的……
的确 terminal 需要搜一下才找到……
我为了体验multiwfn被逼着用了icc
A:
gfortran太变态，cvf、ifort都能编译
Q:
真麻烦，桌面直接linuxmint，服务器连上网，直接debootstrap一个server版ubuntu
A:
ifort很好用，破解版也很好找，不会成为用户的负担
Q:
很好理解啊
毕竟科研用户还是少数人，绝大多数用户是普通民众
普通人其实我也没看出来苹果有啥好的，就因为可以炫富么
A:
搞科研的人用相对来说适合搞科研用的系统就好，虽然没有100%定制的，即便给搞科研用的scientific linux也只是RHEL的clone而受制于大方向
很大一部分是炫富+跟风，一部分是没用过更好的，一部分是确实是苹果粉
还有一部分是因为当地苹果的东西卖得比较便宜
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2016.03.19 00:13:38
Q:
sob老师斯莱特行列式看不懂会影响理解吗刚找了好多量子力学的书都没有提到怎么回事这个应该在哪里看
A:
看量子化学书，甭看量子力学书
Q:
嗯这个应该在量子化学的哪个部分呢因为我在量子化学的书里搜slater完全没找到/发呆
A:
看诸如levine的quantum chemistry，绝对有
[图片]
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2016.03.19 00:14:21
Q:
sob老师，要写CI的程序的话有没有不错的资料？
A:
诸如Molecular Electronic-Structure Theory(Helgaker)
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2016.03.19 11:27:46
Q:
多维spline插值，这个怎么写啊。找了很长时间都没找到
A:
C++的话有很多多维B-spline插值现成的库，google直接能搜到
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2016.03.19 11:27:46
Q:
请问各位老师，都说g09D01使用 GD3BJ计算分子频率时出现bug,如果仅仅只是优化构型，GD3BJ可不可以？还是应该改为 GD3 ？
A:
优化构型可以BJ
Q:
GD3BJ的构型与 GD3 的差别大不？
A:
不会差异明显
Q:
前者是否比后者计算量增加很多？
A:
计算量相同
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2016.03.19 11:37:27
Q:
sob老师，想请问一下，想做一个论坛，在阿里云上买哪几个业务比较合算呢？谢谢老师
A:
看论坛规模，决定租什么配置机子
Q:
嗯小论坛一开始肯定访问量不高
A:
1 万网申请个域名
2 阿里云租个配置合适的服务器
3 安装discuz并调试
enjoy
Q:
[图片]
云解析也是需要买的吧
服务器选这个
A:
不用
Q:
sob老师的思想家公社论坛的配置可以透露下嘛/呲牙
看到云服务器有win有linux系统的。。。不知道选哪个了
A:
不用ECS
linux
Q:
额不用ECS。。。
A:
云虚机独享高级版就可以
Q:
老师，这个共享版相比高级版差很多么？
A:
差多了
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2016.03.19 12:11:01
Q:
请问一下正常的Linux 64系统的NBO6.0程序应该包含哪些文件？
A:
罗树常-磁耦合(937053251) 12:42:56
sob老师，我想咨询下，我购买的NBO6.0，解压后，文件列表如下：bin/
|-- CONTENTS this file
|-- gaunbo6 utility script for G09 Rev.D
|-- g09nbo.i4.exe interface for G09 Rev.D (32-bit integer)
|-- g09nbo.i8.exe interface for G09 Rev.D (64-bit integer)
|-- g09nbo.i4.F interface for G09 Rev.A-C (32-bit integer)
|-- g09nbo.i8.F interface for G09 Rev.A-C (64-bit integer)
|-- gennbo.i4.exe GenNBO host program for NBO6 (32-bit integer)
|-- gennbo.i8.exe GenNBO host program for NBO6 (64-bit integer)
|-- gmsnbo.i4.a linkable library for GAMESS [5-Dec-2014 R1]
|-- gmsnbo.i8.a linkable library for GAMESS [5-Dec-2014 R1]
|-- nbhost.o object code for G09 Rev.A-C installation
|-- nbo6.i4.exe NBO6 client executable (32-bit integer)
`-- nbo6.i8.exe NBO6 client executable (64-bit integer)
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2016.03.19 12:34:25
Q:
老师，五月份的培训班已经确定了吗
A:
确定什么？
Q:
日期，因为我要订票，预定旅店了
还有地点
下个月预定的话，估计票和住的地方就没有了
A:
还是原来那个地方，5月7日~11日
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2016.03.19 14:45:42
Q:
[图片]
老师，我再做单点计算，尝试了各种方法，每次都出现这个，然后1502报错。除非用SCF=conver=6
A:
你这分明是用了qc才会出现的l508的提示
Q:
之前SCF=Fermi也出现类似的梯度太大提示啊
如果我用SCF=conver=6，做几何优化，得到的结果会不会不好呢？
A:
会不好
你必然同时用了qc，否则不可能有那种提示
Q:
额，看来只有看看qc能不能解决问题了，昨天试了各种方案，都失败了
A:
不用
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2016.03.19 16:09:59
Q:
计算频率卡在这里不动了，请问怎么回事啊[图片]
A:
继续等
显然MP2级别算频率是很慢的
Q:
等了一天了老师
A:
说明机子慢、体系太大或基组太大，耗时长
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2016.03.19 16:27:11
Q:
老师我还想问下溶剂化优化的时候一定要加[图片]这两个关键词吗
A:
maxcyc是垃圾关键词
写opt就完了，用scf=maxcyc=几百是会招人鄙视的
Q:
怎么说呢老师嘿嘿
A:
这里写了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.03.19 16:28:21
Q:
谢谢啦
A:
求sci-hub.io能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.03.19 16:45:15
Q:
老师，我想请教您一个问题，就是做福井函数的等值面值是否有单位？我查了半天没有找到，谢谢！
A:
单位就是密度的单位
Q:
老师，那可否写成这样？isovalue=0.012a.u.(electron per cubic bohr)？
A:
可
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2016.03.19 17:25:00
Q:
请问老师用高斯计算含Fe和石墨烯片段复合物该选什么泛函和收敛方法呢我试了B3LYP和BP86来优化结构，总是SCF不收敛报错。还没尝试SCF=QC，感觉这个收敛方法好慢啊
A:
这两个泛函就可以
Q:
谢谢sob老师那收敛办法方法呢
A:
qc不到万不得已不用，必须靠它来解决的时候很多情况下说明当前的结构、方法、基组等等因素可能有不合理性
没有万能的解决不收敛的办法，要根据实际情况反复测试分析，能用的方法在博文里都总结了
Q:
[图片]我直接这样写就可以了吧
A:
y
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2016.03.19 20:06:26
Q:
capitalize column headings----请问这句话是什么意思？“利用列标题”不理解
A:
把列的标题大写
Q:
sob老师这个是优化到最大循环步数了吗？
[图片]
A:
y
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2016.03.19 20:34:38
Q:
老师，那Fe和Mn之间可以作为不成键的证据么？[图片]，相互吸引可以作为成键的证据么？
A:
一般这种情况不会直接成键的，隔着配体呢
Q:
但是，AIM算的下面的这四个构型是给出了键鞍点，且成键
[图片]
后两个构型也和上面讨论的构型相似
[图片]
A:
那就按AIM分析就完了，甭管RDG，RDG也不是干这个的
Q:
老师，情况是这样的：
这四个有桥羰基的构型是用AIM分析出来的，认为有键
[图片]
但是还有的构型是AIM分析中没有得到到键鞍点的如7CO-2S这个构型，
[图片]
所以就用NCI进行了补充分析，对于有类似的桥羰基构型的NCI结果去显示是排斥的作用
而对于其他没有AIM键鞍点的构型分析NCI却得到的是相互吸引作用，类似于6CO-5S这样，
[图片]
现在出现了这种情况，不知道该怎么弄?
，
A:
前面说了，不要太关注sign(lambda2)是正还是负，很多情况没有什么决定性物理意义
既然有的体系没得到键临界点和键径，可以用Multiwfn在两个原子连线上绘制电子密度、能量密度之类的图形，对几种体系放一起进行比较
Q:
老师，关于“两个原子连线上绘制电子密度、能量密度之类的图形”这个有博文连接么？
A:
看手册4.3节
Q:
老师，这两个构型都是Fe和Mn之间有两个桥羰基，但是做NCI分析的结果却有很大的不同，7CO-2S的Fe和Mn之间是排斥作用，而6CO-5S的NCI结果是Fe和Mn之间是吸引作用，这是为什么，应该怎么解释？谢谢老师
[图片] [图片]
[图片]
A:
有些地方sign(lambda2)不是那么有意义，不要太在意，正如电子密度拉普拉斯的符号也不总是有意义
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2016.03.19 20:54:13
Q:
sob老师，最近看TDDFT的原理，查到一篇文献对TDDFT那个矩阵元A和B解释为：The matrix elements of the orbital rotation Hessians matrices A and B...
这里“orbital rotation Hessians 轨道旋转Hessian矩阵“ 他这个rotation指的是什么？也没看到哪里是hessian啊
[图片]
还有他这个方程里那个2倍，在Grimme写的一篇综述里也有个2倍，但是Dreuw和Gordon的没有。不知道是怎么回事？水平有限，没发现哪里会有个2....
A:
甭管那个旋转，是种很**的说法
有没有2应当和用闭壳层轨道还是自旋轨道有关
Q:
[图片]Grimme这里不仅有个2倍，1-C_HF那项也写成了(ii|bb)的形式。不知道是错了还是怎么的？大牛的文章，不太敢怀疑啊。请老师指教[表情]
[图片]原式跟Gordon是一样的
**？我脑补一下[表情]
[表情]老师，Grimme那个是错了还是怎么的？[表情][图片]
A:
这个肯定是对的
[图片]
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2016.03.19 21:12:44
Q:
请问各位老师，优化结构后所得键长与标准值相比，大约小0.1埃左右，请问这个结构是否合理？
A:
什么计算方法、模型和实验测定的情况有无可比性、跟什么实验数据比，都要明确了才能讨论
Q:
老师，真空环境下38原子含氮体系用B3LYP/6-311G(d)优化后的结构C-N,C=N,N-N键长与标准键长比较，没有实验值。
A:
标准键长哪来的？
Q:
谷歌查的....
A:
没有可比性
键长是明显受化学环境影响的
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2016.03.19 23:13:13
Q:
请问一般量化软件的输出单位是什么
还是原子单位吗
A:
原子单位
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2016.03.19 23:13:40
Q:
[图片]打开FCHK文件显示这样的错误什么问题呢？
A:
[图片]
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2016.03.20 14:22:16
Q:
[图片]各位老师，我这是我在做一个体系结构优化的时候出现的错误，方框里的这个错误是因为临时文件夹满了还是分配的内存不够，还是其他什么原因？用的是中科院超算算的，谢谢老师
A:
内存分配不够
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2016.03.20 17:58:48
Q:
老师，您好。请问：我仿照着做不同基准面下的密度差图，做出的是这样的图，是哪处出现的问题啊，拜托了[图片]
A:
很显然两个波函数文件里的原子坐标不一致
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2016.03.20 17:59:53
Q:
5月份的培训班，主要学习内容是什么？
A:
不光是入门，有很多是中级的内容
可参考以前的培训通知
http://www.keinsci.com/workshop/2015SKBQC_ann1.html
这回内容又有很多扩充
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2016.03.20 18:01:05
Q:
小叶桢楠撤回了一条消息
A:
这种大小可以用6-31G*或6-311G*优化，TZVP或def2TZVP算单点
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2016.03.20 18:10:47
Q:
老师，你是不是去日本看动漫展了？
A:
采风
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2016.03.20 18:20:08
Q:
老师，您讲的我不是很明白，您看我分析的是这个意思吗，假若阳离子A+阴离子B=AB，是AB整体中的阴、阳离子原子坐标与阴阳离子单体状态下的定义的原子坐标不一致吗
A:
显然不一致
而且还要注意高斯会自动调整朝向，仔细看此文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
作密度差的博文里也特别强调用nosymm
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2016.03.20 18:46:09
Q:
老师：您好！请问紧缩福井函数和双描述符的文献，我在其他文章中只看到了福井函数的引用文献
A:
看群共享Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction、亲电取代反应中活性位点预测方法的比较
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2016.03.20 19:00:16
Q:
单重态O2基态是↑O-O↓这样的双自由基，我基于CASSCF(2,2)/STO-3G做的spin natural为何没有显示出一个以1.0，一个-1.0这样的两组自旋自然轨道呢
关键词里写了density
结果是两个1.0本征值的轨道
A:
高斯的CASSCF给不出自然自旋轨道
Q:
但原理上应该有，只是高斯给不出是吧
A:
这个从原理上也没有
要自旋密度只能对称破缺计算
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2016.03.20 20:01:33
Q:
End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in /home/software/g09D01/g09/l101.exe at Sun Mar 20 18:31:39 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.4 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
基态优化出现这些的错误怎么处理
谢谢各位老师指导
A:
去掉geom=connectivity
Q:
那么老师，这句话在这里有什么含义呢
A:
读取原子间连接关系和形式键级设定，对量化计算无用
test毫无意义，geom=connectivity昨天的回复中已经提过了
这些问题，参加过北京科音基础量子化学培训班就全懂了。4月初发通知并开始报名，不要着急
培训班的通知四月初（大约3号）才发布，不要着急，发布后每天都会在群里发链接的
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2016.03.20 22:59:43
Q:
请教个问题，高斯中计算 Cu、Zn、Al、Ca这样的过渡金属配合物用什么基组比较好？
A:
字号不要超过12
一般目的
Al Ca 6-311G*
Cu Zn Lanl2TZ
Q:
我是想算这些配合物的光谱，但是算出来与实验差好多，有没有什么好办法？
发射光谱
A:
Sobereva(190258442) 22:59:44
字号不要超过12
否则按照群规扣分
----------------------------------------------------
2016.03.20 23:06:44
Q:
没有，发错群了，刚赢了一把，自摸四万胡牌，666
A:
[图片]
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2016.03.21 01:22:26
Q:
请问老师，使用洋葱模型，划入QM区的原子，是不是就不需要它们的分子力场参数了？
A:
需要，因为MM计算还要涉及那部分
----------------------------------------------------
2016.03.21 11:15:20
Q:
老师早上好，我想问一下，在gromacs里能计算一个盒子里的两种分子的静电作用能，和范德华相互作用，那能不能计算这两种分子的动能呢？
A:
可
Q:
谢谢老师，那怎么算呢？
我只想到用命令把盒子里的溶剂剔除再计算盒子里动能，但是总感觉有点不对劲
A:
用energy group
----------------------------------------------------
2016.03.21 11:15:20
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
请问有碘元素需要加赝式吗
%chk=Z3-S0.chk
%mem=1GB
%nprocs=16
#p opt b3lyp/gen geom=connectivity pseudo=read
C H N O 0
6-31G*
****
I 0
genecp
****
I 0
genecp
怎么还是报错
培训班是咋弄
A:
碘一般都用赝势
。4月初发通知并开始报名，不要着急
怎么用赝势看这个：详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
不会在武汉的
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2016.03.21 11:15:20
Q:
请问各位老师，计算线性响应模型的吸收发射光谱
1、优化基态结构
2、计算垂直激发能
3、取基态优化后结构进行激发态结构优化
然后出来的结果怎么看吸收发射光谱的值？
linear response，就是state-specific之前的那个方法
A:
moment Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.03.21 11:18:19
Q:
sob老师，我想问下如何计算一个振动的非谐性常数？谢谢
A:
freq=anharmonic
如群共享里群规所示，字号请勿超过12
----------------------------------------------------
2016.03.21 11:25:42
Q:
要是安排在五一假期就太方便了
A:
5月7号-11号，时间不会变了
五一也不是连放7天，赶在那时候也没什么特殊意义
Q:
7-11五天全讲吗
A:
全天
Q:
sob老师，培训的人数有没有限制，会不会报名完了没名额了
A:
会有限制，100多人，毕竟场地大小有限
如果满了，会考虑再增开一次，或者参加下半年的
Q:
sob，有暑假班没？
A:
暂无打算
gromacs培训班应该是在暑假，量化班暑假没有
Q:
那得抢这一次了
好的，多谢
现在可以报名了不？
A:
四月初（大约3号）才能开始报名
Q:
7-11号的是量化班？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.03.21 11:34:00
Q:
请问电子亲核势可以为负值吗？
A:
电子亲核势具体值什么？EA？
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2016.03.21 13:59:59
Q:
学couple cluser方法，有没有比较详细地介绍couple cluser方法的书，求推荐[表情][表情][表情]
A:
[图片]
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2016.03.21 14:00:30
Q:
高斯中有 Delta self-consistent field method 吗
A:
可以实现
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2016.03.21 14:00:46
Q:
请问一下用AIM分析中 Density Laplacian 的单位是什么啊？
请问一下 a.u.可以转化为e·Å-5 吗？
非常感谢啊
A:
这取决于你用的程序，Multiwfn给出的是a.u.
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2016.03.21 14:23:08
Q:
[图片]请问这个公式里面VaG怎么求啊？
A:
用TS的U(0)减去反应物的U(0)
----------------------------------------------------
2016.03.21 14:28:00
Q:
问下sob，现在大多老师不愿用图指导公式，这是为什么[表情]
A:
如群共享群规所示，字号不得超过12号，否则扣分
----------------------------------------------------
2016.03.21 14:28:40
Q:
各位好，我开始学习相互作用能的计算，请问先用B3LYP/6-31G(d,p)进行构型优化，然后用MP2/6-31g(d,p) Counterpoise=2进行BSSE校正，计算相互作用能量，可以吗？
先用B3LYP/6-31G(d,p)进行构型优化，然后用MP2/6-31g(d,p) Counterpoise=2进行BSSE校正，计算相互作用能量，可以吗？
不哈意思见谅
A:
看你算什么体系，色散作用主导的用B3LYP根本没戏
Q:
氢键，相互作用能
A:
什么级别合适看此文
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
氢键体系凑凑合合，但精度不算高，也不是最理想的选择
----------------------------------------------------
2016.03.21 14:31:55
Q:
E3-1505M可以不？
A:
看你干什么用，很一般
----------------------------------------------------
2016.03.21 14:40:25
Q:
想用multiwfn做一个体系的简单的能量分解，于是用mulfiwfn做了一个片段波函数的叠加，产生了一个new.gif,但是运行高斯时出错：[图片]。找不到事哪儿出错，请教达人给指点一下。
我的new.gif格式如下：
%nprocshared=4
%chk=1.chk
%mem=4000MB
#p nosymm scrf=(cpcm,solvent=acetonitrile) ubp86/genecp guess=cards
Please check this file to ensure validity
1 5
N 0.69424200 1.97117900 -0.15048600
N 1.81238600 -1.10838200 0.05793500
C 2.58151500 -0.56932500 -1.11048100
H 2.01994200 -0.82232400 -2.02585500
H 3.55249100 -1.10680400 -1.16775200
C 1.38077000 2.67182800 0.96953400
H 1.71126400 3.68284700 0.65520600
。。。。。。
H 3.01888700 -0.10121800 1.49882100
Co -0.08443500 -0.03026900 0.40235900
O 0.00877100 0.40153100 2.27641300
O -0.53774500 -0.84180100 2.37382000
C H O 0
6-31G(d)
****
N 0
6-31+G(d)
****
Co 0
sdd
****
Co 0
sdd
5(E16.5)
-1
! Alpha orbital: 1 Occ: 1.000000 from fragment 1
-0.47800E-02 -0.47000E-03 0.30000E-04 0.11000E-03 0.90000E-04
0.14200E-02 -0.51000E-03 -0.10300E-02 -0.12000E-03 -0.29400E-02
0.55000E-03 0.11000E-02 -0.90000E-04 -0.40000E-04 0.00000E+00
-0.10000E-04 -0.30000E-04 0.30000E-04 0.34500E-02 0.54000E-03
-0.12000E-03 -0.13000E-03 -0.11000E-03 -0.16400E-02 0.15600E-02
0.12800E-02 0.86000E-03 -0.30400E-02 0.59000E-03 0.37000E-03
-0.12000E-03 0.11000E-03 -0.20000E-04 -0.40000E-04 -0.80000E-04
-0.12000E-03 -0.10000E-04 0.00000E+00 -0.11000E-03 -0.60000E-04
-0.20000E-04 0.59000E-03 -0.20000E-04 0.19000E-03 -0.12000E-03
。。。。。
-0.51700E-02 -0.17000E-02 0.33109E+00 -0.14976E+00 0.64940E-01
0.14775E+00 -0.11570E-01 -0.31047E+01 -0.29030E+00 -0.66046E+00
0.51740E-01 0.11343E+01 0.11021E+01 0.11383E+01 -0.19860E-01
0.51700E-02 0.17000E-02
-1
! Beta orbital: 1 Occ: 1.000000 from fragment 1
-0.57900E-02 -0.50000E-03 0.30000E-04 0.11000E-03 0.90000E-04
0.14500E-02 -0.51000E-03 -0.10300E-02 -0.12000E-03 -0.29200E-02
0.55000E-03 0.10900E-02 -0.90000E-04 -0.40000E-04 0.00000E+00
-0.10000E-04 -0.30000E-04 0.30000E-04 0.44600E-02 0.57000E-03
-0.12000E-03 -0.13000E-03 -0.11000E-03 -0.16700E-02 0.15500E-02
0.12800E-02 0.85000E-03 -0.30000E-02 0.59000E-03 0.37000E-03
-0.12000E-03 0.11000E-03 -0.20000E-04 -0.40000E-04 -0.80000E-04
-0.12000E-03 -0.10000E-04 0.00000E+00 -0.11000E-03 -0.60000E-04
-0.20000E-04 0.59000E-03 -0.20000E-04 0.19000E-03 -0.12000E-03
-0.10000E-03 -0.30000E-04 -0.20000E-04 0.00000E+00 0.30000E-04
0.80000E-04 -0.26000E-03 -0.10000E-04 -0.10000E-04 0.00000E+00
0.10000E-04 -0.40000E-04 -0.90000E-04 -0.20000E-04 0.49000E-03
0.70000E-04 0.48000E-03 -0.27000E-03 0.20000E-04 0.10000E-04
。。。。
0.14705E+00 -0.11520E-01 -0.31000E+01 -0.29018E+00 -0.66019E+00
0.51720E-01 0.11328E+01 0.10992E+01 0.11396E+01 -0.21060E-01
0.27300E-02 0.32000E-02
0
恳请帮忙找找问题，谢谢
想用multiwfn做一个体系的简单的能量分解，于是用mulfiwfn做了一个片段波函数的叠加，产生了一个new.gif,但是运行高斯时出错：[图片]。找不到事哪儿出错，请教达人给指点一下。
我的new.gif格式如下：
%nprocshared=4
%chk=1.chk
%mem=4000MB
#p nosymm scrf=(cpcm,solvent=acetonitrile) ubp86/genecp guess=cards
Please check this file to ensure validity
1 5
N 0.69424200 1.97117900 -0.15048600
N 1.81238600 -1.1083820
0 0.05793500
C 2.58151500 -0.56932500 -1.11048100
H 2.01994200 -0.82232400 -2.02585500
H 3.55249100 -1.10680400 -1.16775200
C 1.38077000 2.67182800 0.96953400
H 1.71126400 3.68284700 0.65520600
。。。。。。
H 3.01888700 -0.10121800 1.49882100
Co -0.08443500 -0.03026900 0.40235900
O 0.00877100 0.40153100 2.27641300
O -0.53774500 -0.84180100 2.37382000
C H O 0
6-31G(d)
****
N 0
6-31+G(d)
****
Co 0
sdd
****
Co 0
sdd
5(E16.5)
-1
! Alpha orbital: 1 Occ: 1.000000 from fragment 1
-0.47800E-02 -0.47000E-03 0.30000E-04 0.11000E-03 0.90000E-04
0.14200E-02 -0.51000E-03 -0.1030
0E-02 -0.12000E-03 -0.29400E-02
0.55000E-03 0.11000E-02 -0.90000E-04 -0.40000E-04 0.00000E+00
-0.10000E-04 -0.30000E-04 0.30000E-04 0.34500E-02 0.54000E-03
-0.12000E-03 -0.13000E-03 -0.11000E-03 -0.16400E-02 0.15600E-02
0.12800E-02 0.86000E-03 -0.30400E-02 0.59000E-03 0.37000E-03
-0.12000E-03 0.11000E-03 -0.20000E-04 -0.40000E-04 -0.80000E-04
-0.12000E-03 -0.10000E-04 0.00000E+00 -0.11000E-03 -0.60000E-04
-0.20000E-04 0.59000E-03 -0.20000E-04 0.19000E-03 -0.12000E-03
。。。。。
-0.51700E-02 -0.17000E-02 0.33109E+00 -0.14976E+00 0.64940E-
01
0.14775E+00 -0.11570E-01 -0.31047E+01 -0.29030E+00 -0.66046E+00
0.51740E-01 0.11343E+01 0.11021E+01 0.11383E+01 -0.19860E-01
0.51700E-02 0.17000E-02
-1
! Beta orbital: 1 Occ: 1.000000 from fragment 1
-0.57900E-02 -0.50000E-03 0.30000E-04 0.11000E-03 0.90000E-04
0.14500E-02 -0.51000E-03 -0.10300E-02 -0.12000E-03 -0.29200E-02
0.55000E-03 0.10900E-02 -0.90000E-04 -0.40000E-04 0.00000E+00
-0.10000E-04 -0.30000E-04 0.30000E-04 0.44600E-02 0.57000E-03
-0.12000E-03 -0.13000E-03 -0.11000E-03 -0.16700E-02 0.15500E-02
0.12800E-02 0.85000E-03 -0
.30000E-02 0.59000E-03 0.37000E-03
-0.12000E-03 0.11000E-03 -0.20000E-04 -0.40000E-04 -0.80000E-04
-0.12000E-03 -0.10000E-04 0.00000E+00 -0.11000E-03 -0.60000E-04
-0.20000E-04 0.59000E-03 -0.20000E-04 0.19000E-03 -0.12000E-03
-0.10000E-03 -0.30000E-04 -0.20000E-04 0.00000E+00 0.30000E-04
0.80000E-04 -0.26000E-03 -0.10000E-04 -0.10000E-04 0.00000E+00
0.10000E-04 -0.40000E-04 -0.90000E-04 -0.20000E-04 0.49000E-03
0.70000E-04 0.48000E-03 -0.27000E-03 0.20000E-04 0.10000E-04
。。。。
0.14705E+00 -0.11520E-01 -0.31000E+01 -0.29018E+00 -0.66019
E+00
0.51720E-01 0.11328E+01 0.10992E+01 0.11396E+01 -0.21060E-01
0.27300E-02 0.32000E-02
0
恳请帮忙找找问题，谢谢
为什么呢？
A:
确保计算片段时的基组和整体用的完全一致，并且最好都加上5d 7f避免，避免因为笛卡尔和球谐型基函数的对应关系上导致问题
或者要图省事，索性片段和整体计算的基组直接都用def2SVP，就用不着混合基组了
----------------------------------------------------
2016.03.21 14:50:32
Q:
我的能量和频率计算用的是混合基组，
C H O 0
6-31G(d)
****
N 0
6-31+G(d)
****
Co 0
sdd
****
Co 0
sdd
整体分了两个片段，frag1包括CoNCH元素，frag2包括O元素，所以frag2算波函数时候就用了6-31g（d），frag1用了genecp。结果发现这样是不行的。。所以请问sob老师，怎么保证片段计算时基组和整体用的完全一致呢
用混合基组的话
A:
所以用5d 7f。否则6-31G*计算的时候默认会用6d 10f，而genecp默认是5d 7f
Q:
刚才老师你说要把基组写成6-311+G(5d,7f)
我用的6-311+G（2df,2p）算的C H O S体系，这种情况要两个都考虑吗？
A:
5d 7f是单独的关键词，不是写基组里面
----------------------------------------------------
2016.03.21 15:23:20
Q:
老师，cp计算还用结合色散矫正吗？我算的counterpoise+GD3的弱相互作用普遍比单独counterpoise算的结果弱相互作用更强（更负）约1kcal/mol，用哪个结果更合理些呢？
A:
看你用什么基组、算什么体系。
D3+def2QZVP级别用了CP反倒会更糟
----------------------------------------------------
2016.03.21 15:24:25
Q:
sob老师我这样的输入对嚒？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.03.21 15:26:53
Q:
我算弱相互作用体系能量时，mp2的数值比scf的小，这是为什么呢，只有一个这样~~@Sobereva
A:
MP2单点能必然比HF低
有色散作用时，MP2能考虑色散作用，相互作用能也自然比HF大
Q:
对，我的色散作用是正值，不是应该是负值嘛
出现正值了是什么情况呢，我看到过一篇长程的可能出现正值，但我的距离并不大啊~@Sobereva
A:
MP2相比HF，算出来的相互作用能通常更负（即相互作用能更大）。但偶尔也可能更正
Q:
出现更正是什么原因呢，一般，那就是说电子起的是负作用呗
A:
看这个J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 1380−1385
Q:
这篇看了，他说的是长程，距离远会出现，但我的距离并不远啊
A:
先弄清楚每一项，每个体系的MP2校正能是多少
----------------------------------------------------
2016.03.21 15:29:00
Q:
老师，6-31G*一定等于6-31G(d)吗？
A:
等于
----------------------------------------------------
2016.03.21 15:39:59
Q:
老师，您好，校正能是哪个校正能？零点？还是bsse?
A:
MP2能量=HF能量+MP2校正能
Q:
对，我算的能量分解外加单点能，得出的mp2校正能是正值，一般情况不都应该是负值嘛，然后不知道怎么解释了
A:
先说明是什么体系
信息量不足的情况下讨论，往往造成浪费大量文字
----------------------------------------------------
2016.03.21 15:41:15
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
公告：明日起至4月2日期间基本不在群里回答问题，请相互转告
----------------------------------------------------
2016.03.21 15:49:01
Q:
老师，如果counterpoise和D3不需要都用，那算弱作用能，首选是用D3还是counterpoise？
A:
诸如3-zeta级别，适合都用，一个是校正理论方法，一个是校正基组问题，不冲突。D3是免费的，先加。只要用了弥散，CP重要性就没那么高
Q:
哦，知道了，那我在比较一下单独D3的结果，看看差别如何。另外，multiwfn的能量分解分析能区分开静电和色散这两种作用吗
A:
Multiwfn的能量分解没法把静电和交换互斥区分开
用D3或者后HF能够得到色散的贡献，手册里明确说了
----------------------------------------------------
2016.03.21 15:49:01
Q:
石墨烯与SO2的作用，应该是色散作用为主的
A:
SO2极性很大，没有色散为主的必然性
Q:
那是属于静电引力较强的范德华作用吗？
A:
色散和静电作用是并列的概念，此体系静电作用肯定不弱，色散不足以成为主导
----------------------------------------------------
2016.03.21 16:03:54
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
公告：明日起至4月2日期间群主基本不在群里回答问题，请相互转告
----------------------------------------------------
2016.03.21 19:14:52
Q:
各位大大，可以帮忙介绍下如何绘制下图吗？本人是个新手，渴望各位大大的指教[图片]
在不同基准面上做的电子密度差图
我们是做的阴离子+阳离子=整体，整体密度扣除两个组分的电子密度，然后以阴阳离子为不同的基准面，在不同面上做密度差图，我做的与参考图总是感觉上不对，新手啊，描述上可能不到位，请大大们多多指导啊，有具体的描述更不胜感激啊
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
----------------------------------------------------
2016.03.21 19:14:52
Q:
sob老师您好，scf计算中，哪些计算步骤会比较耗时
sob老师您好，scf迭代中hartree势的计算会不会很耗时
A:
双电子积分的计算
----------------------------------------------------
2016.03.21 19:15:23
Q:
tructure from the checkpoint file: "lcb_1_opt.chk"
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20997 Len= 10 IPos= 0 Q= 53997532
请问sob老师，这样报错如何处理，谢谢
A:
你从chk里读取结构，但是%chk又不对，或者里面没有结构信息
----------------------------------------------------
2016.03.21 19:17:09
Q:
搜到了sob老师的格点盆积分介绍！！！
空间格点积分还有这么多的玩意！！！道阻且长
sob老师，现在的量化软件大都采取什么方法做空间格点积分
A:
如果你指DFT，基本都使用此文的方法算的
密度泛函计算中的格点积分方法
http://sobereva.com/69
----------------------------------------------------
2016.03.21 19:18:38
Q:
The ES Hessian is computed in Gaussian 09 by numerical differentiation of the analytical energy gradients老师们，请给个参考文献介绍数值和分析梯度解析的呗？
求分析解析和数值解析区别的参考文献
谢谢你
不胜感激
嗯好的
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1169&highlight=%CA%FD%D6%B5%CC%DD%B6%C8
----------------------------------------------------
2016.03.21 19:19:55
Q:
老师：您好！请问用局域软度[图片]和[图片]判断亲电性的区别是什么呢？我目前的理解是局域软度可以用于判断分子间的亲电性或者是亲核性比较[图片]。而[图片]这种形式的只能用于亲电性比较，请问，是这样的吗？谢谢！@Sobereva
老师：您好！请问用局域软度[图片]和[图片]判断亲电性的区别是什么呢？我目前的理解是局域软度可以用于判断分子间的亲电性或者是亲核性比较
[图片]。而[图片]这种形式的只能用于亲电性比较，请问，是这样的吗？谢谢！@Sobereva
A:
不知道你第二个公式哪来的
ω(r)那东西只能用于比较不同亲电物质某个位点发生亲核反应的能力
Q:
老师：您好！只能是“比较不同亲电物质某个位点发生亲核反应的能力”吗？按照文献上说的，可以是“比较不同亲电物质某个位点发生亲电（自由基）反应的能力”吗？
A:
不很适合
Q:
对象也只是比较适合“比较不同亲电物质某个位点发生亲核反应的能力”中亲电物质吗？
A:
y
Q:
那么s(r)适用于不同物质中亲电（亲核）（自由基）位点的比较，是吗？
A:
都可以用，取决于其中福井函数你用哪种
Q:
如果是单独的w比较呢？是否就是直接比较出两种物质反应时谁是亲电物质？
A:
y
Q:
单独的福井函数（双描述符）用于比较的是一种分子中不用反应位点的性质（例如：单独比较一种分子中该位置发生亲电反应的能力）而s(r),就是用于不同物质之间的位点的比较。是吗？@Sobereva
A:
y
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2016.03.21 19:19:55
Q:
请问培训的日期是哪几天啊？
A:
看科音官网
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2016.03.21 19:23:37
Q:
[图片] 为什么用分A B 基组啊？难道算相互作用能，A，B 基组不需要统一？
A:
基组必须统一，这里说的是哪些片段的基函数需要出现
----------------------------------------------------
2016.03.21 19:23:37
Q:
物理意义是？
A:
衡量两个原子盆之间电子共享对数
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2016.03.21 19:23:37
Q:
我想请教大家一个问题 gromacs里面如何统计在一个圆柱形通孔沿着直径方向上的水的数密度谢谢
A:
vmd里自写脚本实现
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2016.03.21 19:23:37
Q:
请教 multiwfn生成两个.cub，再怎么得到[图片]
A:
看最新版手册3.100.1节[图片]
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2016.03.21 19:23:37
Q:
sob老师，想问下报名是什么形式，需要先交费还是到时候报道的时候交费呢，发票可以开会议费吗
A:
先交费。可以开会议费
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2016.03.21 19:26:20
Q:
谢谢sob老师，试了好几次，都是chk文件不对，chk文件是不是必须默认scrach文件夹里才有效？[表情]
A:
不是
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2016.03.21 19:27:15
Q:
请问乙腈的自旋多重度是多少
A:
基态是1
Q:
老师，第一激发态也是1吗
A:
也许是3
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2016.03.21 19:31:41
Q:
各位老师，想问一个问题，高斯计算TDDFT的时候nstates 和root的数应该怎么选择，依据是什么？
A:
这里写了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.03.21 19:35:13
Q:
举个例子：%chk=water #P.... 结束任务后，下次调用的话，%chk=water %nosave #p title 0 1 我的计算就是这样的，调用总是报错，具体问题出在哪里啊？谢谢老师
A:
检查那个chk文件是否存在，路径有无错误
Q:
chk文件存在，路径的话，win版的不需要写吧？
A:
最好写清楚
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2016.03.21 19:37:15
Q:
老师，我用单机做激发态优化，每次做到迭代CPHF方程，总是回去重算，怎么回事？
A:
什么叫重算？
Q:
就是停在迭代CPHF这一步一段时间，然后重新从input 坐标开始
A:
优化每一步都要做CPHF迭代，那不叫重算
Q:
但是log文件里面的内容都不显示了，重新从input 左边显示，这样正常吗老师？
坐标
A:
没输出文件说不清楚
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2016.03.21 19:51:16
Q:
各位老师好，我目前在做氟化物和OH自由基的反应，因为我还做了它的降解机理，从过渡态到产物用的高斯计算。那么模拟计算这个反应的反应速率是不是适合用TST理论方法呢？关于这个速率计算的程序，我是用的KiSTheIP.是否合适呢？麻烦老师了，谢谢
A:
适合
----------------------------------------------------
2016.03.21 20:10:26
Q:
请问老师，不同基准面上的原子序号是在拓扑分析中确定的吗？
A:
gview或者multiwfn主功能0里就能看见原子序号
Q:
老师，我想问下，我用.Fch
老师，我用.fch文件拖入计算始终做不出密度差图，是如下原因吗【这个例子必须写nosymm，否则由于Gaussian会自动调整坐标到标准朝向，将导致单体的坐标和它们在复合物中的坐标不对应，使密度差失去意义】
A:
fch和wfn文件一样用
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2016.03.21 20:36:29
Q:
请问AdNDP.in中的Occupation number thresholds是如何设置的？谢谢[图片]
A:
用Multiwfn做AdNDP分析
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
你那个程序用法问开发者
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2016.03.21 20:36:40
A:
不公开的程序这里没人会用
Q:
不公开的程序谁知道它到底存不存在？
有没有可能提出个概念，没有程序化， p一张图说是自己编的某个程序做的？或者确实程序化了，但程序实际编错了，得出的图实际不准确，别人又无从验证
A:
有很多文章用的都是自编的不公开的程序，或者号称有程序可提供，但是必须邮件向作者索取。这种情况，文中的数据谁知道真假
Q:
作者既然不公开，邮件索取也不会给吧
A:
有的是文中明确说程序可以向作者要，但作者有权不提供，可以无视你的邮件
Q:
那谁知道数据是真是假
A:
就是不知道嘛
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2016.03.21 20:50:11
Q:
Sob您好，请教一下，临界点的电子密度的比较只对相同种类的元素有意义的话，下面这段话是不是有问题，谢谢：
[图片]
A:
由于是同一周期的、相邻元素，而且数值差异较大，所以这还好点
但还是建议结合其它指标一起讨论
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2016.03.21 20:54:06
Q:
[表情]你们在说什么，我在编译的是qchem开源程序，只是想问一下小的安装问题
A:
不是说你的问题。
你的问题检查makefile文件和编译脚本。qchem并不开源，如果是买来的问客服
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2016.03.21 21:02:58
Q:
sob老师RDG函数就是来反映电子分布的吗？
A:
目的不是反应电子分布，而是展现弱相互作用区域
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2016.03.21 22:43:54
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
近期去11区采风，4月2号之后再继续解答群里问题，各位拜拜[表情]
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2016.03.21 22:39:13
Q:
按书上说，静态相关要多参考方法，那静态相关方法应该包括CASSCF，MCSCF，MRCI，MRCC，DMRG。。。对不对/疑问，@Sobereva
CI 也算是静态相关方法吗
A:
没有所谓的静态相关方法，只能说方法能否处理好静态相关。多参考方法都可以处理好静态相关，纯泛函也凑凑合合
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2016.03.21 22:40:45
Q:
老师，我们是这样算的，先阴离子结构优化，再优化阳离子结构，然后优化后的两个单体结构组合成稳定的一个整体结构。我觉得是不是我们在优化单体结构时，两个单体因为都是从序号1开始编号，所以整体扣除俩片段的密度差才错误了？我们是不是先算出整体的优化结构，在高斯中先让整体减去阴离子部分的阳离子组分的波函数，如法炮制，是不是这样单体阴阳离子的序号都会跟整体上的序号一致呀？
A:
作密度差图的时候原子序号无所谓，但是原子坐标必须对应
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2016.03.21 22:41:17
A:
T=triplet，当然自旋多重度要设3
Q:
恩恩，这里是三重态，在读您的帖子时有点蒙
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2016.03.21 22:41:17
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
混合基组没有统一的校正因子
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2016.03.21 22:42:02
Q:
各位，我想问一下，transition dipole moment跃迁偶极矩，是否是tddft结果文件中的标红的xyz三个方向数据。[图片]
transition dipole moment如果从这个翻译上看，就是我画的位置的数据。谢谢。猫王[表情]
A:
是
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2016.03.21 22:43:16
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
4月2号之后再重新解答群里问题，各位拜拜/再见
4月2日才归宅，世界各地都能上网
最近群里加了不少新人，没看过群共享里群规的请先看一下。
4月2日群主归宅，继续回答群里问题
Q:
在互联网的时代，你可以坐在家里上网，或者像我这样，一边用双腿跑步，一边用手机泡妞，不耽误
A:
污
Q:
[图片]
A:
刷无聊的图要扣分，自重
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2016.04.02 12:28:33
Q:
老师，我先在b3lyp/genecp进行优化(6-31G**/LANL2DZ)并进行freq， M06/genecp（6-311G**/SDD）算单点能，用单点能+热力学矫正能作为能量，计算吉布斯自由能能垒可以吗@Sobereva
老师，我文章用的前一种，审稿人提议需要用高级别基组算算单点能，是要求精确一下能量吗，我理解对吗
A:
对
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2016.04.02 12:28:33
Q:
有哪些分子在某一方向上形成电场？如何能够定量描述？@Sobereva
A:
所有分子都行，具体看什么位置。用Multiwfn计算某个点的电场就完了，也可以绘制成图像
[图片]
Q:
例如像苯分子在垂直方向上的电场大小？
A:
算就完了
Q:
这图是电场矢量图吗？
A:
是
[图片]
上面的图箭头应该反过来
刚才的图弄错了，应该是这个
[图片]
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2016.04.02 12:28:33
Q:
老师，您好，我只提交一个作业（10个核）4个小时可以跑10步；若同时提交两个作业（各10核）经4小时却一步也没有跑，是我高斯装的有问题吗，工程师说是centos7.0和高斯09版本不兼容的缘故。我真不明白为什么交两个作业效率直接降低呢，请老师指点
A:
远程说不清楚，应当不是兼容性问题，只能反复摸索
Q:
我该怎么调整呢，重装高斯，还是系统呢？可能的原因有哪些啊，老师
A:
反复试，play
Q:
哦，好的，谢谢老师指导
A:
监控top信息
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2016.04.02 12:39:23
Q:
[表情]
/OK
我想画分子正则振动动态图要用什么软件？
[表情]
/偷笑
A:
gview
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2016.04.02 12:39:23
Q:
我想把高斯A02的版本换成D01版本，大家知道怎么安装吗
A:
安装方式完全一样
----------------------------------------------------
2016.04.02 12:47:00
Q:
大家好，我是清华大学赵志军
A:
请阅读群共享里的群规，字号不要超过12
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2016.04.02 14:54:09
Q:
[图片][图片]
好恶心的原因啊。。。
验证码没有区分大小西的吧
第一次遇到验证码错误，判定为密码不对的。。。
A:
谁说没有大小写区分，打成大写又有何妨？又不是验证码看不出是大小写
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2016.04.02 14:54:47
Q:
[图片]
SOB老师手册的电荷密度作图
[图片]
这是我的
怎么VMD显示这么模糊呢
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2016.04.02 14:58:30
Q:
老师，通知明天下吗？
A:
应该能
现在处理堆积的杂事中
Q:
肯定是在忙着回复论坛积压的帖子
A:
不光是这个
Q:
忙着整理采风得到的素材
老师，你给我带了什么礼物？[表情]
忙着怎么回答的问题[表情]
A:
也不仅如此。
只要有一天脱离平日的生活方式，就会堆一堆事
Q:
看来老师没办法习惯自己不习惯的日子
老师，你给我带了什么礼物？[表情]
A:
不要自我意识过剩
----------------------------------------------------
2016.04.02 15:18:05
Q:
sob老师可以先报名，报名费晚几天交吗？学校是对公支付，自己支付的还不给报销。
A:
可
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2016.04.02 15:45:14
Q:
用Multiwfn计算某个点的电场就完了，也可以绘制成图像我翻了翻手册，没有找到相应的说明，能否给个参考链接或者文献？谢谢
[图片]这个图的参考就好
A:
计算某个点的电场：
载入波函数文件
进主功能1，输入f12，输入要算的点的坐标，之后Components of gradient in x/y/z are后面的值的负值就是
绘制电场平面图：
4
12
7
回车
然后根据实际情况选择作图平面
Q:
好的，谢谢，我去试试
不过有看考文献最好了，公式方面的
A:
[图片]
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2016.04.02 18:27:55
Q:
请问用gaussview如何输出坐标格式
类似于.xyz那种，打开里面只有坐标
哦，这样啊
谢谢啦
刚才试了一个好办法哦~~~~~~~~
转成.mol
然后用MS打开
嘿嘿
A:
又见诗歌式发言
Q:
:)
然后用MS怎么弄
我发现ms也转不了.xyz
A:
[图片]
Q:
[表情]
A:
不是夸你
Q:
知道啦
A:
保存高斯输入文件，自行改成xyz格式，没更好的办法
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:06:38
Q:
请教大家一个问题,我用# amber=uncharged geom=connectivity 对蛋白进行计算。这个蛋白里面，有自定义残基，生成的gjf文件后，自定义残基上的原子没有被赋予部分电荷。应该是在计算开始后，才开始对这些原子赋电荷的吧？生成gjf文件时赋的部分电荷是根据氨基酸lib里面的参数赋的电荷，而计算开始后赋的电荷是qeq电荷，这两种电荷会不会不兼容呀？
A:
是的。QEq电荷用于分子力场算不上很理想，最好还是自己用合适的方法计算非标准残基的电荷，直接写在输入文件里
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:23:44
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
[图片]谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元
http://sobereva.com/82 老师你这个例子里面的石墨烯C28H14可以作为合理的石墨烯团簇用于相关计算么@Sobereva
还有我按照老师这个片段组合波函数的办法，构建了一个C54H18的石墨烯团簇结构，发现最长的CC键是1.427 最短的CC键是1.400，这个误差算合理么
A:
要当成石墨烯片段最好再延展大点
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:25:20
Q:
各位老师好，本人刚接触高斯，请大家从哪里能够学到LINUX版本高斯的计算操作命令？
我参加过MS的培训，当时也是对MS不了解，感觉培训的不太好。等我入门软件了，在参加培训，效果可能会更好。
A:
[图片]
参加一次科音的培训，高斯主要的功能就全会了
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2016.04.02 21:26:40
Q:
请问各位老师，有没有介绍可极化力场的文献推荐？
A:
moment 可以看看
WIREs Comput Mol Sci 2015, 5:241–254. doi: 10.1002/wcms.1215
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:27:26
Q:
优化计算到-6次方就来回震荡怎么办？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:31:51
Q:
就是开发multi什么的那个软件的牛人吧
不明白为啥别让sob老师看见
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:31:51
Q:
请问大家：
用multiwfn进行hole-electron分析，画出的分布图为什么是这样的？
[图片]
为什么这么小，可以调吗？
A:
不好说，建议你先把手册里的例子完整重复一遍，弄熟悉操作
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:31:51
Q:
请问出现这个算不完该怎么办？Gradient too large for Newton-Raphson -- use scaled steepest descent instead.
A:
这不是出错提示
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:31:51
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
请问，可以用高斯计算在水溶液中添加剂在钢球表面的表面吸附力，或能量
A:
red rose 病句。
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:31:51
Q:
这个分子，6-31+G(d)优化了近24小时了还没有好，需要继续等待吗？小pc
A:
这种体系B3LYP/6-31G*优化足矣，时常监控优化曲线，免得震荡了还在那里瞎算白费时间
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:34:22
Q:
为什么培训班不放到暑假，这样估计来的人更多[表情]
为什么培训班不放到暑假，这样估计来的人更多/偷笑
A:
暑假有别的安排。而且去年暑假开过班，并不觉得比非暑假期间有任何好处
----------------------------------------------------
2016.04.02 21:34:22
Q:
WFNwin能做激发态频率计算吗？
A:
没有叫做WFNwin的程序
----------------------------------------------------
2016.04.02 22:35:14
Q:
sob老师，在比较判断A,B两种物质对C相互作用那个强时，A、B摆放于C相同位点还是寻找各自最大作用能进行比较呢？
A:
最大作用能进行比较
----------------------------------------------------
2016.04.02 22:46:40
Q:
恩恩，还有就是最大作用能位点能用表面静电势最大位点进行摆放吗？
感觉在找最大作用位点时好盲目，需要好多次的尝试，还有当换了B时，A相互作用最大位点并不是B最大位点，还要各种摆放B的位置，这样感觉操作量好大，所以请问下一般算比较相互作用时，都是怎样的步骤，也是各种试吗
A:
可以用molclus来寻找相互作用能最大的二聚体结构，见：
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
静电势的互补规则可以作为人为猜测结构时的辅助，但由于还有色散、极化作用，所以只能作为参考，而不是决定性的依据
----------------------------------------------------
2016.04.02 22:55:05
Q:
老师好，请问一下，输入文件里面分子说明部分各个原子的部分电荷之和必须等于分子说明第一行定义的电荷数吗？
A:
原则上应如此
Q:
那如果不等于是不是也没关系啊！
那如果不等于是不是也没关系啊？比如，相差零点几。
A:
体系的电荷设定是对于量化计算而言的，分子力场计算的时候静电作用只看原子电荷。但保持一致比较优雅
----------------------------------------------------
2016.04.03 12:21:34
Q:
请问，可以用高斯计算在水溶液中添加剂分子在钢球表面的表面吸附能吗，用那种算法呢
A:
取一个金属小团簇（比如三、四层的一个小方块）来表现钢球表面，把添加剂分子放在上面优化，得到复合物能量，然后再减去各自的能量就是吸附能。整个计算都在隐式溶剂模型下计算。
----------------------------------------------------
2016.04.03 12:22:37
Q:
multiwfn是不是像手册上说的有时（很少）读orca结果有点问题，因为我一打开闪了一下就没有了；另外计算点的立场的单位是什么？
wfn
orca_2aim
A:
orca用户最好用.molden文件作为Multiwfn的输入文件，orca给出的wfn文件很buggy
----------------------------------------------------
2016.04.03 12:22:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
没有问题。title还需要。基组和赝势还得重新定义，除非你直接写chkbas来从chk中读取基组和赝势。=check就得写那个。
贴大段文字的时候字号更要小一点，否则看着累
----------------------------------------------------
2016.04.03 12:54:10
Q:
那关于计算电场的单位呢？
A:
什么意思？
Q:
计算某一点的力场E(r)的单位
a.u/bohr
?
A:
就是a.u.
----------------------------------------------------
2016.04.03 12:54:29
Q:
一般来说，对于单原子，是不是核外电子只受原子核中质子的影响，而不受中子个数的影响？因而在高斯计算同位素效应时只是因为原子质量改变之后，在频率计算时热力学参数会变化。是不是这样理解？
可不可以说原子中子数对于核外电子没有影响
A:
可以这么说
----------------------------------------------------
2016.04.03 12:57:29
Q:
别人让计算同位素原子的核外电子能量差别也是很坑爹？
A:
坑爹
----------------------------------------------------
2016.04.03 13:55:07
Q:
请问在计算自由基加成反应的过渡态时，自旋多重度该怎么考虑？可以认为过渡态是是闭壳层体系吗？初始反应物中间体的又该怎么设？
A:
看你整个体系了。如果另一个反应物自旋多重度是1，则整体从头到尾和自由基一样，也是2
Q:
谢谢老师。这个情况是确实应该是2。如果是两个多重度都是2的自由基的反应呢
这种反应没有势垒？
A:
很可能没有势垒，如果产物是单重态你就用单重态
----------------------------------------------------
2016.04.03 14:36:24
Q:
[图片][表情]请教一下，右侧的等高线图是怎么计算出来的啊？
A:
用Multiwfn，看手册4.4节作平面图的例子
gview也能做，但是可调节性很差
----------------------------------------------------
2016.04.03 14:43:21
Q:
sob老师，我想问一下， win下GV中调用高斯CUBE模块计算出的ESP文件一般在哪个文件夹中？
A:
gview目录里找找
----------------------------------------------------
2016.04.04 11:00:45
Q:
@【传说】Sobereva老师：你好，我想问一下如果我的体系具有CS对称性，那么换轨道的时候,只能A'和A’换？还是要不同对称性才能交换。
我用g09进行计算的
呵呵
从理论上讲，是不是一个分子属于一个点群，那么这个分子内部的力也满足这个群的操作啊 ?
A:
必须不可约表示不同的轨道交换才有意义
----------------------------------------------------
2016.04.04 11:05:29
Q:
请问如果基态优化和激发态的泛函和基组不同，能不能在激发态计算时guess=read, geom=check，来调用基态的波函数和坐标？（激发态计算操持基态优化结构不变，垂直激发）
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.04.04 11:05:29
Q:
sob老师，结构化学教材中说CO分子中碳原子端显负电性，量子化学计算结果都是C端电荷减少，何解？
从电负性上考虑，O大于C，C上不是应该缺电子？
A:
CO本来极性就很弱（偶极矩接近0），而且不同原子电荷方法算出来的结果本身就有差异，所以这不是什么问题
----------------------------------------------------
2016.04.04 11:05:29
Q:
@sob,我想请教下，在下面的图中，O（1D），O（1S），O(3P)的能量用高斯怎么计算？非常感谢！
[图片]
A:
方法很多。比如deltaSCF方式计算你就调整初猜轨道占据方式得到相应的态
----------------------------------------------------
2016.04.04 11:36:47
Q:
请问:怎么看算出来的结果是开壳层还是闭壳层？
奥
如果我用UHF计算，怎么看结果是开壳层还是闭壳层？
A:
有自旋密度分布（或者自旋布居）就是开壳层，闭壳层自旋密度处处为0
----------------------------------------------------
2016.04.04 11:50:21
Q:
请问老师，[图片]高斯计算中l913错误怎样解决啊？
A:
看CCSD迭代能量收敛情况，是震荡了，还是有收敛的可能，以及是否已经收敛到足够的精度了
有收敛的可能就增大maxcyc，已经收敛到足够的精度就当成已经收敛，直接取能量，如果震荡了就考虑调整结构、尝试其它基组
----------------------------------------------------
2016.04.04 11:51:36
Q:
谢谢sob,是用guess=alter调整初始猜测么？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.04.04 13:27:03
Q:
[图片]苯的这样一个mo怎么看待呢？好像不像6个垂直于平面的p轨道组成的共轭大pi键
[图片]
把苯环平面平过来这样
A:
应当是sigma轨道
Q:
C-C的sigma吧
A:
isovalue设大点就方便看了
----------------------------------------------------
2016.04.04 15:39:03
Q:
老师您好，我用multiwfn计算一个负离子的表面静电势，静电势范围是在-106到-116，但是画图的时候基本上都是白色[图片]是不是负离子这样算出来的话都是这样的啊？或者是我的计算后者后期处理出错了？谢谢老师
A:
负离子表面静电势这样并不稀奇，如果要用颜色差分开106~116的范围，就在trajectory标签页里面适当设置色彩刻度上下限
----------------------------------------------------
2016.04.04 15:48:12
Q:
请大家看看，我的G09计算用guess=read geom=check时，为什么会出现错误：
%chk=freq1.chk
%mem=40GB
#p freq rb3lyp/genecp guess=read geom=(connectivity,check)
GS freq b3lyp 6-311G(d) LanL2DZ vacuum
0 1
C 0
6-311+G*
****
H 0
6-311+G*
****
O 0
6-311+G*
****
N 0
6-311+G*
****
S 0
6-311+G*
****
Zn 0
LANL2DZ
****
Zn 0
LANL2DZ
计算瞬间停止，错误提示：
Wanted an integer as input.
Found a string as input.
C 0
?
Error termination via Lnk1e in /public/home/tjudssc/software/Gaussian09//g09/l101.exe at Mon Apr 4 15:43:03 2016.
我把opt的chk重命名为freq1.chk
A:
connectivity去掉
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2016.04.04 16:28:42
Q:
@sob,我问得O（1D），O（1S），O(3P)的能量计算除了deltaSCF方式，还有其他的方法么？想多了解一下这方面的东西。因为我还想计算F（2P1/2）、F（2P3/2）的能量，非常感谢你的热心解答!
A:
CASSCF或者多参考方法
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2016.04.04 18:01:38
Q:
def2tzvp对Br是全电子基组？
A:
y
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2016.04.04 18:03:22
Q:
谢谢sob
报名有截止时间吗……
A:
把通知读完整...
Q:
[图片]
这？
时间是不是写错了
哦标题上写着截止- -
[图片]
但是通知正文似乎没提
A:
fixed
[图片]
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2016.04.04 18:05:51
Q:
[图片]请问各位老师，左边是LUMO，右边是HOMO，应该怎么判断跃迁类型呢？
A:
有一定CT特征，参考
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2016.04.04 18:07:36
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
通知：北京科音自然科学研究中心将于2016年5月7日至11日于北京开办“第二届北京科音基础量子化学培训班”，以使得量子化学研究者以最好、最快的方式学会量子化学应用性研究所需要的几乎所有知识，并熟练掌握主流量子化学程序的使用。此培训由卢天博士（思想家公社群群主、计算化学公社论坛坛主、Multiwfn程序开发者）讲授。本次培训详情、内容和报名方式请参见http://www.keinsci.com/workshop/2KBQC.html。报名于5月4日截止，欢迎踊跃报名并转发消息。
培训内容
•计算化学概览
•计算化学工作者的常识（介绍计算化学研究必备的常识性问题）
•量子力学概要（介绍所有量子化学学习需要知道的最基本的量子力学知识）
•量子化学理论基础（Hartree-Fock、半经验、密度泛函理论、组态相互作用、微扰、耦合簇、多参考方法、电子相关的本质、电子积分、SCF迭代、分子轨道、自旋多重度、开壳层与闭壳层、自旋污染、导数计算等）
•基组与赝势（介绍基组和赝势的基本概念，盘点所有主流的基组和赝势，介绍如何根据具体情况选择最合适的基组，介绍基组外推）
•分子结构建模（各种坐标系的介绍，演示构建各类体系的最佳、最快的途径）
•单点能计算（各种类型计算数据的读取、轨道图形与自旋密度的观看、解决SCF不收敛的方法、对称破缺处理、波函数稳定性测试、轨道调换等）
•势能面的概念
•几何优化（几何优化的原理算法、限制性优化、解决不收敛和虚频的方法等）
•过渡态搜索（过渡态搜索的基本算法、初猜过渡态的方法和技巧等）
•IRC计算
•反应速率的计算（介绍碰撞理论、过渡态理论、RRKM方法，讨论决速步的判断、隧道效应、压力的依赖性，演示利用KiSThelP程序计算反应速率）
•势能面扫描（刚性扫描、柔性扫描、不同坐标下的扫描）
•振动分析（介绍谐振频率计算的原理、非谐振效应、频率校正因子，以及如何观看振动模式和做PED分析）
•红外、拉曼、VCD、ROA光谱的计算与绘制
•热力学性质与能量相关性质的计算（详细介绍分子热力学基础，ZPE、焓、自由能、反应热、电离能、电子亲和能、电负性、键能、重整化能、原子化能等常见能量相关属性的计算，还介绍热力学组合算法、构象分布、平衡常数的计算，并讨论等键反应的构建、受阻转子和极低频模式的处理）
•弱相互作用的计算（弱相互作用的本质、计算方法的选择、BSSE的考虑、色散校正、弱相互作用的分析等）
•溶剂模型（溶剂模型的理论基础、溶剂效应的影响、非平衡溶剂效应、溶剂化能的计算、pKa、氧化/还原势的计算等）
•分子体积、静电势、外电场、背景电荷、原子电荷、键级、背景电荷、轨道成份、多极矩等杂项的计算
•NMR、核自旋耦合常数、磁化率的计算
•激发态与电子光谱（介绍激发态研究涉及的各种相关的概念和问题，比如垂直与绝热过程、FC原理、Stroke位移、振子强度、电/磁跃迁偶极矩、跃迁禁阻、光化学、势能面交叉、旋轨耦合、激发态寿命、溶剂的影响等，详细介绍激发态计算的方法和基组的选择，介绍电子激发类型的分析和判断，通过实例介绍紫外、荧光、ECD光谱的计算和绘制）
•极化率与超极化率的计算
•相对论量子化学（介绍相对论效应的影响、四分量计算、X2C/DKH/ZORA方法、全电子计算）
•周期性计算简介
•ONIOM方法的原理与应用
•MOPAC使用简介（介绍做半经验计算飞快的免费的MOPAC程序的特点、关键词并演示实例）
•计算化学相关书籍简介（介绍每本书的特点，对选择书籍进行学习提供建议）
•主流量子化学程序盘点（介绍各种常见量子化学程序的优缺点和特征）
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2016.04.04 18:15:55
Q:
[表情]
sob老师有没有发表过新手学习方法相关的文章
A:
参加培训是最快的学习方法
Q:
在国外不方便啊
A:
那没有什么好办法，只能自己慢慢看书、看群和论坛的讨论、google、摸索
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2016.04.04 18:19:25
Q:
培训最好录个视频大家没法参加的可以看看付费也可以
A:
目前没有这个打算
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2016.04.04 18:54:57
Q:
老师，报名表发过去了
A:
收到
Q:
老师，其实发票你开了就行，我没办法报销的，我只是要给母亲看而已
A:
[表情]
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2016.04.04 19:18:07
Q:
老师，动力学的班有初步的计划吗
A:
过几个月
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2016.04.04 19:21:24
Q:
对了老师，你的书脱稿了没有
A:
no
Q:
[表情]还有十万多字就截稿了把？
A:
no
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2016.04.04 19:26:57
Q:
sob大神，对于CO2分子，按pi34大pi键也算”轨道“来说，一个大pi键用掉4个价电子，两个就总共8个价电子，加上2个O的2个孤对儿，2个C-Osigma键也就是6个成键”轨道“.但实际上不存在4电子轨道，真实的MO会多出2个。[图片][图片]，另外2个沿x和y轴的孤对电子即使按大pi键也算轨道的话也会有那两个。那么真实多出来的两个MO和大pi键有关系吗? 大pi键模型和MO有关联吗？
另中级班有计划推出吗？
如果把CO2不看成有大pi键，C-O完全看成普通的双键，倒确实会有8个MO对应2个C-Osigma，2个C-Opi键，4个孤对。这种数目的重合完全是巧合吗
A:
不会有中级班，中级班的东西都摊到基础班和以后的高级班了
每个三中心4电子键是用两个3中心2电子MO来描述的。正如苯的6中心6电子共轭实际上是3个MO描述的
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2016.04.04 19:39:42
Q:
请教一下各位老师，在gromacs里我计算水和dmso的氢键数怎么是温度越高氢键输越多呢
很不合常理的感觉
A:
把cutoff radius和cutoff angle设严点看看。也同时结合轨迹查看（在VMD里显示氢键，看看是否有这种现象）
Q:
那请教一下在vmd里怎么看呢？还没用过，稍微说一下就好，谢谢老师啦
A:
[图片]
Q:
我现在都还不知道截断半径怎么设置最恰当
A:
通常就是用默认的，<3.5埃，>150度
Q:
原来vmd可以再Windows下面装啊，我好傻[表情]
那一般是根据什么做恰当的调整呢？
A:
距离设小点，比如3.3，角度设大点，比如>160。反复试试
结合轨迹观看很重要，否则有时候容易被纯粹的数据所迷惑
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2016.04.04 19:43:10
Q:
哪位有学习画photoelectron spectra的资料。非常感谢！
A:
参考http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2527
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2016.04.04 19:46:56
Q:
顺便问下，霓虹好玩吗
A:
nice
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