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标题: 关于用packmol生成模拟盒子，怎么用于gromacs的问题 [打印本页]

作者
Author: yangzhanlin 时间: 2022-5-23 10:01
标题: 关于用packmol生成模拟盒子，怎么用于gromacs的问题
各位老师，我现在想做一个MD的模拟，目的想构建LiFSI/THF体系，摩尔比为1:2，我用packmol建立模拟盒子，放入500个LiFSI和1000个THF，但是现在我只有一个PDB文件，请问我通过什么方式获得其他文件进行gromacs模拟，我刚接触gromacs不太懂这方面，希望可以得到解惑，谢谢！

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-23 10:21
本帖最后由牧生于 2022-5-23 10:36 编辑

http://sobereva.com/soft/Sobtop 至少至少至少重复一下例1和例2

作者
Author: yangzhanlin 时间: 2022-5-23 12:01

牧生发表于 2022-5-23 10:21
http://sobereva.com/soft/Sobtop 至少至少至少重复一下例1和例2

请问我要用opls力场该怎么办呢

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-23 13:44
本帖最后由牧生于 2022-5-23 13:47 编辑

yangzhanlin 发表于 2022-5-23 12:01
请问我要用opls力场该怎么办呢

FAQ 2里面

CGenFF、OPLS-AA、GROMOS力场能描述的体系用GAFF/AMBER也都能描述，GAFF/AMBER不能描述的那些力场也基本不能描述，因此我不觉得有任何必要去直接支持GAFF/AMBER以外的力场。

复制代码

如果实在要用OPLS，看这个帖子中关于LigParGen的描述，http://sobereva.com/266 如果OPLS不能满足你的要求，那么，你最终还会回到sobtop

作者
Author: yangzhanlin 时间: 2022-5-23 19:27

牧生发表于 2022-5-23 13:44
FAQ 2里面

如果实在要用OPLS，看这个帖子中关于LigParGen的描述，http://sobereva.com/26 ...

好的，谢谢您的指导。

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-5-24 16:07

牧生发表于 2022-5-23 10:21
http://sobereva.com/soft/Sobtop 至少至少至少重复一下例1和例2

老师您好，我用packmol建立了一个mix.pdb，十万原子左右，请问可以直接使用Sobtop得到拓扑文件用于Gromacs吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-24 17:58

wyfgg 发表于 2022-5-24 16:07
老师您好，我用packmol建立了一个mix.pdb，十万原子左右，请问可以直接使用Sobtop得到拓扑文件用于Gromac ...

不可以。
应该使用sobtop得到每种物质的itp，然后编写.top，把这几种物质都包含进去。
详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/ FAQ4

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-5-24 18:23

牧生发表于 2022-5-24 17:58
不可以。
应该使用sobtop得到每种物质的itp，然后编写.top，把这几种物质都包含进去。
详见 http://sob ...

您好，我把三种单分子的top文件合并至mix.top，并引用了三者的itp文件，运行

gmx grompp -f minim.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr

复制代码

报错

Fatal error:
Syntax error - File GDO.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

复制代码

请问报错如何修正呢？

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-6-4 22:16

wyfgg 发表于 2022-5-24 18:23
您好，我把三种单分子的top文件合并至mix.top，并引用了三者的itp文件，运行报错请问报错如何修正呢？

是将[ atomtypes ]一栏的内容剪切、粘贴到top里，删除重复定义的atomtype并将itp中的atomtype删除

作者
Author: xptracy 时间: 2022-6-4 23:17

Jotaro 发表于 2022-6-4 22:16
是将[ atomtypes ]一栏的内容剪切、粘贴到top里，删除重复定义的atomtype并将itp中的atomtype删除

我也遇到这样操作出现Syntax error - File topol.top, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-6-5 02:31

xptracy 发表于 2022-6-4 23:17
我也遇到这样操作出现Syntax error - File topol.top, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'

按我说的修改

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