公社群聊Q&A整理：2016.03.15 09 ~ 2016.03.18 18 - 计算化学公社

2016.03.15 09:59:15
Q:
[图片][图片]~这确定不是群里某位大神做的吗。。。
A:
当然不是
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2016.03.15 10:00:11
Q:
就是构型错误，需要重新找过渡态吧
A:
y
Q:
你看看命令用错了么？我以前这样的情况一般是命令错了，没加TS
A:
初猜结构不合理时opt=TS也可能跑到极小点
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2016.03.15 10:24:58
Q:
[图片]有个问题，比较感兴趣，这个Sc2@C66里面的Sc与碳笼子中的碳，是共价结合的么？
A:
算算键级，作ELF、RDG图
共价特征预计不会强
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2016.03.15 10:37:55
Q:
高斯中如何做MULLIKEN POPULATION ANALYSIS？
只有Mulliken Charge等信息。
能否得到类似于[图片]等内容
A:
用Multiwfn做Mulliken布居分析
Q:
好的。我查下手册
Multiwfn中有若干种Mulliken布局分析，[图片]。根据什么选择该用哪种呢？
A:
就是3.9.3节那个
其它的都不是Mulliken分析
Q:
请问：高斯无法通过命令直接输出Mulliken布局分析？
A:
默认就输出Mulliken布居信息，但是信息远没有Mulitwfn给出的那么充分
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2016.03.15 10:47:49
Q:
请问下异丙醇铝在高斯优化时用什么方法基组比较合适？方法基组的选择有推荐学习的资料吗？
A:
B3LYP/6-311G**
Q:
如果异丙醇铝要和纤维素作用，而纤维素优化用的B3LYP/6-311+G**，相互作用该用什么样的基组呀？
A:
计算弱相互作用用什么级别看此文里的方法推荐
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2016.03.15 10:59:38
Q:
[图片]sob 老师 3D的变形密度图 multiwfn 有教程吗多谢
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.03.15 11:24:55
Q:
Sob老师，PCM溶剂化自由能为[图片]，也看到您为别人的释疑中说道PCM，IEFPCM，COSMO等溶剂模型只考虑了溶剂的静电效应，这些模型计算的溶剂化自由能就只考虑了最后一项吗？另SMD模型中的静电势部分是只能用IEEPCM模型计算呢？还是可以用别的CPCM什么的只是精度降低而已？
另Klamt的COSMO模型和CPCM模型都是采用原子电荷来计算静电势的吗？它们的不同点是什么呢？请Sob老师出关答疑，谢谢@Sobereva
A:
是的。另外两项是否计算取决于用的关键词，但这不是PCM、COSMO等方法本身定义的。
SMD则是都定义了。其静电部分标配IEFPCM计算，改成CPCM不会有任何好处
算静电势显然不是用原子电荷算的。CPCM是把COSMO的思想一定程度融入PCM的版本
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2016.03.15 11:25:26
Q:
老师，用关键词stable=1opt进行波函数的稳定性测试，如果发现波函数不稳定，会重新进行SCF计算，这样算出来的SCF和重新优化算出来的SCF一样吗
A:
重新优化指什么？
Q:
重新优化基态下面的结构
A:
几何优化和波函数优化是两码事
Q:
老师，我的测试了基态下面的波函数是不稳定的，我现在该怎么做
A:
那就用stable=opt得到稳定波函数
或者弄清楚是什么原因导致不稳定，诸如开壳层当成了闭壳层算、自旋多重度设定不对之类
Q:
我就是用的这个关键测试的
A:
最后得到的就是稳定波函数下的能量了
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2016.03.15 12:40:04
Q:
请问multiwfn在linux下怎么安装？
A:
手册2.1.2节
有问题先看手册
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2016.03.15 13:18:31
Q:
各位好，我对激发态进行了TD结构优化之后，用GV打开后查看UV-VIS图，怎么感觉是吸收谱而不是荧光谱图呢？
A:
怎么绘制荧光普看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
老师这个帖子我看了，我做TD优化后最后一步输出的能量才是发射能，利用最后一步数据绘制出的发射光谱和直接把输出文件打开看UV-VIS选项查看光谱这两个图有区别吗，谢谢
A:
博文里说了，要把S1以外的态的振子强度设成0
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2016.03.15 13:43:59
Q:
请问：利用Multifwn分析出轨道组成后，比如H的s轨道：11%。另一个轨道中H的S成分为2%；那能否说：前者H的轨道与其他原子的重叠情况更大？
A:
不能
Q:
为什么呢？
那重叠部分的大小应该怎么判断？
A:
贡献大不代表与其它轨道重叠大，要看这个基函数与其它基函数之间的交叉项对轨道的贡献
Q:
嗯。。。我之前研究用Multiwfn表示交叉部分，发现主要是针对HOMO和LUMO之前的重叠吧？
对于我想研究1个TS分子中分子轨道重叠多少，可以吗？
A:
两个MO之间的重叠积分，以及两个基函数之间的重叠积分，以及某个MO当中两个基函数之间的交叉项贡献，这是三个不同的东西
都可以用Multiwfn得到
Q:
哦。如何得到某个MO当中两个基函数之间的交叉项贡献？
A:
你如果目的就是衡量某个MO中，某个基函数与其它基函数的重叠总大小，就看
[图片]
Q:
哦。sob姐，那我调用哪个命令啊?在看手册。。。
A:
轨道成分分析-Mulliken分析
Q:
另外，这个cross term中负值是什么含义？
A:
以相反相位重叠占主要
Q:
[图片]比如这个分子中，我想判断C原子和M原子的重叠部分的大小（绿色部分），应该看哪种重叠呢？我之前理解可能有问题。。
A:
先用这两个，把两个原子各定义为片段1和片段2
-2 Define fragment 2 (for option 4,5)
-1 Define fragment 1 (for option 1~6)
然后用
4 Print frag. 1 & inter-fragment compositions in all orbitals (Mulliken)
就会输出两个片段之间交叉项对各个轨道的贡献
诸如
[图片]
Q:
好的，谢谢，我结合手册研究下。
A:
根本不是算电荷的，这是能量分解，先多google
Q:
[图片]在定义片段的时候，好像都是对basis function，而非对原子哦？
A:
屏幕上提示了，用a就可以把原子包含的基函数全都加进片段，就相当于原子
Q:
那我是不是需要先all输出全部基函数，将原子和基函数对应好后，再分片段？
A:
不用
Q:
那咋做哩。。。
A:
你要把哪个原子添加进去就a谁就完了
多简单
Q:
直接写原子名字？如C
A:
序号啊
屏幕上有例子
Q:
刚才是这样做的，定义完片段2后[图片]，选q。返回定义片段1，结果报错[图片]。
不太会用。。麻烦sob了。
第二次选a 4-8就完成了。4-9就报错。。。难道对原子个数有限制？
A:
总共多少原子？
Q:
11个
看最后一列的total即可吧？
A:
如果还没搞定，把输入文件发给我。是看total
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2016.03.15 13:47:11
Q:
请问老师，VMD有无将分子置中或适应屏幕的快捷操作呢
A:
按等号键
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2016.03.15 18:01:45
Q:
"The Slater determinants from which the excitations are performed are called reference determinants"
刚看到一句话，可能对理解多参考组态有帮助.
A:
MS自带的help就有一堆详细教程
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2016.03.15 18:03:13
Q:
请问一下各位前辈，计算NBO报错 Unable to orthonormalize MBS in NAO.
先优化的结构再用坐标进行NBO计算
输入文件是[图片]
A:
不要把counterpoise、freq、NBO分析任务搞在一起，程序自己都糊涂不知道该怎么搞了
Q:
恩恩，也就是都单独算吗？
A:
freq和NBO可以合在一起。counterpoise不要和任何其它任务搞在一起
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2016.03.15 18:05:23
Q:
请问下若反应在溶剂条件下，在做过渡态时候，需要把反应物和产物都放在溶剂化优化还是直接优化结构？
A:
都在溶剂下优化结构
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2016.03.15 18:11:52
Q:
米娜桑，有用DFT算过Au配合物磷光发射的吗？我尝试了很多常用泛函，都跟实验结果匹配不上！求教，感谢！
A:
什么基组？用过什么泛函？
Q:
[图片]这些泛函都尝试过，除了B3+D3以外，所有的发射能都偏小，基组部分LanL2DZ/6-31g*和SDD/6-311++g*都尝试过
A:
试试CIS、M06HF看偏小不
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2016.03.15 18:50:56
Q:
hi，亲们，我算了一个配合物的结构，然后在Log文件里搜索S2的时候，发现[图片]，这个自选污染是挺严重的吧？我的泛函选的是B3LYP，这样的话我是不是在命令中改成rB3LYP可以适当消减自选污染？
A:
不用管自旋污染。加r毫无意义
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2016.03.15 18:50:56
Q:
请问[图片]图中的佩芬函数是怎样得到的？
A:
高斯做完了freq直接给出
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2016.03.15 19:16:48
Q:
加d3只和泛函有关和基组没关吧
A:
对
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2016.03.15 21:02:56
Q:
[图片]异丙醇作溶剂，计算溶剂化能，out语法错误，求指点
A:
手册scrf关键词里支持的溶剂才能直接写
看手册
Q:
手册没在身边，[表情]谢谢
A:
官网就有手册http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/l_keywords09.htm
Q:
好的，谢谢sob老师
A:
高斯直接算不了，可以用dushin基于高斯的输出算
Q:
[图片]sob老师，想用异丙醇作溶剂但是高斯给定的没有，怎么办
A:
[图片]
Q:
但是介电常数又从何得知呢？
A:
查啊
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2016.03.15 21:38:53
Q:
如果用gromacs模拟一个体系，但是里面的有机分子没有相应的参数，该怎么办，sob老师
A:
自行产生
几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266
Q:
就是我可以自己先手搭一个分子结构，gaussian优化以后，在用这些程序就可以了是吧
A:
y
Q:
那有没有办法判断程序生成的是否准确呢
A:
实际跑跑试试，看看跑完了结构是否还合理
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2016.03.15 22:01:18
Q:
请教老师，想买个5000-6000左右用于高斯计算的笔记本，能否给推荐个，谢谢！
我也知道没台式机好用，给推荐个呗，谢啦
也是打算偶尔用下，平时还是台式的，呵呵
两核，i7不是四核吗
真被买thinkpad P50 至强E3-1505M 16G ECC内存
请问能不能运行MS 和VASP 做计算
A:
诸如这种就很适合
http://item.jd.com/2336951.html
或者便宜点的
http://item.jd.com/2168824.html
能
Q:
打算买thinkpad P50
谢谢各位老师指点！
A:
MSI这是性价比最高的，完全不必考虑其它的
Q:
微星的这台电脑我师弟买了，用的还不错，玩游戏做计算都可以
固态硬盘对Gaussian的加速不容小视
A:
笔记本标配固态硬盘容量都是鸡肋，自己400块钱买个240G就完了
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2016.03.15 22:04:02
Q:
祖师爷啊[表情]请问在计算能量的时候，自旋度为4的UB3LYP和自旋度为2的ROB3LYP 二者算出来的能量可以进行加减么？
[图片]我就是想得到中间那个能量
A:
算两个态能量求差
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2016.03.15 22:11:40
Q:
谢谢sob老师，dushin那个软件我下了，有点不太明白，请问结合高斯哪方面的输出，有没有相关的资料呢？sob老师。
A:
看readme
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2016.03.15 22:12:18
Q:
SAS是什么。。
A:
关系相当于
SATA->SAS
IDE->SCSI
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2016.03.15 22:22:25
Q:
这两天测试了 opt(CalcAll)，对于我的 H3O^+(H2O)3 体系并没有起到帮助收敛的情况。
测试水平为
B2PLYPD3/aug-cc-pVTZ EmpiricalDispersion=GD3 opt(CalcAll, modredundant, tight) int=ultrafine scf=tight freq
基组从 6-31G(d) 开始优化，收敛，并计算频率
换 cc-pVDZ 从 check 文件读之前优化好的结构（geom=check guess=read )，收敛，并计算频率
再换 cc-pVTZ，同样从之前（cc-pVDZ）的check 文件读结构，不收敛……
A:
B2PLYPD3已经有色散校正了，就不要再写EmpiricalDispersion=GD3
scf=tight是默认的
Q:
其实最开始是用的 aug- 优化不收敛，后来才降到 6-31G(d) 的，本来想是逐级增大可能会对优化好一点，结果还是……
A:
完全没必要用aug-。may-足矣
这种体系用M06-2X/6-311G**就已经能给出很好结果了
MP2本身对于氢键就很好，对于优化目的还不如直接MP2
色散校正有妨碍收敛的可能性
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2016.03.15 22:32:55
Q:
老师，请问一下有关于AIM分析的问题，希望您能赐教
[图片]
文献中提到，[图片]为正，H<0时，部分是共价键，以及还提到[图片]在0.5到1之间时，也是部分共价键，那么对于这种所谓的部分的共价键应该怎么看待？那么这种部分共价键是否可以进行成分分析？
A:
就是指不是很典型的共价键
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2016.03.16 10:18:47
Q:
求问，用mp2算单点能，在root里算，但是rwf太大，root里没有那么大空间，如何能让rwf在另外一个大的地方算，比如home
听说可以加关键词或是一行话，但是找不到[表情]
A:
用%rwf指定产生的rwf文件在哪
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2016.03.16 10:18:47
Q:
设置maxclcle=500 是不是非得要算500个循环才停止呢？如果这样的话肯定很费时吧，还是只要收敛了就会停止呢？
200还不收敛，所以就增大到500
是不是设置多少他就一定要算这个多呀，还是只要遇到收敛了就会停止
A:
这是允许的循环次数上限，显然不是非得到这个次数
加大到好几百是菜鸟最爱干的事，毫无意义，白费时间
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
[图片]
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2016.03.16 10:21:09
Q:
各位前辈上午好，我在做一个分子的RDG图像，当我延展距离设为0时，做出来的图像是这样的[图片]，当我延展距离设为6.5时，做出来的图像是这样的[图片]这是为什么呢，谢谢。
A:
延展距离大了，盒子就大了，格点就变稀疏了，spike的细节就出不来了
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2016.03.16 10:25:57
Q:
老师，我想问一下，做过渡态的内转子扫描，冻结了原子还能改变键长么
A:
冻结原子做什么？
Q:
internal rotor scan
A:
扫就扫呗，和冻结毫无关系
Q:
[表情]那冻结原子来干什么啊
A:
既然你不知道干嘛的你干嘛还冻结
Q:
老...师，我可以问一个幼稚的问题么：请问结构优化之后得到的能量和在此优化后的结构基础上进行单点能计算得到的能量，二者相比有什么区别
不是，我看文章里写的冻结是怕过渡态结构跑掉，但是它又在改变键长扫描，我就疑惑冻结了还能改变冻结的原子间的键长么？
A:
一样
冻结的两个原子间键长显然变不了
Q:
[表情]谢谢老师
A:
冻结和没冻结的原子间键长显然能变
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2016.03.16 10:26:51
Q:
老师您那里有关于COSMO模型的介绍吗
A:
综述：DOI: 10.1002/wcms.56
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2016.03.16 10:43:51
Q:
[图片]好像在第一性原理计算中特别喜欢在优化后提高能量收敛限再静态算一个更精确的能量，好像高斯中不太这样做，是因为高斯算的本身精度就很高么。。。
A:
高斯做优化默认的scf=tight标准已经收敛精度很高了
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2016.03.16 10:53:15
Q:
为什么gromacs培训在7月份啊
有些晚了啊
A:
早了没空
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2016.03.16 10:53:43
Q:
cfour哪个领域的？　相对小众吧？
A:
CFOUR程序的编译和使用方法简介
http://sobereva.com/150
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2016.03.16 10:59:06
Q:
我们量化计算对GPU加速影响很大么……
[图片]隔壁分子模拟的一直说GPU提升一倍……
斯坦福有个组，他们做GPU量化计算
分子模拟的一直说GPU提升一倍，广告说10被啊
之前有个朋友说过耦合簇方法计算适合GPU
[图片]
这个人
GPU是不是对并行的要求比较高~不太懂
A:
能在实际中真正发挥价值还早着呢，现在不必乐观太早
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2016.03.16 11:57:50
Q:
请教各位老师频率计算终止了可以续算么？网上有个帖子说可以用rwf文件续算可以么？
A:
解析频率没法续算
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2016.03.16 12:54:33
Q:
sob老师，我想咨询下，我购买的NBO6.0，解压后，文件列表如下：bin/
|-- CONTENTS this file
|-- gaunbo6 utility script for G09 Rev.D
|-- g09nbo.i4.exe interface for G09 Rev.D (32-bit integer)
|-- g09nbo.i8.exe interface for G09 Rev.D (64-bit integer)
|-- g09nbo.i4.F interface for G09 Rev.A-C (32-bit integer)
|-- g09nbo.i8.F interface for G09 Rev.A-C (64-bit integer)
|-- gennbo.i4.exe GenNBO host program for NBO6 (32-bit integer)
|-- gennbo.i8.exe GenNBO host program for NBO6 (64-bit integer)
|-- gmsnbo.i4.a linkable library for GAMESS [5-Dec-2014 R1]
|-- gmsnbo.i8.a linkable library for GAMESS [5-Dec-2014 R1]
|-- nbhost.o object code for G09 Rev.A-C installation
|-- nbo6.i4.exe NBO6 client executable (32-bit integer)
`-- nbo6.i8.exe NBO6 client executable (64-bit integer)
。
我用ORCA计算NBO时，把环境变量设置为
GENEXE /opt/nbo6/bin/gennbo.i8.exe
NBOEXE /opt/nbo6/bin/nbo6.i8.exe
计算报错为KINP: missing $END in $KINETIC; check input。
然后我用你发的NBO6.0计算，环境变量设置为
GENEXE /opt/nbo6/bin/gennbo6.exe
NBOEXE /opt/nbo6/bin/nbo6.exe
再计算计算就能正常进行，不知道是什么原因？是自己购买的NBO6.0还需要编译吗？非常感谢！
A:
不需要编译
Q:
但是直接设置环境变量不能正常运行？从思想家公社下载下来的就可以。不知道是哪里设置不对吗？
环境变量设置如下：
[图片]
A:
就找$KINETIC手动加上$END
Q:
$KINETIC文件的末尾是这样的。[图片]
是不是$END后需要有空格呢？
A:
试试吧，论坛里有人说删了$KINETIC字段能运行了
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2016.03.16 14:50:56
Q:
请问下溶剂化能量输出错误如何解决？[图片]
这是输入文件
A:
末尾增加空行
Q:
sob老师，需要空几行呀？[图片]
A:
多了无害
Q:
恩恩，谢谢，我试试
[图片]不行呢，还是原来的错误
[图片]末尾空了三行
A:
让你输入文件末尾空行，不是让你坐标末尾空三行
Q:
哦哦，原来如此
谢谢
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2016.03.16 14:51:32
Q:
Sob老师，分子所在的环境中有碘负离子，我想要考虑碘对分子光学性质的影响，用什么基组比较好？@Sobereva
A:
lanl08
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2016.03.16 14:54:11
Q:
算离子液体与一种氨基酸的相互作用能时算出的规律与实验结果对不上，怎么办？
[图片]
A:
正值显然算得有问题
注意考虑溶剂效应
Q:
[图片]
这是用的关键词
会不会和选择的基组有关系？
A:
没直接关系
Q:
嗯嗯，好的sober老师
我如果想看离子液体与其中某一个键如二硫键的作用的强弱有什么好方法吗？
A:
整体能量减去断键后两个片段各自的能量
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2016.03.16 15:00:39
Q:
用高斯里的分子力场进行优化。优化到这里
[图片]
就不动了，也不报错，进程还在，只是log文件不更新。
A:
貌似是卡死了
适当调整结构、换换力场参数之类，反复试验看能否pass
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2016.03.16 15:05:51
Q:
那我是不是应该构建很多条分子链，在真实密度下，计算原子电荷？
A:
原子电荷本身不是可观测量
原子电荷本身就是依赖于构象的，只不过有的原子电荷对构象依赖性强有的弱一些
诸如MMFF94电荷完全不依赖于构象，而拟合静电势电荷依赖性极强
用什么方法算原子电荷合适取决于目的
看群共享里《原子电荷计算方法的对比》了解一些基本情况
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2016.03.16 15:06:22
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
对
----------------------------------------------------
2016.03.16 15:09:04
Q:
这个是优化完成之后的相对位置，离子液体离着二硫键太远了
A:
算二硫键键能跟离子液体毫无关系
Q:
老师我还是不太明白，您的意思是算不同离子液体与二硫键相互作用的强弱用键能算的话与离子液体最终的位置无关？还是这种算法本省无意义？
A:
如果是横向对比不同二硫键强弱，可以算键级，更省事
离子液体与二硫键的相互作用强弱，这本身没法定义。只能说离子液体对二硫键强弱的影响，或者说离子液体与带着二硫键那个分子的相互作用强弱。
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2016.03.16 15:09:38
Q:
老师做二变量的势能面扫描的数据在GUASSIAN VIEW 怎么导出来的
A:
显示出扫描曲面图之后，点右键，有导出的选项
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2016.03.16 15:12:01
Q:
[图片]
老师还是这个错误
[图片]
输入文件是这样的
应该改哪里？
A:
看输出文件
输入文件发上来
Q:
[图片]
到这儿就没了
[图片]
[图片]
坐标是之前优化好的
A:
输入文件传群共享
Q:
[图片]这儿多空了一行吧
A:
对
----------------------------------------------------
2016.03.16 15:13:58
Q:
请教一下老师，
现在优化一个中等大小分子，如果小基组转大基组，算到6-311g(d)
如果多步计算，可以直接在--link1--下加入以下内容吗？
如果chk文件保存为不同文件要怎么设置？
--Link1--
%chk=test.chk
#p opt b3lyp/6-31G geom=check guess=read
Title Card Required
0 1
--Link1--
%chk=test.chk
#p opt b3lyp/6-311G geom=check guess=read
Title Card Required
0 1
--Link1--
%chk=test.chk
#p opt b3lyp/6-311G(d) geom=check guess=read
Title Card Required
0 1
A:
弄这么多步其实一点好处都没有，直接6-311G*优化就完了。弄这么多步仿佛很精打细算，其实实际根本快不了多少，还可能更慢
----------------------------------------------------
2016.03.16 15:46:21
Q:
[图片] 优化的时候，这种情况算震荡吗？
A:
震荡得飞起
----------------------------------------------------
2016.03.16 16:37:23
Q:
sob老师，文献中看到用这个基组Aug-cc-pVTZ，请问高斯中如何设置这个基组呢？
A:
直接写Aug-cc-pVTZ
----------------------------------------------------
2016.03.16 16:37:23
Q:
[图片]sob老师，我按照上午您给的方法改了rwf文件存储路径，现在的感觉就是过了好长时间，不见动静，貌似并没有在进行计算
A:
看CPU占用率
----------------------------------------------------
2016.03.16 16:54:30
Q:
[图片]请问下老师，按您的说的，计算溶剂化又出现错误了，小木虫说内存可能太小，但是我设置的16G，感觉不小了，该怎么解决这个问题？
A:
根本不是内存的事。提示很清楚，EpsInf你没有定义
Q:
[图片]之前您发的ppt，说只定义esp足够了呀
A:
[图片]
[图片][图片]
Q:
epsinf近似折射率的平方，也就是接着查下溶剂的折射率吧
其实是算乙酰丙酸酯在异丙醇中的溶剂化能
A:
epsinf随便写个就完了
Q:
恩恩，好的
还有个问题就是，乙酰丙酸酯溶剂化优化用的方法机组是B3LYP/6-31+G(d,p),溶剂化优化催化剂Zrcl用LANL2TZ，在做过渡态时候要用什么方法基组呀
就是分别优化用的不同基组，放在一块儿需要用什么方法基组
A:
对Zr用Lanl2TZ，对其它元素用6-311G**。不管是算哪个都这样。
Q:
老师的意思是放在一块儿做过渡态时候用Lanl2TZ吧
A:
当然不是。
Q:
学生愚钝，还请具体指点
A:
对其它元素用6-311G**
过渡态时候又不是只有Zr
Q:
就是分别定义计算方法机组吧
A:
混合基组
----------------------------------------------------
2016.03.16 16:54:50
Q:
老师，我要把高斯优化的结构导入到Multiwfn中，是先将chk文件变成fchk文件，之后再怎么读fchk文件？
A:
Multiwfn启动后输入fchk文件的路径就完了
要么直接把fchk文件拖进Multiwfn里
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
----------------------------------------------------
2016.03.16 17:02:51
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
天津超算中心vpn登录没有客户端么？整天IE，多烦啊
A:
你要做freq任务？
----------------------------------------------------
2016.03.16 17:04:01
Q:
优化构型是没有正常结束[图片]，但是能量出现震荡[图片]，请问老师如何解决
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.03.16 17:47:53
Q:
各位老师好，请问一下用Multiwfn进行拓扑分析的时候，BCP太多了，怎么才能准确的知道该键鞍点是哪两个原子之间的呢？@Sobereva
A:
搜索键径，有了键径就容易看清楚对应关系了
Q:
我是通过生成CPprop文件，然后选择 0，可视化的，然后对应到CPprop文件中寻找相应的数据的。但这样的话，有一些比如说离子键或者弱相互作用的，其对应的键鞍点就不太好找，从图上也不容易看出来。
请问一下，搜索键径具体怎么操作吗？
A:
用选项8生成键径
Q:
[图片]
用选项8，结果是totally found 0 new paths
A:
选项0里目前显示出来了键径没有？
Q:
[图片]
嗯嗯
A:
你得把(3,-1)和(3,-3)找齐了再生成键径
Q:
[图片]
是这样吗？
A:
恩
Q:
请问键径是几维的优化问题啊？
A:
三维
Q:
哦哦，有三维插值的这个过程么？
A:
你用了赝势，所以键径连不到原子核上
很明显5号键临界点对应的是O2-U3的键
没有。是基于波函数直接计算指定的点的电子密度数值、梯度、Hessian。
Q:
嗯，是这个图比较简单，可以看出来。但是有的结构比较复杂，就不能直接从图上看出来了，遇到这种怎么弄呢？
A:
通上总是能看出来的，如果在Multiwfn里不好调整视角观看，结合VMD作图来观看
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
或者下载Multiwfn最新版本，用选项1搜索临界点的时候，可以以两个原子中点为初猜搜索临界点，这样得到的键临界点就是对应那两个原子的。
----------------------------------------------------
2016.03.16 19:36:32
Q:
[图片]
老师我在做您给的例子，但是[图片]这一步
我按q没反应
是不是输入法的问题？
A:
按q干嘛？
Q:
不是要关闭窗口？
A:
听谁说按q能关闭窗口？
Q:
直接reture，就都关了
A:
return关的只是GUI界面
Q:
都关了
A:
不可能
Q:
恩恩，那老师我再试试
A:
直接点命令行窗口右上角的X才是都关
----------------------------------------------------
2016.03.16 21:05:23
Q:
请问密度矩阵 S 在对角化的过程中能出现有本征值零的情况么？
这样，求S^{-1/2}就算不了了
A:
S是重叠矩阵
----------------------------------------------------
2016.03.16 21:32:10
Q:
老师关于算电子密度，拉普拉斯值，有没有具体的教程？
A:
什么样的教程？Multiwfn手册第四章就是教程
----------------------------------------------------
2016.03.16 21:35:11
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
[图片]
如果是刚读取轨道的时候显示出来的不可约表示已经变了，或许是从小基组投影到大基组后，因为数值问题，程序对轨道不可约表示的判断产生了不同。
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2016.03.16 21:56:14
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
如果目的是得到平滑的IRC，减小步长，还不行就用calcall
----------------------------------------------------
2016.03.16 21:56:25
Q:
[图片]
请问IRC是这样的怎么办？已经用了irc=lqa关键词了
A:
LQA跟这个完全无关
----------------------------------------------------
2016.03.16 21:57:07
Q:
[图片]请问老师这里面的重组能的公式怎样理解？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.03.16 22:00:39
Q:
sob老师，我的irc计算开始是只计算了几步，然后添加的irc=lqa计算得到的这样的结果。如果减少步长得到了平滑的IRC，这样能证明我的过渡态是准确的么？
我不是想要单纯的得到平滑的IRC曲线。我的理解是IRC平滑是证明过渡态正确的一个判据，单单试图去计算得到平滑的irc对我来说没有意义啊
A:
过渡态准不准对过渡态做freq看看收敛情况就知道了，IRC只是很间接地反映
Q:
很间接啊？您的意思是看freq四个收敛判据都是yes就行了？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.03.16 22:13:21
Q:
sob老师，我还有个疑问。您说的这四个收敛限是出现在热力学参数后面的么。我刚刚查看，发现这个后面就计算了一次，不是四个yes。而opt的是计算了很多次的。我的这个输出文件是正确的么？
A:
看freq最后输出的
Q:
每次一 SCF 循环都会输出一次四个收敛判据，你只用看最后的收敛结果
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
freq 只针对优化之后得到的能量最低点的结构进行频率分析，当然只有一个结果
A:
不是没找对，是定位精度不够
Q:
也不能这么说……
你还需要观察你的过渡态是否是连接前后两中间体的那个结构
freq有时候只有前两个收敛，可能是由于 Hessian 矩阵不够好，Sob老师有个帖子专门说说这个的
A:
仅有一个虚频+四个YES+IRC能走通反应物和产物=100%精确
----------------------------------------------------
2016.03.16 22:57:22
Q:
对于阳离子-pi作用，范德华表面相互穿透距离有用吗？
但这种分析是不是针对中性对象之间的？
A:
也有用
Q:
但要怎么用才会看起来显得比较客观？例如用做完定量分析表面分析之后的非键原子半径。然后比较不同pi体系与相同阳离子的穿透距离。看起来合理吗？
A:
合理
----------------------------------------------------
2016.03.16 23:20:20
Q:
[图片]高斯使用指南和网上的帖子也看了，还是解决不了，麻烦您给指点一下吧
A:
不用冻核近似就完了
理论方法关键词里面写上full
Q:
# b3lyp/6-311g(d) full TD(singlet,nstates=26,root=1) geom=connectivity
这样可以吗？
A:
写TD里头
Q:
TD(full,singlet,nstates=26,root=1)对不？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.03.16 23:26:51
Q:
[图片]
sob老师，文献里说对锕系U使用ECP60MWB-SEG基组，我知道这是SDD基组，请问这个倒EMSL上U的基组里，应该是哪个呢？
[图片]
A:
EMSL上SDD赝势基组写得不清楚，高斯里SDD对U直接对应的就是这个，看手册pseudo关键词
Q:
高斯里SDD对U直接对应的就是这个，指的是？
A:
看此文第6节
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2016.03.17 11:16:53
Q:
Linux下同时可否运行多个Multiwfn进行计算？
（已尝试可以运行起来，但计算是否会相互干扰？）
[图片]
Fermi-Dirac分布里面，在绝对零度下，统计行为中，最后一个费米子所在的能级。抑或某温度下，占据数n(e)=1/2的能级
A:
只要不涉及原子波函数文件、导出文件，就不冲突
----------------------------------------------------
2016.03.17 11:16:53
Q:
您好 sob老师请问在Wultiwfn实现电子转移梯度图时，除了直观的通过颜色开判断电子转移之后局域原子的电子增加或减少外，如何查阅相关的量化数据。能否告诉我一下具体的计算公式呢谢谢老师
A:
没听说过Wultiwfn，没听说过电子转移梯度图
----------------------------------------------------
2016.03.17 11:17:13
Q:
[图片]sob老师，这种错误提示时出现了什么错误？
A:
没法说，信息量不够
----------------------------------------------------
2016.03.17 11:17:31
Q:
老师，用gauss优化结构，优化了两次计算频率都会出现虚频，咋办呢？优化结构位PATP-Au5，基组为B3LYP/genecp，小原子用6-311+G**,Au用LANL2DZ
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2016.03.17 11:18:28
Q:
请问5月份的量子化学培训班怎么报名啊？网站上找不到详细的通知。
A:
报名开始后天天在群里都会发通知，不用着急
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2016.03.17 11:18:42
Q:
请问怎样用高斯做S1-S0态的NTO分析呀？
谢谢，我看过这一篇了。但是没有讲怎样做激发态到基态的NTO
A:
和基态到激发态的NTO是一码事
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2016.03.17 11:22:06
Q:
蛋白进行突变后，如果它不稳定会散架，那么，它在跑MD时20ns内RMSD值会有什么表现？
蛋白进行突变后，如果它不稳定会散架，那么，它在跑MD时20ns内RMSD值会有什么表现？
A:
应该会在前期RMSD很大
----------------------------------------------------
2016.03.17 11:32:22
Q:
老师，今年的新内容比例是多少
A:
比第一届增加近一倍，比暑期班增加30%
----------------------------------------------------
2016.03.17 11:36:37
Q:
sob老师，在进行mp2计算的时候如何查看分子轨道的分子积分？
A:
没有所谓的“分子积分”
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2016.03.17 11:37:43
Q:
这次培训啥时候报名？
A:
4月初
Q:
大约要多少钱？能开发票吗？
A:
发票当然能开
预计学生1400教师1900
比往届略贵一点，因为时间扩到了5天，而且培训地点租金涨价了
----------------------------------------------------
2016.03.17 11:46:56
Q:
老师，在做NCI分析的时候用的是chk文件，如果用了更高水平方法和基组来计算，NCI分析的结果会不会变
A:
如果之前用了DFT/6-31G*，用更高级别不会有显著改变
Q:
低水平的用的是B3PW91/6-31G（d，p），高水平的用的是M06/6-311+G（2d,2p）,像这种情况出来的结果会不会改变很大呢
A:
肉眼上看不出有多大变化
----------------------------------------------------
2016.03.17 12:13:52
Q:
算mp2时用的
将原子轨道的单、双电子积分转化成分子轨道的
A:
变换后的积分会存在rwf里，通过rwfdump或许可以提出来
提取Gaussian的rwf文件信息的工具rwfdump简介
http://sobereva.com/112
要么就自行通过输出的AO双电子积分，结合轨道系数，自行变换成MO双电子积分
----------------------------------------------------
2016.03.17 13:43:45
Q:
我想请问下，sob你给自己所有量化拍了照片，是哪个帖子？
@Sobereva
量化书，你的书架
A:
计算化学公社水区某个帖子。
但那不是所有的计算化学相关的书，也就拍了60%的
----------------------------------------------------
2016.03.17 15:52:45
Q:
一个月前在小木虫的账号被盗，看来拿不回来了。假如计算化学公社的账号被盗，不知有什么办法拿回？
A:
届时给我发消息即可
----------------------------------------------------
2016.03.17 16:00:15
Q:
请问下，HOMO/LUMO 与 S0,S1,T1 有什么关系？
td中都是轨道跃迁对应于 S1 或T1 ，这个一点关系都没有吗？
就是说如果有关系的话也是凑巧对不？
A:
影响HOMO->LUMO激发能的，一方面是HOMO-LUMO gap，一方面是激子结合能，取决于HOMO、LUMO的轨道特征
可以参看
CIS、TDDFT计算的CT激发能随CT距离的渐进行为的总结
http://sobereva.com/321
----------------------------------------------------
2016.03.17 16:15:07
Q:
请教各位大神，我在计算一个体系反应过程的NBO时，同一个原子上的mulliken charge和natrual charge的变化是相反的（一个增加0.13，一个降低0.17），这样正常吗？
A:
最好同时再算Hirshfeld电荷，若变化趋势和NPA电荷相符，就甭管Mulliken电荷
Q:
谢谢Sob老师，Hirshfeld电荷是用QTAIM算吗
A:
用Multiwfn计算，看手册4.7.1节
和AIM理论毫无关系
1应当是12，否则你得到的是电子密度cube文件
----------------------------------------------------
2016.03.17 16:17:04
Q:
sob老师，这个方程里X和Y是不是Gaussian输出的激发、退激发的轨道贡献系数？文献里讲是amplitude，该翻译成什么呢？谢谢老师
[图片]
A:
amplitude就是组态系数，翻译成振幅也可以
----------------------------------------------------
2016.03.17 16:29:26
Q:
sob老师~请问在您博文中的《在Molekel 4.3里显示精确的静电势图》中用Multiwfn生成cube文件做精确的电势图~是通过将fch文件输入Multiwfn中之后输入命令
5
1
3
2
来获得的吗？
谢谢老师
A:
用high quality grid对于大体系的ESP计算耗时很长，一般小分子用medium就够。如果还嫌慢，可以用cubegen生成
----------------------------------------------------
2016.03.17 16:45:40
Q:
老师，昨天用 B2PLYPD3/aug-cc-pVTZ opt(calcfc, tight, modredundant) scf=qc int=ultrafine guess=read geom=check freq
优化得到了能量最低点，四个收敛条件都是 YES，轨道对称性也没有变。
但是做频率分析之前出现这样一个错误……
[图片]
A:
拿最后一个结构单独做一次freq看看
----------------------------------------------------
2016.03.17 16:46:06
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
请教下：开壳层体系，[图片]现有轨道排布如图。如果下面这个未配对轨道叫SOMO，那么其上这2个配对的轨道怎么称呼比较科学呢？
谢谢，但是我这个SOMO在下面
上面配对的轨道还有一个。
难道叫SOMO+1?
老师我用Multiwfn分别做中性分子、脱氢自由基，正离子自由基和负离子自由基4种自旋密度图，结果发现中性分子和负离子自由基都没有自旋密度？这是为什么？同时我想知道自旋密度出现的地方是不是存在电子空穴，还是说只要有单电子的地方就有自旋密度？@Sobereva
阿尔法电子和贝塔电子数相等，不会有自旋密度的呀。。
闭壳层自旋密度当然处处为0
A:
有单电子的地方就有自旋密度
Q:
sob姐，能否看下我那个SOMO轨道的问题？多谢
那为何负离子自由基没有？
A:
负离子自由基不会没有自旋密度，调节等值面数值看看
Q:
谢谢建议。
我在怀疑是不是我把 rwf 文件切分了造成的错误…… 不过按理说不应该啊……
A:
那就是你计算的问题
Q:
老师，一般自旋密度是不是反应了未成对电子的布局情况呢？
A:
是
Q:
感觉SOMO叫法很不科学，明明就是alpha的HOMO和beta的LUMO，能量都不一样
开壳层体系叫HOMO不科学
脱氢自由基也有自旋密度么
A:
alpha和beta分开叫，科学
Q:
为什么开壳层homo不科学
A:
非限制性计算叫SOMO才不科学
Q:
[表情]
就是alpha的HOMO，HOMO-1以及beta的HOMO，LUMO？
A:
y
自由基有单电子，当然有
Q:
α-HOMO，β-LUMO这样标示吧？
嗯嗯
A:
y
Q:
那对于我说的这种情况。我说：alpha的HOMO-2是SOMO，是不是不太好？
-1
A:
不好
SOMO是对于RO计算而言的
Q:
老师，一般什么情况下要用RO计算？还是RO是不得已的选择？
有单电子，直接U计算不是更好吗
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.03.17 17:00:37
Q:
老师，如果我就只想大体看看溶剂，基组，泛函等对能带的影响，我可不可以先不优化直接算Td呢？
A:
能带这个词不合适
----------------------------------------------------
2016.03.17 17:08:12
Q:
[图片]老师，请问这种图是静电势等值面图吗[图片]这句话是什么意思呢
A:
这是静电势等值线图
意思是在ESP=0.1a.u.（62.7kcal/mol）处，放一个-1的电荷，与体系的相互作用能就是62.7kcal/mol
----------------------------------------------------
2016.03.17 17:19:23
Q:
不好意思又来麻烦大神，在multiwfn（刚开始学着用）里计算Hirshfeld charge的时候，计算方法应该怎么输呢（含U的体系，U使用ecp60mwb计算）？我的报错信息：[图片]
A:
确保用的是最新版，碰见这个选项的时候选1就不会碰到那些情况了
[图片]
Q:
好的我再试试
Sob老师，我应该输入的计算方法是跟优化时使用的一致，用B3PW91吗？还是用说明书里的ROHF?
A:
按我说的做就完了，用不着管这些
----------------------------------------------------
2016.03.17 17:22:40
Q:
老师推荐几个适合算频率的基组呗，77个原子大约，就是基组太大了会算的特别慢
6-31G*，像这样不是很大的基组，其他系列的还有哪些可以尝试，谢谢老师
A:
def2-SVP
Q:
好，
还有吗？我想再多试试几个，谢谢老师
[图片]
A:
cc-pVDZ
Q:
好的
A:
没必要试那么多，6-31G*足矣
----------------------------------------------------
2016.03.17 17:46:14
Q:
各位老师，有用过B3LYP*[在高斯里表达方式为BLYP IOp(3/76=1000001500) IOp(3/77=0720008500) IOp(3/78=0810010000)]这个泛函吗？我在算一个单分子频率的时候发现同样的初构型，用B3LYP可以很快得到稳定构型无虚频，但是用B3LYP*就是优化不到稳定态，总有10左右个虚频。尝试了调构型，calcfc，叠加震动方式，都没能消除虚频。想知道这样的差异是普遍现象吗？明明B3LYP 和B3LYP*的HF成份只是差5%
为什么要用这么冷门的泛函
是HF=20%的那个？
A:
=15%
Q:
我知道B3LYP*冷门，但是我现在手上的体系涉及系间窜越，只有这个能跟实验的结果符合的上……
没想到HF差了5%对稳态优化影响这么大，我以为直接拿B3LYP优化出来的结果再做下优化就能很容易得到B3LYP*的稳定态的
[图片]
试试这个？
我能说我已经把上面我觉得可能能用的泛函都试了么
----------------------------------------------------
2016.03.17 18:47:48
Q:
[图片] 老师~请问为什么用Multiwfn导出的total electrostatic density的cube文件放到Molekel 4.3里面作图会变成这样，是哪里范围设置的不对吗？
A:
等值面数值设定问题
Q:
[图片]是这个值吗？
这两个值好像设不了
A:
不是，这是色彩刻度上下限
Q:
[图片]这个吗？
A:
先重复一遍博文的例子
Q:
好的~我先试试~谢谢老师
老师我好像找到问题了~一个电子密度格点文件和一个精确计算的静电势的格点文件，我仅仅通过5-12的命令生成了一个cub文件~是不是还应该通过5-1命令生成电子密度的cub
A:
是
否则你只能显示出静电势等值面，而没法显示出静电势填色的电子密度等值面
----------------------------------------------------
2016.03.17 19:54:52
Q:
Sob 老师用gen/6-311G* 优化含有碘的分子时候都会Atomic number out of range in ccpVDZ 谢谢老师
请使用赝势
aug-cc-pVDZ-PP 这个也是一样
还是报错 Atomic number out of range in ccpVDZ
A:
明显没给I用赝势基组
Q:
C H 0
6-31+g(d)
****
I 0
aug-cc-pVDZ-PP
****
这样可以不
A:
当然不可以，手册哪写支持aug-cc-pVDZ-PP了？
Q:
Gaussian不认识-PP的词，需自行下载
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2016.03.17 20:29:42
Q:
VMD 导出图片的分辨率和窗口大小有关，这一点真的好奇怪……
再请教一下，VMD 只能导出成 bmp 格式的图片吗？
为什么不能直接导出 png 格式的……
呃，奇怪了，我以前用的是 Tachyon 渲染器
今天用梦老师推荐的 POV-Ray 3.6 导出图片，结果无法打开…… 即使是 bmp 格式……
这样
[图片]
需要另外安装？
但是 Render controls 里显示了有这个选项啊……
POV-Ray 官网上提供了更新的版本（POV-Ray 3.7）
宣传上说对 Windows 8 系统也做过测试
[图片] 梦老师这句话是对我说的吗？
我就是在看 POV-Ray 官网的信息啊
梦老师，我已经下载了 POV-Ray 3.7 并且已经安装（Windows 8 系统）。重新启动了 VMD
但是…… VMD 的 Render cotrol 里仍然显示的是 3.6 版本，导出图片依旧打不开……
是不是还需要设置什么？
A:
VMD里得到.pov文件后，双击之，povray程序就会启动，然后在里面render一下就得到图了
图省事就用内置的tachyon
----------------------------------------------------
2016.03.17 20:32:07
Q:
老师，请问一下“Boltzmanian weight”是和“Boltzmann factor”一样么？
A:
不一定一样，有时候factor是指没归一化的（即权重表达式的分子部分）
----------------------------------------------------
2016.03.17 20:34:14
Q:
你把Pov-ray加到环境变量里面了么？
[图片]
[图片]
[图片]
最下面高级系统设置
或者你像群主说的那样保存成pov的格式，用pov打开
[图片]
A:
或者，你把render command里面填上实际的povray渲染器可执行文件pvengine.exe的路径，比如
D:\rest\POV-Ray\v3.7\bin\pvengine +W%w +H%h -I%s -O%s.tga +D +X +A +FT
这样render时自动启动povray
----------------------------------------------------
2016.03.17 20:35:37
Q:
sob老师喜欢什么动漫
A:
里面打分越高的往往说明我越喜欢
2015年度完结动画总评
http://sobereva.com/316
2014年度完结动画总评
http://sobereva.com/273
2013年度完结动画总评
http://sobereva.com/219
2012年度完结动画总评
http://sobereva.com/174
2011年度完结动画总评
http://sobereva.com/118
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2016.03.17 20:37:31
Q:
老师，那Boltzmanian weight应该怎么计算？审稿人意见中提到了“Boltzmanian weight“，但是我没有找到相关的计算，只找到了facter 的计算。意见原话是“For all situations where other low lying in energy minima do exist , their boltzmanian weight should be evaluated at a temperature of reference in order to provide a more consistent scaling of the contributions of each limit forms. Particularly whenever a multiple M-M' bond "seems" to exist; energetics should include full thermodynamic considerations.”
而且对于第二句话“Particularly whenever a multiple M-M' bond "seems" to exist; energetics should include full thermodynamic considerations”不是很理解我应该怎么做？还请老师赐教，非常感谢老师[表情]
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
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2016.03.17 20:42:45
Q:
新版好像把pov-ray分开了，一部分是渲染引擎，一部分是编辑器。两个部分的执行的证书好像是不一样的。
A:
一样
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2016.03.17 20:46:48
Q:
老师，计算激发态的频率时，输出文件[图片]这里我们可以看到他的偶极矩计算的变化，我把偶极矩的第一行提取出来，[图片]得到这样的文件，感觉他是分别在x,y,z正反两个方向摇摆，老师可不可以给解释下这样计算的目的是啥，为啥要这样，谢谢老师谢谢老师
A:
因为正在做有限差分计算Hessian
Q:
嗯，到什么程度就打到他的要求，然后就停止计算了呢，
A:
6N次，N=原子数
Q:
我看着大部分情况都是正反两个方向采用相同的步长，但是也有不一样的，[图片]像这个，这样算是错误吗还是咋地？
A:
无措
Q:
嗯嗯好的谢谢老师，老师有没有关于这个地方的文章或者博文的介绍
A:
看那些根本没意义
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2016.03.17 20:50:26
Q:
好的，谢谢老师。我还想请教一下您关于这句话的理解”Particularly whenever a multiple M-M' bond "seems" to exist; energetics should include full thermodynamic considerations“，是说能量要考虑所有的热力学因素么？这个应该怎么做？
A:
就是把热力学校正量也考虑进去，比如用自由能代替电子能量来讨论问题
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2016.03.17 20:57:55
Q:
我想把一种分子的荧光光谱产生红移，请问大家有什么办法吗？
A:
降低HF成份，就红移了
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2016.03.17 20:57:00
Q:
JCTC的一篇文章，调范围分离泛函的w，这样做算是强制DFT满足Koopmans'定理，让gap准一点？也是挺拼的，每次算好几十个点....
A:
说来前两天刚审了篇JCP，一个伊朗人调LC-tHCTH的w，让极化率误差尽可能低，然而最终精度并没比wB97有多少提升
Q:
那老师如何评价这种方法？
A:
w可以调一调，但不能因为w有降低误差的油水就各种灌水
Q:
请问您指的是计算吧，有在实验中能实现的方法吗？
正解，paper是rubbish，不如多想想深刻的东西
说起这个我倒想起来有人做了个某某快速MP2，折腾半天快倒是快了，可是相对能量误差总是几个kcal/mol以上。当然paper人家写的很漂亮，只列绝对能量，比如-75.8902.. vs -75.8951..之类，“看才0.005的误差好好开心耶···”
A:
[图片]
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2016.03.17 21:31:40
Q:
请问，NaN错误是什么错误呀？
A:
not a number
要么是程序bug，要么是用户乱搞
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2016.03.17 21:42:25
Q:
sob老师 density functional theory: a practical introduction这本书每章节后的练习题推荐用什么软件计算学习呢书中貌似没有给出DFT的代码[表情]
A:
新手就用CASTEP
Q:
MS里的那个吗
A:
y
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2016.03.17 21:51:42
Q:
请问算荧光是opt+td,然后再td吗？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.03.17 23:05:53
Q:
在gromacs的官方例子中，例二 DPPC膜中的KALP15 有关 vdwradii.dat 部分，在本地创建，“确保双脂层的憎水核内没有水分子”
[图片]
--我这个算不算达标？如果不算，问题在哪里？我前面“使用0.95进行26次收缩迭代后”---我偷懒，做了5次，是不是这个原因导致失败？ InflateGRO脚本的作用是什么？inflategro.pl之后能量最小化，反复做麽？放大了，为何还要删除脂分子？还有，我打开 vdwradii.dat ，初始值 C 为 0.17 ，不是0.15 ，对么？改成0.375够么？请问有人真的做了26次麽？
A:
没达标
Q:
怎么办？
26次？
A:
用其它方法，比如http://sobereva.com/23
Q:
又到安装packmol，在linux下面安装软件很头痛
A:
用这个也可以
生成磷脂双层膜结构文件的小工具genmem
http://sobereva.com/222
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2016.03.17 23:12:31
Q:
[图片]
这篇文章似乎404了？
A:
没有，此文是仅管理员可见的
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2016.03.18 16:55:00
Q:
请问 Multiwfn 怎么用
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.03.18 16:55:25
Q:
请教各位老师同学：用gromacs如何分别计算一个盒子里两种分子的动能啊
A:
把两种分子分别设成energy group
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2016.03.18 16:56:39
Q:
这是一位师兄给我的图，他想让我算NTO。从下面两幅图发现基态到激发态与激发态到基态的NTO是不一致的，请问这是怎么回事呀？[图片][图片][图片]
A:
相同结构下，激发和退激过程的NTO轨道本来就是一样的，只不过画的箭头方向是应当反过来的
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2016.03.18 16:57:42
Q:
请问，计算旋光时，为什么有时候气象比溶液模型计算结果更接近实验值啊？谢谢
A:
巧合，数值误差幸运的抵消
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2016.03.18 16:57:42
Q:
[图片]各位早上好，当我在进行势能面扫描正常结束之后，打开输出文件就碰到上述警示，这是什么情况呢，这对结果有影响吗
A:
看看144行有什么异常
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2016.03.18 16:58:37
Q:
老师能说具体一点么？我看了网上的办法，在mdp文件里添加了energygrps
然后我是该再进行mdrun后在mdrun -rerun吗？
A:
rerun一遍之前的轨迹，或者重新跑轨迹，然后g_energy去查看.edr文件。每个energy group各自的能量和相互作用能就都有了
Q:
就是说改了mdp文件，用这个mdp文件进行grompp和mdrun后，再用energy就可以看见各个组的能量了么？
A:
y
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2016.03.18 17:00:30
Q:
[图片]
不冻结原子能正常运行，不报错。
结论是：冗余坐标和外部参数不能同时使用。
请问老师：我使用洋葱模型，现在需要划分QM-MM区，由于我的目的是考察残基突变（活性区）对酶催化活力的影响，那么，我是不是必须把突变的那个残基划在QM区呢？
请问
运行报错
Internal consistency failure #1 in ROv09.
Error termination via Lnk1e in /share2/home/lsn/g09/l1.exe
这种错误一般是结构不合理引起吗？
A:
应当划在QM区
对.prm的引用写在冗余内坐标前头试试。
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2016.03.18 17:11:06
Q:
各位老师，谁能帮一下忙呢？请问各位老师，做molpro的时候，想要输出自然自旋轨道，应该怎么输关键字？
A:
手册里搜natural orbital
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2016.03.18 17:27:21
Q:
[图片]
请问一下，这个东西要是用quantum chemistry electron impact mass spectrum (QCEIMS)方法去做，需要的CPU时间大概是多少呢，用什么样的processors
A:
没听说过这词，不过计算质谱有不同级别的方法，好点的用DFT，槽点的用半经验，最粗略的可以根据分子特征经验性地估计，精度和耗时都不同
Q:
我看了个paper，说这个方法比较好，但我心里对于CPU time没有感觉
要是用DFT，你觉得CPU时间估计是多少？什么样的processor呢？
A:
你先看paper搞懂具体怎么实现的，大概要算多少个、多少原子的体系，否则没法估计
Q:
有关于怎么估算CPU的材料吗？
A:
问题不够具体
Q:
好吧，我在去看看paper
A:
最近有不少新人入群，如果没读过群共享里的群规请先阅读，了解扣分和踢人规则
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2016.03.18 17:46:25
Q:
[图片]
请教一下老师这是修改mdp文件后，进行energy提取后多出来的参数选项，我想问问coul-14是什么含义呢？还有最后一行的的几个参数，麻烦了
A:
1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响
http://sobereva.com/5
coul-14看上面的博文，LJ-14不用管
Q:
谢谢老师，我先看看
最后再问一下那最后的T-SOL与Lamb-SOL又是什么意思呢？
A:
T没记错的话是温度
Lamb不用管，做TI计算才牵扯到
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2016.03.18 17:55:01
Q:
sob老师，今年的培训课程什么时候有呢？
A:
最近一次是今年5月7日的第二届基础量子化学培训班
通知在科音官网上都有
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2016.03.18 17:18:54
Q:
/玫瑰老师，请问您有关于NBO电荷布居分析的帖子嘛
A:
看这里的资料http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2016.03.18 17:18:54
Q:
[图片]
比如这个图
可以看得出第一溶剂化层的厚度是0.5nm吗亲们谢谢
RDF函数
A:
可以
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2016.03.18 17:18:54
Q:
请教一下各位老师 g09 C01和D01版本中用modredundant
固定键长的关键词不能用了吗？不好意思发成两段了
A:
可以，但你不能直接设定初值
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2016.03.18 17:18:54
Q:
老师，就是multiwfn文件 exzample中没有methanedimer.gjf 呢？？
不是从exzample下边找methanedimer.gjf 吗？？
A:
没有，手册里也没提到
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2016.03.18 17:18:54
Q:
alpha(1)beta(2)+alpha(2)beta(1)是三重态，我看书上说它是表示2个电子自旋平行，是不是对于2电子系统自旋平行主要看S是否是1, 而不是看是两个alpha还是两个beta还是一个alpha,一个beta?
A:
两个电子并非自旋平行，这个对应于m=0的三重态
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2016.03.18 17:18:54
Q:
[图片] 这种图是不是把电子密度投影到ELF等值面上搞出来的呀？
A:
是
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2016.03.18 17:18:54
Q:
[图片]请问v(OH)前面的100是什么意思？怎么得到的呢？非常感谢！
A:
对正则振动模式的贡献百分比
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2016.03.18 17:18:54
Q:
请问一下大家multiwfn 电子激发分析模块可以一次性输出所有的cube文件吗？
A:
所有的你是指什么所有的？如果是S0到所有激发态的电子、空穴、密度差等等cube文件，没法一次都输出。一次只能分析一个态的
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2016.03.18 17:18:54
Q:
老师，我用gausssum作的光谱图，然后人家问The question was simple; were the spectra obtained by deconvolution of a single "stick" TDDFT spectrum with a Gaussian/Lorenzian function (if so, what value of the FWHM was used) or it was obtained using a distribution of spectra computed at different geometries?我看了gausssum的官网，提到FWHM了，但没有说用的什么函数，求老师指点？
A:
用Multiwfn作图，如今谁还用gausssum这种糟糕的程序作图。
Multiwfn里作图用什么展宽函数都是能直接调的
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.03.18 17:18:54
Q:
[图片]这样的势能曲线怎么做的
A:
势能面扫描
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2016.03.18 17:18:54
Q:
求一份高斯 BSSE 校正的gif文件做模板多谢
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2016.03.18 17:18:54
Q:
请问：怎么在gaussview里面把原子之间的键长数值自动加在旁边（两位或三位小数），导出图形加数值？？
A:
gview没办法，可以用chemcraft
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2016.03.18 17:18:54
Q:
这样
[图片]
[图片]
到最下面这个式子 Eion怎么不见了
A:
DFT和用不用BO近似没直接关系
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2016.03.18 17:18:55
Q:
Particle Mesh Ewald (PME)tools15支持吗
A:
ambertools15里的sander支持PME
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2016.03.18 17:18:55
Q:
高斯里面的MP2方法是第一性原理进行计算的吗？
不是，我是看了一篇老文献他说用的是Gaussian92版本，用的方法是第一性原理的MP2的方法，现在不都是用杂化泛函的多吗，所以就问问MP2是不是第一性原理计算的
A:
MP2显然属于严格意义的第一性原理，但搞量化的管那叫从头算。
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2016.03.18 17:18:55
Q:
忽然对一个概念糊涂了
以前一直理解电离势 IP = E（N-1）-E（N）亲和势 EA = E（N+1） - E（N）也就是无论求哪个总是减去E（N）
但是看到一个文献里说亲和势是增加一个电子to中性分子的“能量变化的负数” 而且说是IUPAC定义的
也就是说 EA = - 【E（N+1） - E（N）】 = E（N） - E（N+1）？？？？
求规范
就是这个文献
这句话后面还说 π共轭体系有正数EA 但是π共轭体系的 EA 只有用 E（N+1）-E（N）去算才是正数
是我对红色标记的英语理解错了么
看定义啊电离势是去掉一个电子所做的功去掉一个电子总是要做正功的所以 IP = E（N-1） - E（N）
这样算出来的 IP 就是正数
我写的不就是阴离子-中性么 E（N+1）-E（N） N表示电子数目
A:
EA在任何地方都是E（N） - E（N+1），你看见反着写的地方都是作者写错的地方
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2016.03.18 17:26:16
Q:
请教一下，DFT计算slab如何加外电场啊。设置外电场有什么要求？
A:
干嘛要加外场？
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2016.03.18 17:38:06
Q:
老师好！
我用Multiwfn对过渡态做了电子密度差图，想表现键中电子密度的变化,成键原子间电子密度增大，断键原子间密度减小。
结果审稿人提出这样的意见：The analysis based on deformation density maps is just old-fashion, and in the way it is read, it is just obvious. It seems a mechanical exercise based on black-box software, so it is superfluous.
请问该如何答复？多谢！
A:
更多讨论一些不是那么obvious的东西，或者把图塞到补充材料里，正文里就一带而过
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2016.03.18 18:08:46
Q:
老师，你在科音官网上说是第二届量化暑期班，结果是五月份举办，是不是写错了？
A:
没错
Q:
[图片]
[图片]
俩写的还不一样
[图片]
A:
已更正，下次奖一罐旺仔牛奶
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2016.03.18 18:13:50
Q:
不知道有没有人用高斯算水中的pka 想问一下是不是可以按照下面方法计算：对于 AH-- A- + H+ 这里分别加溶剂化优化 AH和 A-在水中的构型 H+的话有现成的数据然后算pka=-dG/2.303RT
A:
是
Q:
“是” 指回答我的问题吗？
A:
y
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2016.03.18 18:17:55
Q:
好的那什么时候是用到了BO近似呢老师
A:
平时的计算都是基于BO近似的，诸如涉及到非绝热问题才是beyond BO近似的
Q:
[图片]老师这个方程的能量是包括动能、电子和原子核之间的势能、电子和电子之间的势能以及exchange-correlation项把但是我在前文看到能量里不是还包含了原子核之间的势能吗为啥这个方程里不包含呢/发呆
A:
这是电子的薛定谔方程，所以不包含核-核，核-核互斥能是后加进去的
Q:
也就是说DFT的方法是先求解这个方程得到了电子密度然后根据密度泛函求解体系的总能量这时候把核-核这项的能量也加进去了把是这样吗/发呆
A:
y
Q:
好
哪里可以下载到内容完整一点的density functional theory: a practical introduction呢手头的这个电子版感觉好多公式有没有显示完整/发呆
[图片]
A:
[图片]
有的电子版是少了一些符号的，估计是在处理pdf的时候弄没了
Q:
嗯嗯谢谢老师哪里可以下到完整一点的吗/发呆
A:
看看计算化学公社论坛上的是否完整
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2016.03.18 18:21:22
Q:
如果不考虑分子的relax 用真空中的构型加smd 算溶剂能以及真空中的dG 用状态方程算也行？
A:
relax相对于什么而言？
A-应当在孤立状态下优化过
Q:
AH 和A- 都只在真空中优化
A:
真空下优化就够了
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