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标题: 求助 comm-mode=linear [打印本页]

作者
Author: cmd27 时间: 2022-5-23 13:51
标题: 求助 comm-mode=linear
对于两个不同的非极性分子靠近的自由能图软件gromacs2019.6-plumed-ips17 默认质心限制是整个系统消除平动我发现不需要加熵校正曲线在0.8nm之后就是平的；而当我用comm-mode=linear comm-grps=其中一个组因为我还接了plumde 使跑MD两个分子距离不会太远保证可以采到样但是我发现两个分子质心距离不变了问题是出在我的版本问题嘛对于两个相同的非极性分子靠近的自由能图默认质心限制是整个系统消除平动加熵校正和范德华力的曲线一致
所以想问问各位老师我到底是哪里出错了

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Author: Acee 时间: 2022-5-23 14:15
你好，加这个plumed主要有什么作用

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Author: cmd27 时间: 2022-5-23 14:44

Acee 发表于 2022-5-23 14:15
你好，加这个plumed主要有什么作用

我是分了三段做的自由能曲线用plumed限制两个分子的质心范围（比如 4-7nm 6.5-9.5nm 9-12nm）这样可以快速采样

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