计算化学公社

标题: 求助：关于cp2k跑MD指定部分原子初始速度的问题 [打印本页]

作者
Author: liheng 时间: 2022-5-23 20:17
标题: 求助：关于cp2k跑MD指定部分原子初始速度的问题
各位老师，我在用cp2k跑MD时遇到点问题。就是我在进行一个粒子入射到表面的模拟，所以需要指定入射粒子的速度，但是cp2k的官方手册说：”The same order as for the atomic coordinates is assumed.“ （https://manual.cp2k.org/cp2k-9_1 ... UBSYS/VELOCITY.html），这好像要求如果我要指定某一个粒子的初始速度，那么体系中所有粒子都要指定初始速度，否则这个“order"对不上啊。所以我就将前面那些表面的原子的初始速度都指定为零，然后给予入射粒子一个非零速度，但问题来了，这就导致初始温度异常低，我又想指定表面的初始温度为423.5K，这似乎冲突了。所以不知道大家有没有什么好的办法？难道需要我写程序按照Maxwell速度分布将423.5K温度下所有表面粒子的初始速度大概算出来，然后以此来指定表面粒子的初始速度吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-24 03:10
先对单独的表面跑MD使温度平衡在预期的值，然后把restart文件里的原子速度挪到你当前的粒子入射的模拟中的表面原子上

作者
Author: liheng 时间: 2022-5-24 16:15

sobereva 发表于 2022-5-24 03:10
先对单独的表面跑MD使温度平衡在预期的值，然后把restart文件里的原子速度挪到你当前的粒子入射的模拟中的 ...

谢谢老师的回复，昨天发了帖子后也想到了，您也印证了这个观点，这确实是个好办法。

作者
Author: dhdhdh 时间: 2022-10-1 21:01
请问这个入射粒子的初始速度是根据什么来设置呢？

作者
Author: annaqz 时间: 2022-11-24 19:08
能麻烦问下，指定粒子初始速度，在输入文件里具体是怎么设置的呢？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-24 19:24
本帖最后由 chands 于 2022-11-24 19:26 编辑

annaqz 发表于 2022-11-24 19:08
能麻烦问下，指定粒子初始速度，在输入文件里具体是怎么设置的呢？

类似坐标的格式：
&VELOCITY
【原子，速度】
&END VELOCITY
CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / SUBSYS / VELOCITY

作者
Author: annaqz 时间: 2022-11-25 17:18

chands 发表于 2022-11-24 19:24
类似坐标的格式：
&VELOCITY
【原子，速度】

感谢。这是在SUBSYS这里面进行设置的吧。那如果我指定单个原子以一定速度移动，单位Å/fs，x，y方向的自由度是自由的。这个具体要怎么设置呢？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-25 17:43

annaqz 发表于 2022-11-25 17:18
感谢。这是在SUBSYS这里面进行设置的吧。那如果我指定单个原子以一定速度移动，单位Å/fs，x，y方向 ...

根据楼上的讨论，想到这样一个办法，不知行不行啊。
比如你要设定原子1一定的Z方向初速度，先跑一段MD到平衡，把restart文件（或者vel-1.xyz文件）里的速度粘贴过来，然后原子1的Z方向速度改一个你要的值。当然这个方法只设定初速度。

然后单位的问题，CP2K默认的单位都是原子单位制，所以速度的默认单位是Bohr/原子单位制的时间单位。我不知能否定义Ang/fs，CP2K单位制里没有这个关键词，如果不行，就转换一下。
https://manual.cp2k.org/cp2k-7_1-branch/units.html

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)