计算化学公社

标题: gromacs中做径向分布函数时候怎么生成索引文件 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-23 20:56
标题: gromacs中做径向分布函数时候怎么生成索引文件
体系里边有钙离子和硫酸根离子还有水，想分析钙离子和硫酸根中的硫的径向分布函数
按教程走的，但是索引编辑器一直出不来，不知道怎么给离子分组。图一是作业出错提示，图二是提交命令，图三是ndx脚本

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作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-24 03:18
make_ndx是交互式程序，根本不应当以提交方式运行
直接运行gmx make_ndx，手动敲命令
诸如此类根本没有计算耗时的任务直接在本机运行就完了

如果当前机子是Windows而且还没装gmx，直接用下文提供的现成的
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-24 09:02
谢谢老师

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-24 10:14
本帖最后由小柏桐于 2022-5-24 10:24 编辑

老师，不好意思，我仔细看了您发的教程，刚刚的问题会了，但是撤回不了了

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-24 10:47
本帖最后由小柏桐于 2022-5-24 10:54 编辑

老师，我在开始菜单没找到 visual studio tools，我就打考了 visual studio 2022 Developer PowerShell for VS 2022，然后怎么运行fftw命令啊，还有就是运行命令最后的 visual studio 16 2019，这个16是什么意思啊，如果我换成visual studio 2022，后边16要换吗

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