计算化学公社

标题: Multiwfn结合VMD计算Hirshfeld表面求助 [打印本页]

作者
Author: weifujing 时间: 2022-5-24 14:40
标题: Multiwfn结合VMD计算Hirshfeld表面求助
老师您好，我想请教一下问题我导入的结构是阿司匹林分子团簇，计算团簇中心分子的Hirshfeld，我按照Multiwfn手册4.12.6中using VMD to plot color-mapped isosurface of Hirshfeld/Beck surface 和B站上的视频内容进行计算，可是为什么我计算出来的Hirshfeld表面好像有一个缺口，没有闭合，请问这种情况是由什么原因引起的？而且计算出来的Hirshfeld表面几乎红色区域，是否代表着没有氢键作用，但是这应该是不合理的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-24 16:40
周围分子没有包满中间分子，显然不行
怎么构造合适的簇模型下文5.2节演示了
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

并且搞清楚当前盒子范围是否合适，截断了等值面自然就会出现窟窿。在VMD把格点数据盒子边框显示出来便知。

作者
Author: weifujing 时间: 2022-5-25 14:35

sobereva 发表于 2022-5-24 16:40
周围分子没有包满中间分子，显然不行
怎么构造合适的簇模型下文5.2节演示了
使用Multiwfn做IGMH分析非常 ...

老师您好，关于周围分子没有包满中间分子这个问题，这个团簇结构是根据我们老师的一些理论思想确定的，也计算了一些其他的性质，证明是这个团簇结构对于我们想要研究的问题是合适的
按照您的说法，周围分子没有包满中间分子，就一定不可以分析Hirshfeld表面了吗？
我刚接触Multiwfn，可能有些基础的东西不是很明白，您所说的盒子范围和等值面是什么意思？如何在VMD把格点数据盒子边框显示出来？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-26 07:05

weifujing 发表于 2022-5-25 14:35
老师您好，关于周围分子没有包满中间分子这个问题，这个团簇结构是根据我们老师的一些理论思想确定的， ...

本来Hirshfeld surface分析就没有要求必须中心分子完全被其它分子包满，但这种情况下就注定要允许表面不是封闭的。在Multiwfn手册4.12.5节给了二聚体的例子，可见等值面仅在两个分子之间出现。
你当前的体系，中心分子在正朝着屏幕那一侧没有其它作用对象，显然本来就应该是空着的

格点均匀分布在特定区域里（盒子里），计算了这些格点上函数值，才能绘制出来函数的等值面。主功能12里Multiwfn会自动确定盒子范围，相对于体系往四周延展一定距离

VMD的Graphics - Representation显示等值面时里把Box选上就能显示盒子边框
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下文里有更多说明和相关例子，务必仔细阅读
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

作者
Author: weifujing 时间: 2022-5-26 09:42

sobereva 发表于 2022-5-26 07:05
本来Hirshfeld surface分析就没有要求必须中心分子完全被其它分子包满，但这种情况下就注定要允许表面不 ...

明白了，谢谢老师

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