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标题: 怎么使用vmd求配位数？ [打印本页]

作者
Author: 九月九 时间: 2022-5-25 13:29
标题: 怎么使用vmd求配位数？
各位老师好！我已经跑了一段MD轨迹，需要得到Na与H2O的配位数（RDF显示距离在1.85-2.95埃），请问怎么利用vmd计算二者的配位数呢，类似于这张图片（图是别人的）。谢谢！

作者
Author: naoki 时间: 2022-5-25 16:00
第一溶剂化层配位数是rdf积分曲线与rdf第一峰谷交点的y坐标

作者
Author: 九月九 时间: 2022-5-25 20:37
本帖最后由九月九于 2022-5-26 09:08 编辑

naoki 发表于 2022-5-25 16:00
第一溶剂化层配位数是rdf积分曲线与rdf第一峰谷交点的y坐标

谢谢您！做好了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-26 03:50
VMD直接就能给你配位数曲线

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作者
Author: 九月九 时间: 2022-5-26 09:09

sobereva 发表于 2022-5-26 03:50
VMD直接就能给你配位数曲线

谢谢sob老师！明白了

作者
Author: cz109 时间: 2024-4-4 19:41

sobereva 发表于 2022-5-26 03:50
VMD直接就能给你配位数曲线

老师，请问得到这个曲线后是Y=5,10,20与曲线交点的横坐标是配位数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-4 20:18

cz109 发表于 2024-4-4 19:41
老师，请问得到这个曲线后是Y=5,10,20与曲线交点的横坐标是配位数吗？

是达到相应配位数时对应的r距离值

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