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标题: RuO2团簇催化有机反应的泛函和方法该怎么选? [打印本页]

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-5-25 15:21
标题: RuO2团簇催化有机反应的泛函和方法该怎么选?
请外各位老师，我用Gaussian软件计算RuO2纳米团簇（Ru原子24个，O原子34个）催化有机反应的时候，采用了以下方法计算单独的RuO2团簇：
1.B3LYP泛函，Ru用SDD基组，O用6-31G*基组；2.B3LYP泛函，def2svp基组；3.换ORCA软件，用r2SCAN-3c方法；

这三种方法都很难算动这个体系，2个小时也没优化出第一步，是泛函和基组不合适？还是这个体系不适合用Gaussian算？
(, 下载次数 Times of downloads: 73)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-25 16:22
结构不合理，表面上的Ru的大部分空配位点都必须饱和掉

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-5-25 16:36

wzkchem5 发表于 2022-5-25 16:22
结构不合理，表面上的Ru的大部分空配位点都必须饱和掉

Ru用O饱和，O用H饱和？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-25 16:41

yaoyuan0711 发表于 2022-5-25 09:36
Ru用O饱和，O用H饱和？

对。如果该饱和的地方不饱和，会导致SCF收敛困难，进而导致计算时间变长，而且即便收敛了结果也不能用，因为计算的结构不反映真实体系的结构。

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-5-25 16:51

wzkchem5 发表于 2022-5-25 16:41
对。如果该饱和的地方不饱和，会导致SCF收敛困难，进而导致计算时间变长，而且即便收敛了结果也不能用， ...

非常感谢您。还有一个问题，我需要算Mg单原子负载在这个团簇表面，是直接放到O原子周围，还是说去掉两个H原子，然后Mg与O饱和配位更合适？

作者
Author: chands 时间: 2022-5-25 16:57
本帖最后由 chands 于 2022-5-25 17:00 编辑

wzkchem5 发表于 2022-5-25 16:41
对。如果该饱和的地方不饱和，会导致SCF收敛困难，进而导致计算时间变长，而且即便收敛了结果也不能用， ...

请问如果Ru:O比例已经是1:2 (不止是RuO2体系，其他晶体结构如果原子比例已经符合实验式）,还需要额外饱和吗？

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-5-25 18:11

wzkchem5 发表于 2022-5-25 16:41
对。如果该饱和的地方不饱和，会导致SCF收敛困难，进而导致计算时间变长，而且即便收敛了结果也不能用， ...

(, 下载次数 Times of downloads: 74) 老师您好，我按照您的建议将Ru和O都饱和了，然后缩小了一下颗粒尺寸，用B3LYP/def2SVP，目前1个多小时了，SCF还是没收敛

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-25 19:52

yaoyuan0711 发表于 2022-5-25 11:11
老师您好，我按照您的建议将Ru和O都饱和了，然后缩小了一下颗粒尺寸，用B3LYP/def2SVP，目前1个多小时了 ...

电荷错了，用OH饱和的时候，每个OH带一个负电荷，所以现在团簇不是中性了。
所以要么加一些负电荷（具体加多少从Ru价态确定），要么把一部分羟基换成H2O（换多少个羟基同样取决于Ru的价态），要么两者都做。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-25 19:54

yaoyuan0711 发表于 2022-5-25 09:51
非常感谢您。还有一个问题，我需要算Mg单原子负载在这个团簇表面，是直接放到O原子周围，还是说去掉两个H ...

建议各种可能性都试一下，或者查文献看一般过渡金属氧化物上面负载Mg是怎么配位的（不一定要是RuO2，但是要是和RuO2足够类似的体系，比如IrO2、MoO3之类）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-25 19:56

chands 发表于 2022-5-25 09:57
请问如果Ru:O比例已经是1:2 (不止是RuO2体系，其他晶体结构如果原子比例已经符合实验式）,还需要额外饱和 ...

需要，因为实验上虽然把这个团簇叫做RuO2团簇，但是一般并没有证明Ru:O=1:2，而只是证明了所有Ru都是+4价。如果实验证明了Ru:O=1:2，那么计算也要满足Ru:O=1:2，但是不是简单地建一个RuO2然后不饱和，而是把一部分氧挪到表面上，在饱和表面的同时制造一些氧缺陷。

作者
Author: chands 时间: 2022-5-25 22:07

wzkchem5 发表于 2022-5-25 19:56
需要，因为实验上虽然把这个团簇叫做RuO2团簇，但是一般并没有证明Ru:O=1:2，而只是证明了所有Ru都是+4价 ...

没做过这一块不明白。团簇做饱和是因为团簇太小边界效应太明显了吗？但是如果用其他分子饱和掉好像也不太符合实际体系。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-25 22:31

chands 发表于 2022-5-25 15:07
没做过这一块不明白。团簇做饱和是因为团簇太小边界效应太明显了吗？但是如果用其他分子饱和掉好像也不太 ...

即便团簇无限大也要做饱和，原因是实验的团簇表面本来就是饱和的。仍然以RuO2为例，首先一般RuO2团簇一般不是从体相RuO2里切出来的，而是用某种溶液相过程合成的（比如用一些Ru盐在水溶液里水热合成），表面自然会有羟基和水。这样的团簇原则上应该写作类似RuO(2-x)(OH)(2x)(H2O)y这样的形式，但是做实验的人一般不写那么细，而是笼统地叫做RuO2纳米颗粒或者RuO2团簇。其次即便从体相RuO2里面切出来一个Ru:O=1:2的团簇，这样的团簇表面也容易吸水吸氧，得到表面羟基或者表面水。只有一种情况下不能用OH、H2O饱和表面，就是在手套箱里面无水无氧操作，把RuO2固体球磨成纳米颗粒，但那样的话仍然会发生表面重构，也就是表面虽然仍然是Ru:O=1:2，但是结构和体相晶格不同。

作者
Author: chands 时间: 2022-5-25 22:35

wzkchem5 发表于 2022-5-25 22:31
即便团簇无限大也要做饱和，原因是实验的团簇表面本来就是饱和的。仍然以RuO2为例，首先一般RuO2团簇一般 ...

谢谢！我真的不知道这种团簇原来是zei么肥四。我再举个例子，如果要做（干燥）NaCl的表面反应，NaCl团簇要饱和吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-25 23:19

chands 发表于 2022-5-25 15:35
谢谢！我真的不知道这种团簇原来是zei么肥四。我再举个例子，如果要做（干燥）NaCl的表面反应，NaCl团簇 ...

不需要，一般纯离子晶体切开就是干净的表面，如果没有机会吸水的话，不会有明显的表面重构，也不会吸附什么其他东西来饱和它的表面。但是如果稍微有一点共价性，可能就不同了。
另外有一个问题就是团簇的边角怎么处理，NaCl团簇的表面大概率是(001)面，但是棱、角处什么结构最稳定不是显然的，可能需要查相关的文献确定。

作者
Author: chands 时间: 2022-5-25 23:21

wzkchem5 发表于 2022-5-25 23:19
不需要，一般纯离子晶体切开就是干净的表面，如果没有机会吸水的话，不会有明显的表面重构，也不会吸附什 ...

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-26 03:25
建议用PBE0-D3(BJ)代替B3LYP
优化时Ru用SDD，O用6-31G*，是可以的。离催化位点远的Ru为节约时间用Lanl2DZ也可以接受。

ORCA里用B97-3c或更好点的r2SCAN-3c是可以的，但SCF收敛难度可能更大。

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-5-26 08:26

sobereva 发表于 2022-5-26 03:25
建议用PBE0-D3(BJ)代替B3LYP
优化时Ru用SDD，O用6-31G*，是可以的。离催化位点远的Ru为节约时间用Lanl2DZ ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-5-26 19:21
本帖最后由 yaoyuan0711 于 2022-5-26 19:23 编辑

wzkchem5 发表于 2022-5-25 19:52
电荷错了，用OH饱和的时候，每个OH带一个负电荷，所以现在团簇不是中性了。
所以要么加一些负电荷（具体 ...

目前团簇的分子式为Ru6O28H22，根据电荷计算，Ru为+4价，则整体为-10价，但是现在这样设置后，直接收敛失败了。是不是自旋多重度设置不太对（目前为1），Ru的电子排布为4d7 5s1，Ru4+的电子排布为4d4，整体应该为5重态？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-26 19:54

yaoyuan0711 发表于 2022-5-26 12:21
目前团簇的分子式为Ru6O28H22，根据电荷计算，Ru为+4价，则整体为-10价，但是现在这样设置后，直接收敛失 ...

这个取决于Ru是高自旋还是低自旋，而且整体有不止一个Ru，不能由单个Ru的d电子排布直接确定总自旋多重度。
负电荷这么多，说明这个团簇估计碱性比较强，会倾向于得到一些质子来中和一部分负电荷

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-5-27 08:53

wzkchem5 发表于 2022-5-26 19:54
这个取决于Ru是高自旋还是低自旋，而且整体有不止一个Ru，不能由单个Ru的d电子排布直接确定总自旋多重度 ...

好的，谢谢您了

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-6-24 16:58

wzkchem5 发表于 2022-5-26 19:54
这个取决于Ru是高自旋还是低自旋，而且整体有不止一个Ru，不能由单个Ru的d电子排布直接确定总自旋多重度 ...

老师您好！再请教一下您，我把团簇模型换成Ru11H44O44，表面按您说的进行了饱和，总价态为0。
泛函PBE0，基组(Ru为SDD，O,H为6-31G*)。1个多小时一次也没收敛，而且也没有要收敛的趋势。

尝试很久了，不知道还存在什么问题，麻烦您再指导一下

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-24 18:02

yaoyuan0711 发表于 2022-6-24 09:58
老师您好！再请教一下您，我把团簇模型换成Ru11H44O44，表面按您说的进行了饱和，总价态为0。
泛函PBE0 ...

SCF才迭代了7步，当然离收敛还很远。这不叫没有收敛的趋势，而是计算太慢，导致一个小时之内来不及看出有收敛的趋势。
如果嫌太慢的话，改用orca，用纯泛函计算，开RI加速

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-6-28 14:25

wzkchem5 发表于 2022-6-24 18:02
SCF才迭代了7步，当然离收敛还很远。这不叫没有收敛的趋势，而是计算太慢，导致一个小时之内来不及看出有 ...

老师您好！我换用ORCA，结合B97-3c方法，经过1579步SCF都没收敛

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-28 15:12

yaoyuan0711 发表于 2022-6-28 07:25
老师您好！我换用ORCA，结合B97-3c方法，经过1579步SCF都没收敛

加slowconv再试，如果还不行就veryslowconv，再不行就KDIIS

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-7-1 15:59
本帖最后由 yaoyuan0711 于 2022-7-1 16:02 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-28 15:12
加slowconv再试，如果还不行就veryslowconv，再不行就KDIIS

老师您好！我用slowconv，SCF能够收敛了，但是每次收敛都需要500-700个循环，两天时间只计算到如下结果；
      Energy change    -0.0125092957          0.0000050000    NO
      RMS gradient       0.0014538918          0.0001000000    NO
      MAX gradient       0.0108357901          0.0003000000    NO
      RMS step          0.0094963341          0.0020000000    NO
      MAX step          0.0832362783          0.0040000000    NO

我感觉是不是自旋多重度设错了？O2-是弱场配体，Ru4+（3d4）应该处于高自旋状态，共有11个Ru4+原子，自旋多重度为45？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-1 16:14

yaoyuan0711 发表于 2022-7-1 08:59
老师您好！我用slowconv，SCF能够收敛了，但是每次收敛都需要500-700个循环，两天时间只计算到如下结果； ...

未必。首先各个Ru之间未必是铁磁耦合的，可能是反铁磁耦合的；其次Ru是第二过渡周期元素，同等配体场强条件下，第二过渡周期元素相比第一过渡周期元素更有可能是低自旋。还是要查一下RuO2的磁矩等信息来判断

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-7-1 17:48

wzkchem5 发表于 2022-7-1 16:14
未必。首先各个Ru之间未必是铁磁耦合的，可能是反铁磁耦合的；其次Ru是第二过渡周期元素，同等配体场强条 ...

老师您好！文献Guthrie A N, Bourland L T. Magnetic Susceptibilities and Ionic Moments in the Palladium and Platinum Groups. Physical Review, 1931, 37(3): 303.给出的RuO2磁化率很低，应该是反磁性的
说明RuO2更可能是反铁磁耦合，并以低自旋状态存在？Ru4+的d轨道为3d4，三重简并轨道，单电子数为2，自旋多重度为3？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-1 18:17

yaoyuan0711 发表于 2022-7-1 10:48
老师您好！文献Guthrie A N, Bourland L T. Magnetic Susceptibilities and Ionic Moments in the Pallad ...

有可能，此外保险起见也可以查一下，有没有文献给出了现成的结论，RuO2里的Ru的自旋态具体是怎么样的

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-7-4 08:26

wzkchem5 发表于 2022-7-1 18:17
有可能，此外保险起见也可以查一下，有没有文献给出了现成的结论，RuO2里的Ru的自旋态具体是怎么样的

好的，谢谢您了

作者
Author: chemhou 时间: 2022-7-4 09:09

wzkchem5 发表于 2022-5-25 16:22
结构不合理，表面上的Ru的大部分空配位点都必须饱和掉

他这是孤立的团簇体系，很多原子都不是饱和的，用H饱和的方案是不合理的，很大可能变得无催化活性了

作者
Author: chemhou 时间: 2022-7-4 09:11
本帖最后由 chemhou 于 2022-7-4 09:12 编辑

wzkchem5 发表于 2022-5-25 22:31
即便团簇无限大也要做饱和，原因是实验的团簇表面本来就是饱和的。仍然以RuO2为例，首先一般RuO2团簇一般 ...

这里的解释和举例也不合适不恰当，有误导之嫌
气相的孤立团簇和表面负载的团簇体系根本不存在什么饱和之说

作者
Author: chemhou 时间: 2022-7-4 09:14

yaoyuan0711 发表于 2022-5-25 18:11
老师您好，我按照您的建议将Ru和O都饱和了，然后缩小了一下颗粒尺寸，用B3LYP/def2SVP，目前1个多小时了 ...

这样做对你现在的研究对象来说是绝对错误的

作者
Author: chemhou 时间: 2022-7-4 09:22
随便去搜一下，一堆相关的实验和理论计算文章，随便示例两篇：
1. https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/cp/c4cp02366h
2. https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2014/cp/c4cp02366h

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-7-4 11:23

chemhou 发表于 2022-7-4 09:11
这里的解释和举例也不合适不恰当，有误导之嫌
气相的孤立团簇和表面负载的团簇体系根本不存在什么饱和之 ...

老师您好！实际上我这个RuO2也是负载在分子筛上的，但是模型太复杂，而且分子筛只是起到分散作用，没有催化效果

作者
Author: chemhou 时间: 2022-7-4 13:19
本帖最后由 chemhou 于 2022-7-4 13:21 编辑

yaoyuan0711 发表于 2022-7-4 11:23
老师您好！实际上我这个RuO2也是负载在分子筛上的，但是模型太复杂，而且分子筛只是起到分散作用，没有催 ...

表面负载团簇的实验和理论计算工作也一搜一大堆。不能说分子筛只起到分散作用，就没有催化作用。负载在催化中的作用是不可忽略的。请见我们最近的工作：https://mp.weixin.qq.com/s/O1Lcx4slVWxp3BOBnLVSGg

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-4 15:08

chemhou 发表于 2022-7-4 02:09
他这是孤立的团簇体系，很多原子都不是饱和的，用H饱和的方案是不合理的，很大可能变得无催化活性了

但是即使是不饱和的团簇，也会在前几个turnover就吸水或者夺氢变成被H饱和的团簇吧

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-4 15:12

chemhou 发表于 2022-7-4 02:11
这里的解释和举例也不合适不恰当，有误导之嫌
气相的孤立团簇和表面负载的团簇体系根本不存在什么饱和之 ...

表面负载的团簇固然一开始可能是不饱和的，但是加了底物、溶剂等等以后，很容易就饱和了。不信可以查一下表面负载RuO2做完催化后的IR谱，肯定有很强的羟基峰。
或者换个角度讲，你也可以用没饱和的RuO2算催化，你会发现确实反应性特别好，但是最后没办法再生催化剂，因为原来的没饱和的RuO2的能量太高了，不管什么机理也没办法让结合了产物的RuO2脱去产物变成没饱和的RuO2。最后只能是引入外界的水或者其他氢源，把产物替换掉，得到被饱和了的RuO2。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-4 15:16

chemhou 发表于 2022-7-4 02:22
随便去搜一下，一堆相关的实验和理论计算文章，随便示例两篇：
1. https://pubs.rsc.org/en/content/artic ...

问题就是这是气相团簇的当量反应。初始团簇固然是没有饱和的，但是活化水以后能量动辄下降3~4个eV，还是变成了被氢饱和的团簇。那么试问，在实际催化当中，有什么过程可以逆转3~4eV的热力学，重新生成原来的没有饱和的团簇？所以显然的结论是，第一个turnover里的团簇可能是没有饱和的，但是从第二个、第三个turnover开始，团簇一定是饱和的。

作者
Author: chemhou 时间: 2022-7-4 15:55

wzkchem5 发表于 2022-7-4 15:16
问题就是这是气相团簇的当量反应。初始团簇固然是没有饱和的，但是活化水以后能量动辄下降3~4个eV，还是 ...

那么你一定是不熟悉近似于单分子条件下的气相或负载团簇实验。提问者所述的问题显然不是一个宏观的凝聚相过程，或者他自己到底要做什么也没搞清楚

作者
Author: chemhou 时间: 2022-7-4 16:05

wzkchem5 发表于 2022-7-4 15:12
表面负载的团簇固然一开始可能是不饱和的，但是加了底物、溶剂等等以后，很容易就饱和了。不信可以查一下 ...

请去了解一下表面科学里最经典的TPD实验和Ertl的诺奖成果

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-4 16:27

chemhou 发表于 2022-7-4 08:55
那么你一定是不熟悉近似于单分子条件下的气相或负载团簇实验。提问者所述的问题显然不是一个宏观的凝聚相 ...

楼主一开始就说了是催化反应。我同意楼主要研究的不是宏观凝聚相过程，但是一个表面该不该被饱和和研究的是团簇还是bulk表面是无关的。如果bulk的干净表面在实际催化条件下会被水、底物等自发饱和，那么团簇也会，而且团簇被饱和得可能还快些，因为比表面大。
固然研究团簇的人更倾向于研究没有被饱和的团簇，但这是因为他们的研究兴趣以及计算条件（饱和的团簇的可能构型比较多，原子数也比较多，计算量大）所导致的幸存者偏差，并不能因此就说团簇必须按不饱和的算，更不能说现实存在的团簇必然是不饱和的。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-4 16:31

chemhou 发表于 2022-7-4 09:05
请去了解一下表面科学里最经典的TPD实验和Ertl的诺奖成果

Ertl研究的是Fe表面，自然不需要饱和。此外他研究的反应温度也比一般有机反应高得多。
我不知道楼主要研究的反应是什么温度下发生的，但既然是有机反应，大概不会超过300度。而你发的文献说了，钌氧化物团簇和水反应变成表面是羟基的团簇，能量下降3~4eV之多。你觉得300度下TPD能把这些水脱掉、回到未饱和的团簇吗？足够高的温度下TPD可以让团簇上的东西都脱掉、变成干净的团簇，这不假，但是实际反应一般没有那么高温度。楼主研究的不是800度下的反应，也不是高真空条件下的气相反应。

作者
Author: chemhou 时间: 2022-7-4 16:47

wzkchem5 发表于 2022-7-4 16:31
Ertl研究的是Fe表面，自然不需要饱和。此外他研究的反应温度也比一般有机反应高得多。
我不知道楼主要研 ...

请再去了解一下张涛院士和李隽教授等人的工作，从提问者的问题里看不出来与饱和有任何关系，这与是不是有机反应，反应的温度多高也没有任何关系，不要用自己假定的一个过程去给提问者误导。至于上述对表面科学和团簇科学的错误认识不值一驳......

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-4 17:21

chemhou 发表于 2022-7-4 09:47
请再去了解一下张涛院士和李隽教授等人的工作，从提问者的问题里看不出来与饱和有任何关系，这与是不是有 ...

这样吧，咱们也别争了，让楼主按团簇没有饱和去计算。我赌楼主找不到任何方法能让催化剂恢复原始形态，因为不管怎么推测机理，让催化剂恢复原始形态所需的自由能垒都高到在实验温度下无法反应。另外即便我赌对了，楼主做这个计算也不浪费，因为很可能有审稿人和你的想法是一样的，他们也会让楼主做一个团簇没有饱和的计算。
或者如果楼主觉得我更可能正确的话，也可以算一下，没有饱和的RuO2的团簇和水反应的自由能垒和自由能变是多少（前提是这个团簇的Ru和O要符合化学计量比；如果O多于Ru的两倍，让Ru处于高价，那是有可能得到稳定的团簇的，但那就不叫RuO2团簇了）。我赌能垒很低且反应不可逆，如果确实是这样的话，就说明除非实验是在严格无水的条件下做的，否则即便一开始是干净的RuO2团簇，也会以表面被饱和的形式参与反应。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-4 17:49

chemhou 发表于 2022-7-4 09:47
请再去了解一下张涛院士和李隽教授等人的工作，从提问者的问题里看不出来与饱和有任何关系，这与是不是有 ...

顺便补充一句：我同意个别的Ru可能是没有完全饱和的，比如只有5配位，尤其在催化过程中形成的瞬态中间体更是可能如此。但是像一楼那个结构，甚至还有2配位的Ru（还是+4价Ru），我觉得绝对是能量太高，催化条件下没有任何基元反应能在实验温度下再生出这个团簇。这个不知你同意否？
团簇催化里面不饱和表面的情形，一般都是金属团簇，因为金属是0价或者接近0价，配位趋势比较弱，所以不容易被外界物质不可逆配位。但是氧化物团簇，尤其是高价氧化物团簇就是另一码事了，要是只有O裸露在外面还好说，但凡有一个+4价金属裸露在表面，必然会和水以及底物里的有配位性的基团发生不可逆结合。此时研究这个不可逆结合乃至后续活化过程的当量反应是有一定意义的，但研究催化反应的人一般更关心的不是第一个turnover是怎么反应的，而是后面N-1个turnover是怎么反应的，毕竟研究清楚后者更有利于改善turnover rate和turnover number。当然你可以说，只有研究清楚了第一个turnover，才知道从第二个turnover开始这个团簇到底是以什么形式被饱和的，不然只知道团簇被饱和了但是不知道表面上具体吸附了什么。这样说的话我可以同意，那就是可以照常从未饱和的团簇开始算，只不过要注意一开始那个未饱和的团簇极有可能只是precatalyst，要做好无论怎么propose机理也没办法让催化循环转回这个物种的准备。

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-7-6 14:12

wzkchem5 发表于 2022-7-4 17:49
顺便补充一句：我同意个别的Ru可能是没有完全饱和的，比如只有5配位，尤其在催化过程中形成的瞬态中间体 ...

感谢两位老师的讨论。我这个是计算RuO2在高压反应釜中催化有机物反应的，溶剂为水，反应温度仅为200度，目的确实是为了计算可能的反应机理，解释RuO2的催化活性来源。应该还是更偏向于您说的这种饱和的情况，在实验条件下，而且还是水溶液中，不太可能是不饱和的。

作者
Author: RuichengLi 时间: 2022-8-22 15:00
你好呀，我想请问一下，你的原子个数怎么取的？团簇原子个数大小取决于什么呀，怎么样取比较合理呀

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-8-23 08:54

RuichengLi 发表于 2022-8-22 15:00
你好呀，我想请问一下，你的原子个数怎么取的？团簇原子个数大小取决于什么呀，怎么样取比较合理呀

我是根据实验中测出来的直径取的

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2022-8-23 13:07
个人感觉这个体系也挺适合用VASP跑周期性的

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-8-23 14:06

Q-Chembio-llg 发表于 2022-8-23 13:07
个人感觉这个体系也挺适合用VASP跑周期性的

实验上是1点几纳米的颗粒，用RuO2周期性结构不太合适吧?

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2022-8-24 13:24

yaoyuan0711 发表于 2022-8-23 14:06
实验上是1点几纳米的颗粒，用RuO2周期性结构不太合适吧?

哦那还是选簇模型比较好

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