计算化学公社

标题: 已解决：md模拟时崩溃和eq柔性水定义问题？ [打印本页]

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-5-26 09:00
标题: 已解决：md模拟时崩溃和eq柔性水定义问题？
本帖最后由 wyfgg 于 2022-5-31 16:21 编辑

问题1：
各位老师好，我在做一个混合胶束体系的MD，昨天完成em和eq之后，运行2ns的MD时报错；今天缩短运行为0.5ns后，发现MD未崩溃，且正常结束。
这种情况好像在论坛里看到别人也遇到过，短时间预运行之后再正式运行。
请问这种情况正常吗？

问题2：
Gaussian进行opt并计算RESP2(0.5)，packmol建立mix.pdb，Sobtop建立拓扑，合并top和itp，使用Gromacs添加水，并incloud“spce.itp”

gmx solvate -cp mix.pdb -cs spc216.gro -o mix.gro -p mix.top

复制代码

在em时定义

define = -DFLEXIBLE

复制代码

但是在eq时如果添加了define = -DFLEXIBLE，程序就会报错，提示没有约束文件，但是我这个胶束的体系应该不像蛋白模拟一样需要posre.itp文件吧？如果需要的话如何生成呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-26 20:51
1 没细节没法说，都没说清楚2ns和0.5ns的模拟有什么区别。如果仅是模拟步数的区别，达到相同时间点之前崩溃而当前没崩溃纯属巧合。没有前提下，“短时间预运行之后再正式运行”完全没法令人知道是在干嘛。注意组织语言、表述清楚。

注意看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

2 Gaussian没法直接计算RESP2(0.5)，按下文借助Multiwfn才能计算
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

那叫include不叫incloud

若无特殊原因，动力学过程甭用柔性水

并且仔细看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

此体系没必要做胶束的限制性动力学

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)