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标题: 求助MD模拟报错，小分子的结构形变严重 [打印本页]

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2022-5-26 11:28
标题: 求助MD模拟报错，小分子的结构形变严重
在做完NVT和NPT以后没有出现任何问题警告

进行最后的MD模拟时出现以下报错，并且生成step开头的pdb文件，打开文件发现小分子的结构形变严重

希望得到各位老师指导
step 71000, remaining wall clock time: 17 s       vol 0.79  imb F  8%
Step 71100, time 142.2 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 168.096252, max 4226.180176 (between atoms 4730 and 4740)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length

Step 71100, time 142.2 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 111.253860, max 4226.180176 (between atoms 4730 and 4740)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
1717 1706 37.4 0.1082 0.0669    0.1082
4730 4740  138.5 0.1097 463.6794    0.1097
4730 4734 54.6 0.1538 0.1610    0.1538
4730 4741 62.3 0.1097 0.1356    0.1097
1710 1723 90.0 0.1097 0.6308    0.1097
1710 1723 90.0 0.1097 0.6308    0.1097
1702 1710 90.0 0.1463 0.5885    0.1463
1724 1710 84.5 0.1097 460.3161    0.1097
1702 1706 90.0 0.1380 0.1427    0.1380
1725 1710 90.0 0.1097 0.5986    0.1097
1702 1708 90.0 0.1380 0.1739    0.1380
1706 1702 90.0 0.1380 0.1427    0.1380
1706 1717 37.4 0.1082 0.0669    0.1082
1708 1702 90.0 0.1380 0.1739    0.1380
1710 1724 84.5 0.1097 460.3161    0.1097
1710 1702 90.0 0.1463 0.5885    0.1463
1710 1725 90.0 0.1097 0.5986    0.1097
4729 4730 55.2 0.1538 0.1633    0.1538
4734 4730 54.6 0.1538 0.1610    0.1538
4729 4730 55.2 0.1538 0.1633    0.1538
4730 4740  138.5 0.1097 463.6794    0.1097
4741 4730 62.3 0.1097 0.1356    0.1097
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates

Fatal error:
1 particles communicated to PME rank 5 are more than 2/3 times the cut-off out
of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-5-26 12:28
我和你的报错比较相似，也是MD中途报错，我预运行了0.5ns的MD，之后就正常了

作者
Author: confidence 时间: 2022-5-26 15:18
本帖最后由 confidence 于 2022-5-27 14:50 编辑

wyfgg 发表于 2022-5-26 12:28
我和你的报错比较相似，也是MD中途报错，我预运行了0.5ns的MD，之后就正常了

您好，我这边的话是在npt刚运行就出现了这个报错，npt从1ns改为0.5ns不行，步长改为0.5fs也不行。请问您知道还可以怎么解决么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-26 20:31
仔细看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2022-5-27 08:56

wyfgg 发表于 2022-5-26 12:28
我和你的报错比较相似，也是MD中途报错，我预运行了0.5ns的MD，之后就正常了

好的谢谢我试试

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2022-5-27 08:56

sobereva 发表于 2022-5-26 20:31
仔细看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

谢谢老师我仔细看一下这个

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