计算化学公社

标题: gromacs建模，在相界面处出现分子消失的情况求助 [打印本页]

作者
Author: sj12138 时间: 2022-5-26 11:41
标题: gromacs建模，在相界面处出现分子消失的情况求助
使用gromacs建立界面模型，但是最后总会在相界面处出现分子消失的情况，希望大佬们指点。
使用命令为
gmx_mpi_d insert-molecules -ci H-c.pdb -nmol 540 -box 4.1258 2.382 1.9788 -o H-540.pdb

gmx_mpi_d insert-molecules -ci Methylcyclohexane-c.pdb -f H-540.pdb -nmol 8 -o H-540-M-8.pdb

gmx_mpi_d insert-molecules -ci H2O-c.pdb -f H-540-M-8.pdb -nmol 1200 -o H-540-M-8-H2O-1200.pdb

gmx_mpi_d editconf -f H-540-M-8-H2O-1200.pdb -box 6.1887 3.5730 5.9364 -center 0 0 4.4523 -o H-540-M-8-H2O-1200-c.pdb

gmx_mpi_d insert-molecules -f SH-zj.pdb -ci Methylcyclohexane-c.pdb -ip positions-h-zj-big-nm.dat -o Me-SH-zj.pdb -nmol 1

gmx_mpi_d editconf -f Me-SH-zj-333.pdb -box 6.1887 3.5730 5.9364 -center 0 0 1.4841 -o Me-SH-zj-333-c.pdb

gmx_mpi_d solvate -cp H-540-M-8-H2O-1200-c.pdb -cs Me-SH-zj-333-c.pdb -o SHMe-HMeH2O-zkc.pdb

最后得到的文件太大上传不了，以下为截图，可以明显看出合并之后交界面的甲基环己烷少了。

作者
Author: mwx 时间: 2022-5-26 19:44
应该是放不下那么多溶剂导致的，试试适当扩大盒子。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-26 20:44
-cp后面接上Me-SH-zj-333-c，-cs后面接H-540-M-8-H2O-1200-c。如果结构异常，调整H-540-M-8-H2O-1200-c里的盒子信息使之没有真空区。

作者
Author: sj12138 时间: 2022-5-27 10:59

sobereva 发表于 2022-5-26 20:44
-cp后面接上Me-SH-zj-333-c，-cs后面接H-540-M-8-H2O-1200-c。如果结构异常，调整H-540-M-8-H2O-1200-c里的 ...

老师，-cp后面接上Me-SH-zj-333-c，-cs后面接H-540-M-8-H2O-1200-c这种方法改好了，但是我想问一下为什么换一下位置就不会出现这种错误了吗？感谢老师指导

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-28 02:06

sj12138 发表于 2022-5-27 10:59
老师，-cp后面接上Me-SH-zj-333-c，-cs后面接H-540-M-8-H2O-1200-c这种方法改好了，但是我想问一下为什么 ...

搞清楚gmx insert-molecules的运行原理自然就明白了，是-cs后头的体系往-cp后头的体系的空白处插入，-cp后面体系的原子肯定在原地方不动，-cs后面体系往-cp体系的空白处尽可能填充。

作者
Author: sj12138 时间: 2022-5-29 10:25

sobereva 发表于 2022-5-28 02:06
搞清楚gmx insert-molecules的运行原理自然就明白了，是-cs后头的体系往-cp后头的体系的空白处插入，-cp ...

懂了，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)