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标题: 求助：初学cp2k，官网模板H2O分子结构优化报错：bad condition number [打印本页]

作者
Author: chenxinghe1823 时间: 2022-5-26 14:33
标题: 求助：初学cp2k，官网模板H2O分子结构优化报错：bad condition number
刚接触cp2k,试了自己的结构文件对角化一直失败，下载官网模板水分子结构优化计算模板，报错如下：请问这是什么情况啊，换了不同的超算平台都是这样，下载的模板完全没有改动
  Step    Update method    Time Convergence       Total energy Change
  ------------------------------------------------------------------------------
   1 Pulay/Diag. 0.50E+00 0.0    0.00065577    -17.1643447000 -1.72E+01
   2 Pulay/Diag. 0.50E+00 0.0    0.00294203    -17.1687094760 -4.36E-03
   3 Pulay/Diag. 0.50E+00 0.0    0.00208884    -17.1772605183 -8.55E-03
   4 Pulay/Diag. 0.50E+00 0.0    0.00055580    -17.1660263143  1.12E-02
   5 Pulay/Diag. 0.50E+00 0.0    0.00012481    -17.1637278884  2.30E-03

*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/ Bad condition number R_COND = 1.486E-17 (smaller than the machine *
* |                            working precision)                      *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                                 common/mathlib.F:744 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         11 pulay_mixing
         10 gspace_mixing
         9 scf_env_do_scf_inner_loop
         8 scf_env_do_scf
         7 qs_energies
         6 qs_forces
         5 cp_eval_at
         4 cp_cg_main
         3 geoopt_cg
         2 cp_geo_opt
         1 CP2K

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-26 18:22
输入文件看看

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-26 20:20
官网上有些例子并不算很合理，在老版本上能跑也不意味着在最新版本就能正常跑完

强烈建议初学者用Multiwfn产生CP2K输入文件，随便用gview之类画个水分子保存成pdb、xyz、mol2等常见格式，载入Multiwfn，进入CP2K输入文件创建界面里敲两下键盘，直接就能产生各方面都较合理的能顺利运行的输入文件。
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: chenxinghe1823 时间: 2022-5-27 16:28

yjb 发表于 2022-5-26 18:22
输入文件看看

谢谢您，下面是从官网下载的水分子模板：
&GLOBAL
  PROJECT H2O
  RUN_TYPE GEO_OPT
  PRINT_LEVEL LOW
&END GLOBAL
&FORCE_EVAL
  METHOD QS
  &SUBSYS
&CELL
   ABC 12.4138 12.4138 12.4138
&END CELL
&COORD
   O    12.235322    1.376642    10.869880
   H    12.415139    2.233125    11.257611
   H    11.922476    1.573799    9.986994
&END COORD
&KIND H
   BASIS_SET DZVP-GTH-PADE
   POTENTIAL GTH-PADE-q1
&END KIND
&KIND O
   BASIS_SET DZVP-GTH-PADE
   POTENTIAL GTH-PADE-q6
&END KIND
  &END SUBSYS
  &DFT
BASIS_SET_FILE_NAME ./BASIS_SET
POTENTIAL_FILE_NAME ./POTENTIAL
&QS
   EPS_DEFAULT 1.0E-7
&END QS
&MGRID
   CUTOFF 200
   NGRIDS 4
   REL_CUTOFF 30
&END MGRID
&SCF
   SCF_GUESS ATOMIC
   EPS_SCF 1.0E-05
   MAX_SCF 200
   &DIAGONALIZATION T
      ALGORITHM STANDARD
   &END DIAGONALIZATION
   &MIXING T
      ALPHA 0.5
      METHOD PULAY_MIXING
      NPULAY 5
   &END MIXING
   &PRINT
      &RESTART OFF
      &END RESTART
   &END PRINT
&END SCF
&XC
   &XC_FUNCTIONAL PADE
   &END XC_FUNCTIONAL
&END XC
  &END DFT
&END FORCE_EVAL
&MOTION
  &GEO_OPT
TYPE MINIMIZATION
MAX_DR 1.0E-03
MAX_FORCE 1.0E-03
RMS_DR 1.0E-03
RMS_FORCE 1.0E-03
MAX_ITER 200
OPTIMIZER CG
&CG
   MAX_STEEP_STEPS  0
   RESTART_LIMIT 9.0E-01
&END CG
  &END GEO_OPT
  &CONSTRAINT
&FIXED_ATOMS
   COMPONENTS_TO_FIX XYZ
   LIST 1
&END FIXED_ATOMS
  &END CONSTRAINT
&END MOTION

作者
Author: chenxinghe1823 时间: 2022-5-27 16:51

sobereva 发表于 2022-5-26 20:20
官网上有些例子并不算很合理，在老版本上能跑也不意味着在最新版本就能正常跑完

强烈建议初学者用Multiw ...

谢谢sob老师，我就是用Multiwfn这个软件输出的CrCoNi文件进行计算的，先后测试了16，64原子体系的TiC，4原子的Cr,108原子的CrCoNi, 432原子的CrCoNi的111切面，只有TiC计算没有出现问题。4原子的Cr是一直不收敛，108和432原子体系的CrCoNi计算则是对角化失败，从STANDARD修改到DAVISON, 满屏报错：
The eigenvectors returned by ELPA are not orthonormal
Matrix element (4365, 4366) = -.000000000000055
The deviation from the expected value 0 is 5.489E-14
*** WARNING in fm/cp_fm_diag.F:285 :: Check of matrix diagonalization ***
*** failed in routine check_diag
下面是432原子体系的inp文件，麻烦老师帮我看一下吧(原子坐标过多，省略了一些)：
#Generated by Multiwfn
&GLOBAL
  PROJECT CrCoNi
  PRINT_LEVEL LOW
  RUN_TYPE GEO_OPT
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep
  &SUBSYS
&CELL
   A 15.37960000    0.00000000    0.00000000
   B -7.68980000 13.31912430    0.00000000
   C    0.00000000    0.00000000 35.02190000
   PERIODIC XYZ #Direction of applied PBC (geometry aspect)
&END CELL
&COORD
   Cr    -0.31743494 0.68700043 10.32025349
...
   Cr    -0.31758874 5.12679733 22.87770596
   Co    -1.59909391 8.82645048 18.69188847
   Co    6.09055229 13.26624738 24.97061470
...
   Ni    7.37221126 5.12679733 10.32025349
...
   Ni    7.37228816 12.52623683 20.78479721
   Ni    7.37228816 3.64690942 27.06352344
&END COORD
&KIND Cr
   ELEMENT Cr
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q14
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
&KIND Co
   ELEMENT Co
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q17
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
&KIND Ni
   ELEMENT Ni
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q18
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
  &END SUBSYS

  &DFT
BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL
# WFN_RESTART_FILE_NAME 315-(1 1 1)-RESTART.wfn
CHARGE 0
MULTIPLICITY 1
&QS
   EPS_DEFAULT 1E-10
&END QS
&POISSON
   PERIODIC XYZ
   PSOLVER PERIODIC
&END POISSON
&XC
   &XC_FUNCTIONAL PBE
      &PBE
      PARAMETRIZATION PBESOL
      &END PBE
   &END XC_FUNCTIONAL
&END XC
&MGRID
   CUTOFF 400
   REL_CUTOFF 55
&END MGRID
&SCF
   MAX_SCF 128
   EPS_SCF 2.0E-06
#    SCF_GUESS RESTART
   &DIAGONALIZATION
      ALGORITHM DAVIDSON
   &END DIAGONALIZATION
   &MIXING
      METHOD BROYDEN_MIXING
      ALPHA 0.4
      NBROYDEN 16
   &END MIXING
   &SMEAR
      METHOD FERMI_DIRAC
      ELECTRONIC_TEMPERATURE 300
   &END SMEAR
   ADDED_MOS 500
   &PRINT
      &RESTART
      BACKUP_COPIES 0
      &END RESTART
   &END PRINT
&END SCF
  &END DFT
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &GEO_OPT
TYPE MINIMIZATION
KEEP_SPACE_GROUP F
OPTIMIZER LBFGS
&LBFGS
   TRUST_RADIUS 0.2
   MAX_H_RANK 5
&END LBFGS
MAX_ITER 250
#The following thresholds of geometry convergence are the default ones
MAX_DR 3E-3
RMS_DR 1.5E-3
MAX_FORCE 4.5E-4
RMS_FORCE 3E-4
  &END GEO_OPT
  &PRINT
&TRAJECTORY
   FORMAT xyz
&END TRAJECTORY
&RESTART
   BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file, 0 means never
&END RESTART
  &END PRINT
&END MOTION

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-28 02:12

chenxinghe1823 发表于 2022-5-27 16:51
谢谢sob老师，我就是用Multiwfn这个软件输出的CrCoNi文件进行计算的，先后测试了16，64原子体系的TiC，4 ...

不收敛的体系输入文件直接作为附件上传

我还以为你是要跑水分子的优化，标题也太误导了。跑不同体系用的设定各有不同，尤其是水和你的体系有天壤之别，说官网上水分子的模板没有任何意义。

作者
Author: chenxinghe1823 时间: 2022-5-28 15:56

sobereva 发表于 2022-5-28 02:12
不收敛的体系输入文件直接作为附件上传

我还以为你是要跑水分子的优化，标题也太误导了。跑不同体系用 ...

不好意西，已上传附件，麻烦老师查看看一下吧

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-29 01:34

chenxinghe1823 发表于 2022-5-28 15:56
不好意西，已上传附件，麻烦老师查看看一下吧

这种体系SCF能不能收敛和原子初猜自旋状态设置关系很大，反复尝试，之前论坛里有CP2K金属表面计算的讨论。X和Y方向建议k点设2。

作者
Author: chenxinghe1823 时间: 2022-5-29 12:08

sobereva 发表于 2022-5-29 01:34
这种体系SCF能不能收敛和原子初猜自旋状态设置关系很大，反复尝试，之前论坛里有CP2K金属表面计算的讨论 ...

好的，谢谢老师，我多试试。

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