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标题: 磷酸根与水分子之间的IGMH分析，出现了不该出现的键 [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-26 18:29
标题: 磷酸根与水分子之间的IGMH分析，出现了不该出现的键
本帖最后由牧生于 2022-5-26 19:49 编辑

使用sobtop得到了磷酸根PO4负三价的itp，用的是RESP电荷。然后模拟了一段Na3PO4水溶液，再用VMD取出一个磷酸根附近3 A的所有分子进行IGMH分析，从图中看出磷酸根与周围的水分子都没有任何接触，也不表现为成键，看起来很正常。
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使用orca计算波函数信息后再进行IGMH分析，得到的图形如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

图形看起来都很正常，磷酸根上的氧原子与周围水分子形成多个氢键，但其中一个氧原子与周围的水分子形成了键，虽然我知道这实际上没有成键，但是图形上那根线看起来很别扭，如何来避免这种情况呢。

附上计算波函数信息使用的磷酸根及附近水分子的pdb文件
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(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: chema 时间: 2022-5-26 19:53
"如果两个原子间没有被判断为成键，但你希望让它们之间显示键，就选择Mouse - Add/Remove Bonds，然后点击这两个原子的正中心，它们就连上了。如果你点击两个已经成键的原子，它们之间的键就会被去掉。"

参考：谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-26 20:15
本帖最后由牧生于 2022-5-26 20:23 编辑

chema 发表于 2022-5-26 19:53
"如果两个原子间没有被判断为成键，但你希望让它们之间显示键，就选择Mouse - Add/Remove Bonds，然后点击 ...

谢谢回答。这个方法针对打开普通的pdb文件时，是有效的。但在IGMH分析中，source IGM_inter.vmd后得到的图形上使用这个方法就不奏效了。

刚发现问题所在了，因为重装了一次win10，顺手把VMD的安装在有空格的文件夹下面了，使用Mouse - Add/Remove Bonds就不奏效。。现在重新安装VMD1.9.3到没有空格的文件夹下面了，现在就可以去掉那根线了。

作者
Author: chema 时间: 2022-5-27 08:28

牧生发表于 2022-5-26 20:15
谢谢回答。这个方法针对打开普通的pdb文件时，是有效的。但在IGMH分析中，source IGM_inter.vmd后得到的 ...

厉害厉害

作者
Author: ZZH0711 时间: 2025-3-2 09:44
老师，我想模拟NACL溶液结冰，计算粒子和水（tip-4p/ice）的IGMH。使用VMD软件，得到粒子附近区域的pdb文件，请问应该怎么获得Multiwfn软件可以读取的文件类型？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-3-2 11:47
本帖最后由牧生于 2025-3-2 12:07 编辑

ZZH0711 发表于 2025-3-2 09:44
老师，我想模拟NACL溶液结冰，计算粒子和水（tip-4p/ice）的IGMH。使用VMD软件，得到粒子附近区域的pdb文件 ...

另存为即可得到坐标文件。然后使用Multiwfn得到输入文件（http://sobereva.com/490），再用orca计算得到含有波函数信息的文件，使用Multiwfn读取gbw文件就可以计算弱相互作用了

安装和测试orca的具体方法可以看此文
http://sobereva.com/451
重点看明白红框内的操作

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作者
Author: ZZH0711 时间: 2025-3-2 19:59

牧生发表于 2025-3-2 11:47
另存为即可得到坐标文件。然后使用Multiwfn得到输入文件（http://sobereva.com/490），再用orca计算得到 ...

老师，请问如果水分子含有虚原子应该怎么处理？我按照IGMH的指导教程使用Multiwfn的CP2K导出了对应的inp文件，但是由于内部有M原子（TIP4P-ICE模型），导致无法使用orca进行下一步计算波函数信息，请问应该怎么解决？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-3-2 20:23

ZZH0711 发表于 2025-3-2 19:59
老师，请问如果水分子含有虚原子应该怎么处理？我按照IGMH的指导教程使用Multiwfn的CP2K导出了对应的inp ...

虚原子是实际不存在的，orca当然没法算它。

去掉就行。

作者
Author: ZZH0711 时间: 2025-3-2 20:49
本帖最后由 ZZH0711 于 2025-3-2 20:51 编辑

牧生发表于 2025-3-2 20:23
虚原子是实际不存在的，orca当然没法算它。

去掉就行。

老师，这是我的pdb文件和用CP2K生成的inp文件部分代码。（inp中出现Mg原子应该是虚原子的开头是M）请问我是直接在pdb文件中删除虚原子，然后再使用CP2K生成inp就可以了吗？会不会影响计算结果？

CRYST1 31.264 29.466  103.135  90.00  90.00  90.00 P 1          1
ATOM    1  OW  ICE X  18    23.200  27.280  33.460  1.00  0.00
ATOM    2  HW1 ICE X  18    22.280  27.000  33.430  1.00  0.00
ATOM    3  HW2 ICE X  18    23.160  28.230  33.360  1.00  0.00
ATOM    4  MW  ICE X  18    23.070  27.370  33.440  1.00  0.00
ATOM    5  OW  ICE X 139    29.470  22.820  34.960  1.00  0.00
ATOM    6  HW2 ICE X 139    30.320  22.480  34.670  1.00  0.00
ATOM    7  MW  ICE X 139    29.610  22.890  34.960  1.00  0.00
ATOM    8  HW2 ICE X 507    30.940  28.410  30.850  1.00  0.00
ATOM    9  OW  ICE X 508    3.800  12.900  34.920  1.00  0.00
ATOM    10  HW1 ICE X 508    4.380  12.340  34.390  1.00  0.00
ATOM    11  HW2 ICE X 508    2.920  12.530  34.770  1.00  0.00
ATOM    12  MW  ICE X 508    3.760  12.770  34.830  1.00  0.00
ATOM    13  OW  SOL X 769    1.250  16.020  30.840  1.00  0.00
ATOM    14  HW1 SOL X 769    0.620  15.650  31.460  1.00  0.00
ATOM    15  HW2 SOL X 769    1.250  16.960  31.030  1.00  0.00
ATOM    16  MW  SOL X 769    1.170  16.100  30.950  1.00  0.00

；；；；；；；；；；；；；；inp文件；；；；；；；；；；；；；；；；；
&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep
  &SUBSYS
&CELL
   A 31.26400000    0.00000000    0.00000000
   B    0.00000000 29.46600000    0.00000000
   C    0.00000000    0.00000000 103.13500000
   PERIODIC XYZ #Direction(s) of applied PBC (geometry aspect)
&END CELL
&COORD
   O       23.20000000 27.28000000 33.46000000
   H       22.28000000 27.00000000 33.43000000
   H       23.16000000 28.23000000 33.36000000
   Mg       23.07000000 27.37000000 33.44000000
   O       29.47000000 22.82000000 34.96000000
   H       30.32000000 22.48000000 34.67000000
   Mg       29.61000000 22.89000000 34.96000000
   H       30.94000000 28.41000000 30.85000000
   O          3.80000000 12.90000000 34.92000000
   H          4.38000000 12.34000000 34.39000000
   H          2.92000000 12.53000000 34.77000000
   Mg       3.76000000 12.77000000 34.83000000
   O          1.25000000 16.02000000 30.84000000
   H          0.62000000 15.65000000 31.46000000
   H          1.25000000 16.96000000 31.03000000

作者
Author: 牧生 时间: 2025-3-3 08:47

ZZH0711 发表于 2025-3-2 20:49
老师，这是我的pdb文件和用CP2K生成的inp文件部分代码。（inp中出现Mg原子应该是虚原子的开头是M）请问我 ...

如果你从体系中挖出了一小块区域作为孤立体系，那就应该用orca；如果用的是一个周期性的胞体，那就用CP2K。

你仔细体会一下这句话：虚原子是实际不存在的，它不是一个真实存在的元素，它也没有元素符号，没法被任何量子化学软件识别。

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