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标题: 麻烦帮我看看MgMOF单点能优化的问题 [打印本页]

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-27 09:54
标题: 麻烦帮我看看MgMOF单点能优化的问题
Sob社长和高斯大佬们好，

我建了个MgMOF的模型，（共500个原子，3258个电子），周围暴露的O原子也都加氢饱和了，然后用高斯跑了下单点能优化。我最终的目的是想做MOF的静电势（ESP）分布，所以想通过单点能先来计算下能量。

参数如下：
%nprocshared=60
%mem=16GB
%chk=MgMOF.chk
# b3lyp/6-31g

Mg-MOF

0 1

输出结果显示SCF不收敛，l502报错，如下所示。

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -30539.9700487    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.81D-03    -V/T= 2.0037
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home-gg/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/linda-exe/l502.exel at Fri May 27 09:06:02 2022.
Job cpu time:    4 days  9 hours 26 minutes 35.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 9041 Int=    0 D2E=    0 Chk= 270 Scr=    1
failed to open execfile

我不敢再去随意调参数了，想麻烦sob社长和各路大佬们帮我再指点一下，谢谢（高斯输入文件已附）

（顺便问下社长，有没有不通过计算单点能或结构优化也可以分析MOF静电势分布的呢？）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-27 16:14
像423号碳这样的碳没有用氢饱和。把所有这类碳都用氢饱和，再算。
所有共价断键都要饱和，不止是氧，碳也不能忽略。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-28 03:20
6-31G根本没法用，就算不给碳带极化，最起码也得给氧带上。不然不仅结构不合理，静电势还极烂。

如果嫌结构优化太耗时，用xtb在GFN2-xTB级别下优化，然后Gaussian用B3LYP/6-31G*算个单点得到波函数文件并用Multiwfn计算静电势。你当前明显不是算不动这个体系的单点。

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-28 15:24

wzkchem5 发表于 2022-5-27 16:14
像423号碳这样的碳没有用氢饱和。把所有这类碳都用氢饱和，再算。
所有共价断键都要饱和，不止是氧，碳也 ...

嗯嗯好的

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-28 15:27

sobereva 发表于 2022-5-28 03:20
6-31G根本没法用，就算不给碳带极化，最起码也得给氧带上。不然不仅结构不合理，静电势还极烂。

如果嫌 ...

好的社长，xtb我还不会用，我先按照您提示的基组再计算个单点能看看。谢谢社长

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-28 16:01

sysu_chem 发表于 2022-5-28 15:27
好的社长，xtb我还不会用，我先按照您提示的基组再计算个单点能看看。谢谢社长

社长好，我用了b3lpy泛函，对以下原子分别指定了基组，您看看合理不。我已提交到超算上了，先跑跑看

C H O 0
6-31G(d)
****
Mg 0
6-31G
****

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-28 18:09

sysu_chem 发表于 2022-5-28 09:01
社长好，我用了b3lpy泛函，对以下原子分别指定了基组，您看看合理不。我已提交到超算上了，先跑跑看

C ...

Mg也必须加极化函数

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-28 19:56

wzkchem5 发表于 2022-5-28 18:09
Mg也必须加极化函数

好的老师，我把Mg也加上，再跑个任务看看

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-30 10:18

sobereva 发表于 2022-5-28 03:20
6-31G根本没法用，就算不给碳带极化，最起码也得给氧带上。不然不仅结构不合理，静电势还极烂。

如果嫌 ...

社长早上好，前几天按照您的指点，我将体系都赋予了极化函数，如下：
%nprocshared=60
%mem=16GB
%chk=MgMOF0530.chk
# b3lyp/6-31G(d)
但今天计算结束还是502报错。

我看了您的帖子《关于SCF不收敛的解决办法》，对输入文件加了SCF=noincfock语句，如下：
%nprocshared=60
%mem=16GB
%chk=MgMOF0530.chk
# b3lyp/6-31G(d) SCF=noincfock
已重新提交服务器再跑一下看看。

社长帮我看看上面语句是否合理，我好再做调整，谢谢社长。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-30 10:24

sysu_chem 发表于 2022-5-30 10:18
社长早上好，前几天按照您的指点，我将体系都赋予了极化函数，如下：
%nprocshared=60
%mem=16GB

关键词本身没问题，但光加这个解决问题的概率很有限

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-5-30 10:40
其实我第一次知道单点SCF还能不收敛。。，因为我之前都是优化好的结构算单点，我以为单点这种任务不会失败。

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-30 10:44

sobereva 发表于 2022-5-30 10:24
关键词本身没问题，但光加这个解决问题的概率很有限

社长，您的意思还需要加哪些关键词吗？我用的b3lyp泛函

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-30 10:45

七尺贱发表于 2022-5-30 10:40
其实我第一次知道单点SCF还能不收敛。。，因为我之前都是优化好的结构算单点，我以为单点这种任务不会失败 ...

我是想用单点来分析静电势，所以就暂没有进行结构优化

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-31 06:41

sysu_chem 发表于 2022-5-30 10:44
社长，您的意思还需要加哪些关键词吗？我用的b3lyp泛函

尝试博文里的各种方法，顶端红字说了

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-31 09:17

sobereva 发表于 2022-5-31 06:41
尝试博文里的各种方法，顶端红字说了

好，谢谢社长。顺便想再问下社长，能不能通过用MS的forcite模块进行动力学结构优化，然后再用于分析静电势呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-1 03:52

sysu_chem 发表于 2022-5-31 09:17
好，谢谢社长。顺便想再问下社长，能不能通过用MS的forcite模块进行动力学结构优化，然后再用于分析静电 ...

不适合当前情况

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-6-13 17:18

sobereva 发表于 2022-5-28 03:20
6-31G根本没法用，就算不给碳带极化，最起码也得给氧带上。不然不仅结构不合理，静电势还极烂。

如果嫌 ...

对于mof，直接用实验的cif文件，不优化结构去做dft计算，比如算静电势是否合理呢？多谢提点~

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-13 18:48

bobosiji 发表于 2022-6-13 10:18
对于mof，直接用实验的cif文件，不优化结构去做dft计算，比如算静电势是否合理呢？多谢提点~

至少要优化所有氢原子，因为XRD的氢原子坐标极其不准（当然如果晶体结构是中子衍射做出来的那另说）。其次要恰当处理所有无序原子。在这个基础上，可以不进一步优化结构。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-13 20:34

bobosiji 发表于 2022-6-13 17:18
对于mof，直接用实验的cif文件，不优化结构去做dft计算，比如算静电势是否合理呢？多谢提点~

参考
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

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