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标题: 请问使用gromacs做MARTINI粗粒化进行到MD时遇到LINCS报错如何解决？ [打印本页]

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Author: q11pet28abl21 时间: 2022-5-27 09:58
标题: 请问使用gromacs做MARTINI粗粒化进行到MD时遇到LINCS报错如何解决？
各位老师好，我有两个问题想请教一下：
1.在使用gromacs的MARTINI粗粒化多肽自组装，在进行到最后的MD环节时，遇到报错LINCS warning。请问该如何解决？如图是报错信息。
2.资料说适当增加范德华cut-off和静电cut-off两个参数可以解决，请问这两个参数在何处可以找到，具体增加多少该如何计算？
感谢各位老师帮助

作者
Author: Acee 时间: 2022-5-27 11:03
你这么截图，谁知你的warning是什么。你这种我估计是初始topol的键长键角没设置好，导致跑的时候，出现异常值，然后报错

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-5-27 11:40
不要调cutoff，调了之后体系的势函数就错了，MARTINI的势函数受cutoff直接影响。建议考虑多肽建模的时候是不是出了问题，摆了不科学的构象。CG模型在共轭平面之外的情况并不应当用constraint，你mdp怎么写的？

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2022-5-28 09:06

k64_cc 发表于 2022-5-27 11:40
不要调cutoff，调了之后体系的势函数就错了，MARTINI的势函数受cutoff直接影响。建议考虑多肽建模的时候是 ...

感谢老师回复，我的md.mdp文件设置如下，请问哪里需要修改？
dt             =  0.01
nsteps          =  5000000 ; 2us
comm-grps       =  system
nstxout       =  0
nstvout       =  0
nstlog          =  10000
nstxout-compressed       =  1000
compressed-x-precision =  10
rlist          =  1.4
coulombtype    =  PME
rcoulomb       =  1
epsilon_r       =  15
vdw-type       =  cut-off
fourierspacing = 0.24
rvdw-switch    =  0.9
rvdw          =  1
tcoupl          =  v-rescale
tc-grps       =  system
tau-t          =  1.0
ref-t          =  303
Pcoupl          =  parrinello-rahman
Pcoupltype    =  isotropic
tau-p          =  12.0
compressibility  =  3e-4
ref-p          =  1.0
refcoord_scaling =  all

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2022-5-28 09:08

Acee 发表于 2022-5-27 11:03
你这么截图，谁知你的warning是什么。你这种我估计是初始topol的键长键角没设置好，导致跑的时候，出现异常 ...

感谢回复，老师在做MD这步时报错是这样的。在使用grompp生成tpr文件时，没有warnning，有一个note。截图如下：

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-5-28 10:13

q11pet28abl21 发表于 2022-5-28 09:06
感谢老师回复，我的md.mdp文件设置如下，请问哪里需要修改？
dt = 0.01
nsteps ...

看他们的tutorial，用reaction-field，别用PME，参数和cutoff严格和他们示例文件中一致，最好整个mdp都是从他们示例里复制的，除了输出设置之外一点都别改。这个设置对势函数的截断影响很大，改了之后就不能保证正确性了。
http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction-gmx5

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2022-5-28 15:14

k64_cc 发表于 2022-5-28 10:13
看他们的tutorial，用reaction-field，别用PME，参数和cutoff严格和他们示例文件中一致，最好整个mdp都是 ...

好的，感谢老师解答

作者
Author: Acee 时间: 2022-5-29 14:57

q11pet28abl21 发表于 2022-5-28 09:08
感谢回复，老师在做MD这步时报错是这样的。在使用grompp生成tpr文件时，没有warnning，有一个note。截图 ...

这种很明显就是初始的粗粒度参数没设置好，我建议你先把体系的分子一个一个拿到水里跑一下，看看会不会报错。有问题的就调整力常数的大小或者根据全原子的结果重新拟合键参数

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2022-5-29 23:47

Acee 发表于 2022-5-29 14:57
这种很明显就是初始的粗粒度参数没设置好，我建议你先把体系的分子一个一个拿到水里跑一下，看看会不会报 ...

收到，我去试试感谢老师建议

作者
Author: q11pet28abl21 时间: 2022-7-15 20:23
本帖最后由 q11pet28abl21 于 2022-7-15 20:25 编辑

问题已解决，附上解决方法，希望能帮到遇到同样问题的人。
1.使用vmd观察gro文件状态，如果发现是水分子呈方块状排列，体系不致密，那下面的方法应该可解决你的问题。
2.降低步长跑1-10ns 到体系致密。
3.能量最小化（跳过此步，后续的md也可顺利进行，但我习惯加上这一步，如有问题，敬请指正）。
4.使用原有步长即可顺利进行MD。

作者
Author: zhuttd 时间: 2023-2-22 20:06
谢谢分享经验！

作者
Author: 那年冬天风在吹 时间: 2025-5-8 18:33

q11pet28abl21 发表于 2022-7-15 20:23
问题已解决，附上解决方法，希望能帮到遇到同样问题的人。
1.使用vmd观察gro文件状态，如果发现是水分子呈 ...

请问你降低步长用的多大的步长？

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