计算化学公社

标题: 往Multiwfn转化出的gjf的某行添加内容的脚本分享 [打印本页]

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-5-27 15:39
标题: 往Multiwfn转化出的gjf的某行添加内容的脚本分享
卢老师在帖子http://sobereva.com/530中分享了批量转换文件格式的方法，我利用Multiwfn将mol文件批量转化为gjf文件发现默认关键词为B3LYP/6-31G*，因此根据http://sobereva.com/258里面的命令替换写了一个小脚本可以用来添加内存和核数，方便Gaussian计算。
#!/bin/bash
sed -i '1i %nprocshared=30' *.gjf
sed -i '2i %mem=20GB' *.gjf
sed -i "s/B3LYP\/6-31G\*/opt m062x\/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3/g" `grep 'B3LYP/6-31G*' -l *|grep .gjf`

第一行和第二行命令就是在当前的gjf文件的第一行，第二行中添加核数和计算使用的内存
第三行命令是将B3LYP/6-31G*替换为我计算所需要的命令：opt M062X/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3 。大家可自行更换，我自己试了试没发现什么问题。还希望大家多多指正。

作者
Author: abin 时间: 2022-5-27 16:43
sed
grep
head
tail
cut
paste
awk

这些是在指令行, 处理文本, 基础信息加工, 能用到的基本指令.

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-27 20:39
还有个做法是用文中说的template.gjf，所有关键词，包括计算资源设置，都可以在里面直接指定，Multiwfn做的事仅仅是把坐标以及文件名分别代入到[geometry]和[name]里。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-5-27 21:03

abin 发表于 2022-5-27 16:43
sed
grep
head

谢谢，还在学习，特别是awk还没用过

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-5-27 21:03

sobereva 发表于 2022-5-27 20:39
还有个做法是用文中说的template.gjf，所有关键词，包括计算资源设置，都可以在里面直接指定，Multiwfn做的 ...

好的老师

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