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标题: dmol3计算频率的诡异现象，求讨论 [打印本页]

作者
Author: MrD 时间: 2016-4-8 12:35
标题: dmol3计算频率的诡异现象，求讨论
本帖最后由 MrD 于 2018-10-16 22:32 编辑

已解决，不知如何删帖，尴尬。

作者
Author: MrD 时间: 2016-4-8 12:39
补充一句：

三次计算中，除了结构不一样，其他设置都是一样的，input信息完全一致。

作者
Author: beefly 时间: 2016-4-8 14:59
可能用的方法不同。Hessian有两种对角化方法，一种是直接对角化，得到3N个频率；另一种是先把转动-平移空间的分量投影掉，只对振动空间的Hessian做对角化。如果结构优化的精度足够高，两种方法的振动频率一致，否则会有较大差异。建议先做个测试：用远离平衡构型的水分子坐标，不做优化直接算频率，看二者是否一致。

作者
Author: 有时很苦 时间: 2016-4-8 15:31
个人感觉还是得看程序说明书

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-4-8 21:37
本帖最后由卡开发发于 2016-4-8 22:29 编辑

先检查一下Vibration Analysis->Options->project out 0 freq modes是否勾选

作者
Author: MrD 时间: 2016-4-14 12:21
非常抱歉，这么久才来了结，实在是看了 @有时很苦的回复之后，再无心情回来看回复，一会儿再吐槽，先说问题。

感谢 @beefly 对理论方法的讨论，问题不是出在方法上，您往下看会觉得好笑。

感谢 @卡开发发技术上的提醒，你的小眼神永远都忘不了

。但是问题不是在这。

公布答案：

1. 单机测试一个高对称性分子CH4计算频率，计算完成后，对xsd文件用tool Vibration Analysis 完全没问题，与outmol中完全一致，面板上project out 0 freq modes的勾选与否，会另平转动模式不显示或显示。  需要注意的是，勾选那个与否，会另其它频率发生细小变化，这个程序有解释，我不赘述。  因此，单机测试的结论就是，单机计算完成之后hessian直接关联了xsd，不需要额外insert。hessian中应该一定是有平转动的，因此不勾选上project out 0 freq modes可以看到，勾选之后，面板上看到的数值与outmol中完全一致。

2. 用服务器计算，下载下来之后，同样操作，结果完全错乱不堪，面板上看到的数值怎么也不能与outmol一致。

问题出在哪呢？我之前一直的操作都是，单机生成输入文件，传给服务器，服务器算完，下载的时候，因为本地文件夹中已经有了几个输入文件，因此提示是否覆盖，我让他全部覆盖，按理说这完全没问题，覆盖了之后，本地的东西就完全是服务器的，但就是这样的操作导致了本文说的混乱。

正确操作：单机生成输入文件------传给服务器------服务器算完------先把自己单机上那几个文件删掉------下载服务器文件------MS打开xsd------分析------structure------updata。  频率计算的是单点能，结构并没有变化，因此会提示没有可用轨迹，但经过更新之后，hessian就关联上xsd了。再用tool去分析频率，与单机计算结果一致，毫无问题。

因此问题就出在，生成输入文件时候产生的xsd如果仍保留在本机，即使服务器算完下载的xsd覆盖，也是混乱的。真不知道为什么，可能是win7系统的问题，或者xftp的问题。  但是做几何优化以及其他性质什么的，这样覆盖下载却毫无问题。

吐槽：

不针对任何人，只是对 “请看程序说明书” 这样的字眼有些敏感。还记得刚上研一的时候，不懂什么是泛函，什么是基组，不懂自旋多重度，对高斯的报错各种蒙逼。学习无从下手，那时候偶然发现了小木虫，在小木虫上经历一番搜索确定没有自己的问题之后，也战战兢兢的发了第一个贴，求助。然而得到某些人的回答是。请看说明书。  那些牛们啊，你们要是懂，却不屑于告诉，请你们直接点击屏幕右上角的红色叉叉。  高斯资深用户我想都应该了解，那说明书是给新手看的么？那是给老手当字典用的。对于一个刚刚接触计算基础又较差的人，可能连几个专业名词都够琢磨几天，你一句“请看说明书” 说的够轻松，但你不觉的是对人家的折辱么？？？  再者，问问题的人是否对问题用心了，你看不出来么？那种已经亲身多次测试，贴出测试结果，把自己问题尽量描述细致，有自己见解，语言客气，这样的帖子你回复一句“看说明书”，你TMD是怎么想的呢？    我当然不是说我发的帖子，但我真的见过那种问题问的确实好的帖子，有测试，有见解，然后下面有人回复 “看说明书”。而且这种人似乎很爱用这几个字回复各种贴，真心觉得你们心理都是阴暗的。

在这里真心想感谢sob，对大多数人来讲，sob是一位从未谋面的网络上的活字典。然而即使并不相识，sob却对每个人都很热心。群里偶尔也能看到应该是一些新手问出的问题，sob都在一一耐心解答，真是不容易。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-4-14 12:37
本帖最后由卡开发发于 2016-4-14 12:40 编辑

MrD 发表于 2016-4-14 12:21
非常抱歉，这么久才来了结，实在是看了 @有时很苦的回复之后，再无心情回来看回复，一会儿再吐槽，先说问 ...

看来是咱们没问清楚，算是个过失，这样原因就很清楚了，我重新解析一遍：

1、首先，实际上计算前后记录结构的不是xsd文件，而是car文件；
2、计算时整个工作目录都被上传到服务器，包括这个xsd文件；
3、计算完成后xsd文件其实并未更新，信息都在outmol、car和tpdensk这些文件中；
4、拷贝回来之后即便覆盖了，如果对xsd分析其实还是未更新的xsd，分析后出错

实际上可能出在了没有analysis->structure->update，xsd还是先前的xsd。实际上DMol3根本不认xsd，只认识car和input这些，MS在windows自动做了的工作其实就是那些脚本级别的工作。
你说的有道理，没有讨论的诚意，大可不必参与讨论就是了，否则反而引起反感。

作者
Author: MrD 时间: 2017-5-9 12:45

卡开发发发表于 2016-4-14 12:37
看来是咱们没问清楚，算是个过失，这样原因就很清楚了，我重新解析一遍：

1、首先，实际上计算前后记 ...

实际上，从服务器下载回来，覆盖原有，即便updata，也是混乱不堪。然而，删除本地所有，再下载服务器上的文件，就没问题。至今也不知道是为什么。

作者
Author: tessal 时间: 2019-3-13 10:03

MrD 发表于 2016-4-14 12:21
非常抱歉，这么久才来了结，实在是看了 @有时很苦的回复之后，再无心情回来看回复，一会儿再吐槽，先说问 ...

感谢分享，我也遇到同样的问题，百思不得其解，看完您的帖子，豁然开朗，问题也完美解决，感谢您！

作者
Author: MrD 时间: 2021-5-16 23:45

tessal 发表于 2019-3-13 10:03
感谢分享，我也遇到同样的问题，百思不得其解，看完您的帖子，豁然开朗，问题也完美解决，感谢您！

哈哈，这么老旧的帖子，居然还能被人翻到，厉害了

作者
Author: tessal 时间: 2022-1-5 12:01
好帖子永远不过时

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