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标题: 使用OfakeG转化ORCA5.0.3输出文件时报错 [打印本页]

作者
Author: CJW 时间: 2022-5-29 10:01
标题: 使用OfakeG转化ORCA5.0.3输出文件时报错
大家好，我在使用OfakeG1.0.9时发生了如下报错:
Version 1.0.9, release date: 2022-Jan-8

Input path of ORCA output file, e.g. C:\yohane.out
C:\Users\xie\Desktop\IC_Ti2CH2QMMMinp_H2opt_fake.out
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 10, file C:\Users\xie\Desktop\IC_Ti2CH2QMMMinp_H2opt_fake.out
Image             PC       Routine          Line       Source
OfakeG.exe       00911F83  Unknown             Unknown  Unknown
OfakeG.exe       008F9A78  Unknown             Unknown  Unknown
OfakeG.exe       008E16F4  Unknown             Unknown  Unknown
OfakeG.exe       009559AF  Unknown             Unknown  Unknown
OfakeG.exe       00955DAC  Unknown             Unknown  Unknown
KERNEL32.DLL    7505FA29  Unknown             Unknown  Unknown
ntdll.dll       77047A7E  Unknown             Unknown  Unknown
ntdll.dll       77047A4E  Unknown             Unknown  Unknown

文件的编码格式我转换成utf8和ansl都不行，请问是什么问题呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-29 11:17
| 47> Ti>3.75       16.848       32.719       12.329 NewECP "SDD" end
| 48> Ti>3.75       12.253       24.76       12.329 NewECP "SDD" end
| 49> Ti>3.75       12.253       30.066       12.329 NewECP "SDD" end
| 50> Ti>3.75       19.912       30.951       10.038 NewECP "SDD" end
| 51> C>-3.52       18.38       31.835       11.184 NewECP "SDD" end
| 52> Ti>3.75       13.785       30.951       10.038 NewECP "SDD" end
| 53> C>-3.52       19.912       23.876       11.184 NewECP "SDD" end
| 54> C>-3.52       15.317       31.835       11.184 NewECP "SDD" end
| 55> Ti>3.75       16.848       22.108       12.329 NewECP "SDD" end
| 56> Ti>3.75       21.443       28.298       10.038 NewECP "SDD" end
| 57> Ti>3.75       12.253       28.298       10.038 NewECP "SDD" end
| 58> C>-3.52       21.443       26.529       11.184 NewECP "SDD" end
| 59> C>-3.52       12.253       26.529       11.184 NewECP "SDD" end
| 60> C>-3.52       13.785       23.876       11.184 NewECP "SDD" end
| 61> Ti>3.75       21.443       24.76       12.329 NewECP "SDD" end
| 62> Ti>3.75       18.38       22.992       10.038 NewECP "SDD" end
| 63> Ti>3.75       15.317       22.992       10.038 NewECP "SDD" end
| 64> Ti>3.75       21.443       30.066       12.329 NewECP "SDD" end

不支持元素符号后头带负号、尖括号等奇怪情况

作者
Author: CJW 时间: 2022-5-29 12:33

sobereva 发表于 2022-5-29 11:17
| 47> Ti>3.75 16.848 32.719 12.329 NewECP "SDD" end
| 48> Ti>3.75 12.25 ...

我试了一下avogadro,是可以可视化的，但是还是有一些小问题，比如ecp原子显示的不对等等。
sob老师，还有一个问题，就是是不是用这种ECP和点电荷的团簇模型不适合做结构优化和频率计算，我在PBE0D3BJ/def2-TZVP 下算了32个原子的团簇，很难收敛。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-29 15:04

CJW 发表于 2022-5-29 05:33
我试了一下avogadro,是可以可视化的，但是还是有一些小问题，比如ecp原子显示的不对等等。
sob老师，还 ...

我觉得如果固定住ECP原子的坐标，应该还是可以优化的

作者
Author: CJW 时间: 2022-5-29 15:31
本帖最后由 CJW 于 2022-5-29 15:38 编辑

wzkchem5 发表于 2022-5-29 15:04
我觉得如果固定住ECP原子的坐标，应该还是可以优化的

老师您好，感谢回复！我确实固定了ECP原子，在16核处理器大概跑了十五个小时感觉还没有接近收敛，能麻烦您帮忙看看我的输出文件吗？结构倒是变化不大，是不是因为Ti原子比较多，还是我这里面没有做charge_convergence？由于ECPlayer里面有氢原子，所以我用了这种normalinput的方式，没有用%qmmm自动划分ECP。我的初始构型是通过vasp优化的，电荷用的是DDEC电荷，应该比较合理。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-29 17:12

CJW 发表于 2022-5-29 08:31
老师您好，感谢回复！我确实固定了ECP原子，在16核处理器大概跑了十五个小时感觉还没有接近收敛，能麻烦 ...

你确定这个结构是合理的吗，尤其是氢原子的位置和数目？实验上确定了这个结构里确实有这么多氢原子，而且都是整数占据的，没有无序？

作者
Author: CJW 时间: 2022-6-1 09:25

wzkchem5 发表于 2022-5-29 17:12
你确定这个结构是合理的吗，尤其是氢原子的位置和数目？实验上确定了这个结构里确实有这么多氢原子，而且 ...

老师您好，这个结构是数据库里的，实验上氢的位点是会有别的基团。但是我算了声子谱只在gammma点有小虚频，应该这个结构是合理的

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