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标题: 服务器提交任务后cpu占用率不高，求解 [打印本页]

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Author: batman11 时间: 2022-5-29 10:07
标题: 服务器提交任务后cpu占用率不高，求解
各位老师同学们好，我在服务器上用ORCA提交任务，给一个210个原子的有机分子做结构优化，提交成功，也显示正常运行，但是cpu占用太低了，运行时间比在Gaussian上面还长，请问这种情况应该怎么处理？谢谢大家！我用的服务器总物理核心数为60，ORCA版本是4.2.0，openmpi版本是4.0.1，因为在服务器里没有找到其他版本的mpi就把环境变量写到这个上面了，运行之后没有报错。 (, 下载次数 Times of downloads: 16)
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

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Author: sobereva 时间: 2022-5-30 05:03
找个小体系，测试一下单核和多核运行速度，确认一下并行到底正不正常

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Author: batman11 时间: 2022-5-30 08:25

sobereva 发表于 2022-5-30 05:03
找个小体系，测试一下单核和多核运行速度，确认一下并行到底正不正常

好的，谢谢sob老师

作者
Author: batman11 时间: 2022-5-30 08:57

sobereva 发表于 2022-5-30 05:03
找个小体系，测试一下单核和多核运行速度，确认一下并行到底正不正常

您好，sob老师，我更换成了46个原子的有机分子测试，用的跟之前任务一样的方法，用top命令查看进程确实有很多command为orca_scf_mpi的进程，但是CPU占用率还是只有30%，这个是跟mpi版本不匹配有关吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-30 10:18

batman11 发表于 2022-5-30 08:57
您好，sob老师，我更换成了46个原子的有机分子测试，用的跟之前任务一样的方法，用top命令查看进程确实有 ...

正常的话，nprocs是多少，就有多少个ORCA进程，每个占用率都很接近100%
如果不是，可能并行有问题。最好用相应版本ORCA官配的OpenMPI版本
鉴于你的任务读写硬盘量不大，也不可能是硬盘I/O成为瓶颈的问题（不过也应留一下否正在用swap而疯狂读写硬盘导致成为速度瓶颈）

作者
Author: batman11 时间: 2022-5-30 10:51

sobereva 发表于 2022-5-30 10:18
正常的话，nprocs是多少，就有多少个ORCA进程，每个占用率都很接近100%
如果不是，可能并行有问题。最好 ...

好的，谢谢sob老师，查看top看到每个orca进程cpu占用都是100%，没问题了

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