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标题: AutoDock-GPU柔性对接后使用autodock4重打分失败 [打印本页]

作者
Author: sayhello 时间: 2022-5-30 15:50
标题: AutoDock-GPU柔性对接后使用autodock4重打分失败
各位大佬好！    我在使用AutoDock_GPU进行虚拟筛选后，因为我想知道每一个配体与受体形成的氢键势能数值，这个数值AutoDock_GPU不能直接提供
   所以我计划从AutoDock_GPU的输出文件dlg中得到各个对接构象，然后按照Molecular docking, estimating free energies of binding, and AutoDock's semi-empirical force field (sebastianraschka.com)这个教程，使用AD4对对接构象进行重打分，但是我在测试中，发现重打分结果出错，预测的结合自由能很离谱，如下：

Num Type Energy    Energy tic Energy    Energy Charge    x       y       z
____ ____  __________  __________  __________  __________ _______  ________  ________  ________
1  C    4.3060    4.3025    -0.1767    0.1803 0.1660 11.5570 13.7860 3.8780
2  NA    -0.7775    -1.1921    0.1214    0.2933  -0.2520 10.7440 12.8180 3.6250
3  C    -0.0132    -0.1020    -0.0671    0.1559 0.1290 9.8940 12.2230 4.6400
4  C    3.1830    3.1654    -0.0396    0.0573 0.0500 9.5740 13.2660 5.6710
5  C 17382.6611  17382.8679    -0.3132    0.1064 0.1010 10.8800 13.7290 6.2870
6  N 1426.2104 1424.8168    1.0375    0.3561  -0.3570 11.6460 14.3100 5.1990
7  HD    -0.8172    -0.4701    -0.4858    0.1386 0.1620 12.2580 15.1190 5.4140
      __________  __________  __________  _______ ________
Total 18814.7527  18813.3883    0.0765    1.2878  -0.0010
      __________  __________  __________  __________ _______
      vdW+Hbond+ vdW+Hbond  Electrosta  Desolvation Partial
      +Elec+Desolv Energy tic Energy Energy Charge
            Energy

   我猜是配体-受体原子位置太近造成的，但这确实是同一对接构象提取出的坐标，请问大家有什么办法可以解决？

谢谢

作者
Author: sayhello 时间: 2022-6-1 20:09
自己解决了，出错原因在于我在构建maps文件时，使用的是ADFR套件中的autogrid，实际上它不稳定，没有成功生成所需要的maps文件，这导致刚性对接部分没有成功进行，所以有原子位置冲突，使用autodock4套件中的autogrid4则没有这个问题，成功运行

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