计算化学公社

标题: 求助: slrum集群用sbatch提交速度慢一倍 [打印本页]
作者
Author: djjj148    时间: 2022-5-31 19:08
标题: 求助: slrum集群用sbatch提交速度慢一倍
本帖最后由 djjj148 于 2022-5-31 19:08 编辑

自建的slurm集群，偶然发现用sbatch后台提交cp2k计算，耗时相比于直接sh提交脚本多了整整一倍，不知哪里出了问题，向大家求助。具体情况如下：为了控制变量，所有的情况都是用一个脚本cp2k.sh提交任务的：
  1. #!/bin/sh
  2. #SBATCH -J cp2k_m
  3. #SBATCH -n 20
  4. #SBATCH -p c20
  5. #SBATCH --nodes=1

  7. let TotalCore=20

  9. export EXE="singularity exec /opt/cp2k91_avx2.sif"

  11. source /opt/intel2018/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh

  13. time mpirun -np ${TotalCore} ${EXE} cp2k.popt cp2k.inp 1>cp2k.out 2>cp2k.err
复制代码


情况1：sbatch cp2k.sh
情况2：nohup sh cp2k.sh &
情况3：先salloc -n 20，通过slurm得到对应节点资源，再ssh到对应节点，最后nohup sh cp2k.sh &
发现情况2和3的运行速度都是1的两倍，但是top查看到的cpu负载都是一样的。
(, 下载次数 Times of downloads: 137)


作者
Author: abin    时间: 2022-5-31 19:51
显然是有搞错的地方了…
和脚本有啥关系…
作者
Author: 独孤天血    时间: 2022-6-8 12:57
你只使用20个线程跑么？？ 情况1使用了多少个
作者
Author: djjj148    时间: 2022-6-9 20:52
三种情况都是一个脚本运行的，用的核数自然都一样。


问题已解决，是slurm的配置出了问题
作者
Author: dongdong    时间: 2022-9-26 10:35
您好，我尝试用第三种方式在集群中后台提交任务，我发现scancel取消Job ID后，CP2K还在跑，所以在此向您请教，您是如何停止运行任务的。
作者
Author: 921927965    时间: 2023-11-23 19:43
djjj148 发表于 2022-6-9 20:52
三种情况都是一个脚本运行的，用的核数自然都一样。

您好，我最近也在自建的slurm集群上遇到了同样的问题，请问一下具体修改哪些配置可以解决这个问题呢？



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