计算化学公社

标题: 使用CP2K进行QM/MM + Metadynamics MD模拟后处理问题 [打印本页]

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-31 23:59
标题: 使用CP2K进行QM/MM + Metadynamics MD模拟后处理问题
本帖最后由 yjb 于 2022-6-1 00:01 编辑

各位老师好，学生最近在研究如何用cp2k进行QM/MM 结合Metadynamics的MD模拟，对于设置CV的后处理问题有一些不解。
[attach]50281[/attach]

本人找了个有机体系里面的DA反应来做test：把两个有机小分子设置为QM区域，水分子为MM区域。CV设置了两个，分别是两个C-C键（直接做差值）。

之后运行命令：graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 -file METADYN-1_10000.restart -cp2k -out 10000.dat 然后用Origin作图。
[attach]50282[/attach][attach]50284[/attach]
通过查看轨迹文件，发现整个模拟过程中确实有找到[DA-TS]这个结构的生成，但是之后就有一边的C-C键断开了。

问题：1）二维图中圈出来的5个点，我的理解是MD过程中能量相对较稳定的结构(极小点，或者局部极小点)，但是我如何去定位这几个点呢？

2）对于问题（1），我暂时想到的办法是参照轨迹里面结构去找稳定的那几帧结构，然后再对着设置的CV，去比较。

3）cp2k有没有直接可以用来聚类分析的模块？

谢谢各位老师！

作者
Author: 丁越 时间: 2022-6-1 10:01
本帖最后由丁越于 2022-6-1 10:14 编辑

graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 -file METADYN-1_10000.restart -find-minima -cp2k 可以定位势能面的所有局部极小点
对于问题2，你后处理得到的极小点CV的值不会和原始-COLVAR.metadynlog中的CV值有对应，因为这个是将CV分布划分成网格点然后求每个格点的CV概率密度，所以你的1000.dat横纵坐标输出的是网格点的值。

作者
Author: yjb 时间: 2022-6-2 20:12

丁越发表于 2022-6-1 10:01
graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 -file METADYN-1_10000.restart -find-minima -cp2k 可以定位势能面的所有局 ...

如果按照这个命令，定位势能面所有局部极小点，我该如何判断这些极小点是哪些结构呢？

作者
Author: coookies 时间: 2023-4-18 16:57
请问楼主graph命令是怎么看出是什么后缀的呢？还有如何单独编译graph，指令应该是什么呢？困惑了很久，希望能得到解答，谢谢！

作者
Author: yjb 时间: 2023-4-18 22:23

coookies 发表于 2023-4-18 16:57
请问楼主graph命令是怎么看出是什么后缀的呢？还有如何单独编译graph，指令应该是什么呢？困惑了很久，希望 ...

正常如果编译好cp2k就是有graph的，graph.psmp和graph.ssmp都可以用。

作者
Author: coookies 时间: 2023-4-19 13:16

yjb 发表于 2023-4-18 22:23
正常如果编译好cp2k就是有graph的，graph.psmp和graph.ssmp都可以用。

谢谢！我原本用ubuntu自带的sudo apt install指令下了cp2k，但是现在又重新编译了一遍还是找不到graph指令

，不知道问题出在哪里了

作者
Author: yjb 时间: 2023-4-19 13:32

coookies 发表于 2023-4-19 13:16
谢谢！我原本用ubuntu自带的sudo apt install指令下了cp2k，但是现在又重新编译了一遍还是找不到graph指 ...

参考sob老师的编译方法http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html，正确编译成功的话是不应该出现这个问题的。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-3-26 09:17

yjb 发表于 2023-4-19 13:32
参考sob老师的编译方法http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html，正确编译成功的话是不应该出现这 ...

请问楼主只有两个CV才能画这种图吗，一个CV可以吗，另外origin里面这种图叫什么？

作者
Author: yjb 时间: 2024-3-29 10:28

七尺贱发表于 2024-3-26 09:17
请问楼主只有两个CV才能画这种图吗，一个CV可以吗，另外origin里面这种图叫什么？

是的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)