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标题: 分子动力学模拟中系综体系怎么选择 [打印本页]

作者
Author: WWWYYYQQQ 时间: 2022-6-1 10:40
标题: 分子动力学模拟中系综体系怎么选择
我现在在对一个小肽进行500ns的分子动力学模拟，过程中准备利用隐式水模型，那这样我应该选择NVT还是NPT系综，我是用的DS跑的分子模拟。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-2 01:50
强烈不建议用D$
在像样的GPU上，GROMACS全原子+显式溶剂模型跑这种体系跑这个尺度都完全不费劲（用NPT跑），也就两天左右的事。而且用隐式溶剂模型跑的动力学行为很容易遭质疑，没有任何理由这么跑。
GROMACS又免费又高效又灵活用户群又极大（参看http://sobereva.com/599里的分子动力学程序用户规模的统计），参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）可以迅速上手GROMACS开始这种问题的模拟。

作者
Author: WWWYYYQQQ 时间: 2022-6-2 09:35

sobereva 发表于 2022-6-2 01:50
强烈不建议用D$
在像样的GPU上，GROMACS全原子+显式溶剂模型跑这种体系跑这个尺度都完全不费劲（用NPT跑） ...

好的，谢谢老师

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-6-2 16:46

sobereva 发表于 2022-6-2 01:50
强烈不建议用D$
在像样的GPU上，GROMACS全原子+显式溶剂模型跑这种体系跑这个尺度都完全不费劲（用NPT跑） ...

就系综而言，如果能保证水密度正确，用NVT也行吧？如果要考察动态过程，似乎一般认为NVT比NPT更好，因为NPT对运动轨迹扰动更大？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 03:33

bobosiji 发表于 2022-6-2 16:46
就系综而言，如果能保证水密度正确，用NVT也行吧？如果要考察动态过程，似乎一般认为NVT比NPT更好，因为N ...

是

“要考察动态过程，似乎一般认为NVT比NPT更好”这个没法成立，得看具体问题，绝大多数情况刻意换NVT没必要
而且凝聚相体系达到平衡后，盒子尺寸波动通常极小，是否刻意改用NVT对结果影响可以忽略不计

作者
Author: bban007 时间: 2023-6-12 14:56
NVT就可以

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