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标题: 请教如何搭建交联聚合物 [打印本页]

作者
Author: WangSong 时间: 2022-6-1 20:12
标题: 请教如何搭建交联聚合物
我想向大家请教一下搭建交联聚合物，我是利用MS把聚合物链搭建好，然后交联位点是手动搭建，跑GROMACS一直报错初始结构有问题，我想问大家有什么解决办法吗，我试过退火，试过能量最小化修改参数，问题一直没解决。近期看到有人用Polymatic，但是看完手册因为lammps没有用过，不知道如何操作。请问有做过类似工作有经验的同学吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-2 01:20
“报错初始结构有问题”指代不明，把问题描述具体
搞清楚正常跑不了的原因，参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: leonardomessi 时间: 2022-7-4 11:20
你可以试试用ms做自启发式交联，网上有资料专门讲解过，试着找找看，我就是用ms做的交联，结构非常合理

作者
Author: 芮啦 时间: 2022-11-17 15:32

leonardomessi 发表于 2022-7-4 11:20
你可以试试用ms做自启发式交联，网上有资料专门讲解过，试着找找看，我就是用ms做的交联，结构非常合理

能不能麻烦您提供一下这个资料来源，我也希望用MS做交联，但是没有找到资料，麻烦您了，感激不尽！

作者
Author: LLLYYHHH 时间: 2022-11-17 17:00

leonardomessi 发表于 2022-7-4 11:20
你可以试试用ms做自启发式交联，网上有资料专门讲解过，试着找找看，我就是用ms做的交联，结构非常合理

请问可以方便分享一下自启发交联相关的资料或者网址嘛

作者
Author: Real 时间: 2024-4-5 19:31
本帖最后由 Real 于 2024-4-5 19:32 编辑

leonardomessi 发表于 2022-7-4 11:20
你可以试试用ms做自启发式交联，网上有资料专门讲解过，试着找找看，我就是用ms做的交联，结构非常合理

请问在MS中需要先取消周期性，然后再进行交联吗，因为具有超出模拟盒子的键好像不能导出.mol2

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