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标题: Thiel的MNDO程序开源了，可做OM2/MRCI等计算 [打印本页]

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Author: wzkchem5 时间: 2022-6-2 02:36
标题: Thiel的MNDO程序开源了，可做OM2/MRCI等计算
本帖最后由 wzkchem5 于 2024-6-28 12:07 编辑

网址：https://mndo.kofo.mpg.de/

MNDO是Walter Thiel组开发的半经验程序，因Thiel已于2019年去世，程序现由Frank Neese代管。
MNDO最主要的特色在于可以做OMx系列方法（OM1、OM2、OM3）的半经验计算，这些方法支持的元素比较少，但是精度完爆PM7等传统半经验方法（https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.5b01047；粗略搜了一下好像没人把OMx跟xTB比过）。而且还可以结合MRCI做半经验激发态计算，精度接近TDDFT精度（https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.6b00403），因为用了多参考态方法，可以描述多参考态体系，而不像一般半经验方法那样只能描述单参考态体系。不仅如此，MNDO还可以基于半经验方法做非绝热动力学计算，计算速度远快于TDDFT，非常适合研究较大分子的超快内转换/系间穿越过程。
今天起MNDO程序对学术用户开源，有意获取程序者需在https://mndo.kofo.mpg.de/license.php填写表单，生成license agreement，签字后按页面提示发给指定的邮箱，之后会获得一个Git账号，可以下载MNDO程序的源代码和二进制版。更多信息请参见https://mndo.kofo.mpg.de/。如因网络问题，国内无法访问这个网站的话，我可以代为填写表单，需要私信我提供您的（1）姓名、（2）详细通讯地址、（3）邮箱、（4）是否仅供您课题组内的计算机使用，如果不是的话，列出所有拟安装MNDO的计算机（例如您所在院系的集群）。
注意：如网站所述，仅允许博后及导师申请获取程序，学生需请自己的导师代为申请。

补充（2024.6.28）：如果申请至少一个月都没有收到回复，且确定自己符合申请要求（尤其是申请者不能是学生），不是因为不满足申请要求所以没有回复的话，可以和我联系，我催一下相关的负责人

作者
Author: wxhwbh 时间: 2022-6-2 07:49
当初想用找半天都找不到渠道，费了老半天劲才从一个老师手里拿到这个程序。如今终于开源了。
不过有一说一，根据我自己的测试结果来看，OM2/MRCI的精度也就是一般半经验的级别，跟TDDFT比还是有很大差距。当然，描述起CI来已经比单参考态方法强多了。

作者
Author: deltazheng 时间: 2022-6-2 08:11
请问一下，这里说的系间窜跃包括三重态双自由基向开壳层单重态双自由基的转换这样的过程吗？

作者
Author: wxhwbh 时间: 2022-6-2 12:05
确实想问一下，现在是否有关于基于xtb计算激发态的尝试啊？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-6-2 12:17

wxhwbh 发表于 2022-6-2 12:05
确实想问一下，现在是否有关于基于xtb计算激发态的尝试啊？

做激发态的sTDA-xTB实际上比GFN-xTB更早提出。

作者
Author: RAL 时间: 2022-6-2 13:12

hebrewsnabla 发表于 2022-6-2 12:17
做激发态的sTDA-xTB实际上比GFN-xTB更早提出。

然而精度有点感人

作者
Author: wxhwbh 时间: 2022-6-2 14:10

RAL 发表于 2022-6-2 13:12
然而精度有点感人

其实半经验激发态方法能真正发挥作用的地方在动力学，毕竟算的快，精度差点其实无伤大雅。
不过这种方法至少要满足两个要求：一是在锥形交叉区域至少要能定性描述，二是程序至少能提供解析梯度和非绝热耦合。sTDA-xTB好像这俩都不满足，而OM2/MRCI在这方面已经有很多应用了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-2 15:12

wxhwbh 发表于 2022-6-2 00:49
当初想用找半天都找不到渠道，费了老半天劲才从一个老师手里拿到这个程序。如今终于开源了。
不过有一说一 ...

我也遇到过文献算出来OM2/MRCI和TDDFT的S1、S2态顺序都是反的，然后还强行用OM2/MRCI跑非绝热动力学的情况。。。不过也不知道是个例还是普遍现象

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-2 15:13

deltazheng 发表于 2022-6-2 01:11
请问一下，这里说的系间窜跃包括三重态双自由基向开壳层单重态双自由基的转换这样的过程吗？

包括，而且这个是OM2/MRCI的强项，因为用了MRCI，描述单重态双自由基的时候可以没有自旋污染

作者
Author: wxhwbh 时间: 2022-6-2 15:41

wzkchem5 发表于 2022-6-2 15:12
我也遇到过文献算出来OM2/MRCI和TDDFT的S1、S2态顺序都是反的，然后还强行用OM2/MRCI跑非绝热动力学的情 ...

这是算出来就是反的还是写文章时标反了...

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-2 16:55

wxhwbh 发表于 2022-6-2 08:41
这是算出来就是反的还是写文章时标反了...

应该算出来就是反的，文章说了，但是因为TDDFT跑不动非绝热动力学，就强行用OM2/MRCI跑了。。。

作者
Author: Novice 时间: 2022-6-2 17:34

hebrewsnabla 发表于 2022-6-2 12:17
做激发态的sTDA-xTB实际上比GFN-xTB更早提出。

sTDA无法做激发态构象优化和非绝热动力学计算，这个才是我想表达的。

作者
Author: biogon 时间: 2022-6-2 18:15
mndo电荷也可以用这个程序算吧

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-2 19:22

biogon 发表于 2022-6-2 11:15
mndo电荷也可以用这个程序算吧

你指的是MNDO半经验方法算出来的Mulliken电荷是吗

作者
Author: biogon 时间: 2022-6-2 20:57

wzkchem5 发表于 2022-6-2 19:22
你指的是MNDO半经验方法算出来的Mulliken电荷是吗

可能是，我看别人文章里说的mndo电荷，不知具体是什么

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 03:23

biogon 发表于 2022-6-2 20:57
可能是，我看别人文章里说的mndo电荷，不知具体是什么

半经验方法的原子电荷，诸如AM1电荷等，直接这么说的时候都是默认指基于半经验级别的密度矩阵算的Mulliken电荷。直接用Gaussian就能算。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 03:25

RAL 发表于 2022-6-2 13:12
然而精度有点感人

sTDA-xTB这种东西比较适合的是sTDA都算不动的巨大体系，诸如诸如Grimme有篇JACS文章是算整个蛋白质的ECD的，能定性正确就够了。如果只是好几百个原子的程度，用sTDA/sTDDFT基于DFT轨道来算毫无压力，sTDA-xTB就没用处了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 03:30
(TD)-DFTB级别下也有个跑非绝热动力学程序
DFTBaby：https://www.dftbaby.chemie.uni-wuerzburg.de

作者
Author: wxhwbh 时间: 2022-6-3 10:38

sobereva 发表于 2022-6-3 03:30
(TD)-DFTB级别下也有个跑非绝热动力学程序
DFTBaby：https://www.dftbaby.chemie.uni-wuerzburg.de

这玩意我们测过，精度还不如OM2/MRCI，还容易出各种问题

作者
Author: itpfeng 时间: 2022-9-12 04:10
1楼的链接打不开啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-12 15:24

itpfeng 发表于 2022-9-11 21:10
1楼的链接打不开啊

我已经说了，“如因网络问题，国内无法访问这个网站的话，我可以代为填写表单，需要私信我提供您的（1）姓名、（2）详细通讯地址、（3）邮箱、（4）是否仅供您课题组内的计算机使用，如果不是的话，列出所有拟安装MNDO的计算机（例如您所在院系的集群）。”

作者
Author: cxh19990601 时间: 2022-10-13 22:24
请问一下mndo可以设置并行嘛，应该如何设置？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-14 02:26

cxh19990601 发表于 2022-10-13 15:24
请问一下mndo可以设置并行嘛，应该如何设置？

应该是可以的，有一个mplib关键字。
https://mndo.kofo.mpg.de/input.php

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-11-28 16:31
这个玩意可以算大体系的CD光谱么

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-28 18:41

喵星大佬发表于 2022-11-28 09:31
这个玩意可以算大体系的CD光谱么

手册里没搜到。但是Grimme的sTDA-xTB支持算CD光谱

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-11-29 01:44

wzkchem5 发表于 2022-11-28 18:41
手册里没搜到。但是Grimme的sTDA-xTB支持算CD光谱

这是有个单独的程序还是有别的程序支持这种做法

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-29 03:11

喵星大佬发表于 2022-11-28 18:44
这是有个单独的程序还是有别的程序支持这种做法

https://github.com/grimme-lab/stda

作者
Author: 鬼隐 时间: 2023-7-25 09:53
本帖最后由鬼隐于 2023-7-25 10:31 编辑

王老师，你好！
我拿到了mndo的gitea账号，but我clone mndo代码后发现无法通过编译，（起初是一些字符串数组构造器问题，隐式类型转换，etc 太trivial不放截图了），我手动修了7-8份源码文件之后还是一直在出编译error。我想可能是我用的gcc版本太新，过于严格。于是换docker centos:7.9 x86_64 （gcc gfortran 485），依然是无法通过编译。现在应该是你们组在管这份代码，是否可以请你push一下组内的大佬们修修bug，or 放出mndo2019的源码（gitea上只有两个commit，我无法revert）。
顺便一提，INSTALL里的安装方法也是不完整的，应该先

automake --add-missing
autoconf

复制代码

其在这里提到mndo repo descrip

我在BIN看到有mndo2020 ifort mkl的静态二进制文件
但是运行之后屏幕显示的是mndo2019.

顺带一问，gitea上是否可以commit，开个branch pr 然后merge main那种。

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建议所有人放弃ifort，这种奇怪的bug兼容性只会教坏小朋友。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-25 15:32

鬼隐发表于 2023-7-25 02:53
王老师，你好！
我拿到了mndo的gitea账号，but我clone mndo代码后发现无法通过编译，（起初是一些字符串数 ...

感谢反馈！现在负责MNDO的是我们组的Dr. Axel Koslowski，邮箱是koslowski[at]kofo.mpg.de，可以直接和他联系

作者
Author: muuu2333 时间: 2023-9-21 23:55
能算含有过渡金属的配合物体系的激发态吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-9-22 01:57

muuu2333 发表于 2023-9-21 16:55
能算含有过渡金属的配合物体系的激发态吗

算不了，因为OM2只支持H, C, N, O, F元素。据我所知能算过渡金属激发态的半经验方法主要就是INDO（ZINDO）系列方法和sTDA-xTB了，而且都做不了激发态结构优化和激发态动力学

作者
Author: try 时间: 2024-3-4 22:55
老师们好！请问MNDO调轨道的关键词是什么呢？尝试使用了movo=2和iswap关键词，但是一直提示识别不了iswap，感谢回复！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-5 00:56

try 发表于 2024-3-4 15:55
老师们好！请问MNDO调轨道的关键词是什么呢？尝试使用了movo=2和iswap关键词，但是一直提示识别不了iswap， ...

如果说明书写了这个关键词，但是实际不起作用，可以给申请MNDO license的那个邮箱（mndo@kofo.mpg.de，Dr. Axel Koslowski）发邮件询问。他不仅负责MNDO的license，也负责程序代码本身

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