计算化学公社

标题: 求助cp2k运行时出现WARNING [打印本页]

作者
Author:
zhukangg    时间: 2022-6-2 13:22
标题: 求助cp2k运行时出现WARNING
大家好:
我尝试了编译CP2K9.1,通过openmpi/4.1.1以及GCC/9.3.0编译的,toolchain和make全部正常结束,test也是0error全过。但是在运行的时候总是会报错:
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By default, for Open MPI 4.0 and later, infiniband ports on a device
are not used by default.  The intent is to use UCX for these devices.
You can override this policy by setting the btl_openib_allow_ib MCA parameter
to true.

  Local host:              node268
  Local adapter:           mlx4_0
  Local port:              1

--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
WARNING: There was an error initializing an OpenFabrics device.

  Local host:   node268
  Local device: mlx4_0
--------------------------------------------------------------------------
[node268:24113] 23 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / ib port not selected
[node268:24113] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[node268:24113] 23 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / error in device init

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作业提交脚本为:
#!/bin/bash
module purge
module load openmpi/4.1.1/gcc/9.3.0   

bsub -J cp2ktest -q test -n 24  -o %J.out -e %J.err   mpirun -np 24 cp2k.psmp  cp2k.inp


请问这是什么原因呢?会对计算速度甚至结果产生什么影响呢,以及需要如何改进?
谢谢各位老师!

作者
Author:
LittlePupil    时间: 2022-6-3 23:55
记得这个问题在OpenMPI官方的Q&A里有提到,具体会对计算有什么影响不太清楚。

可以在mpirun后面加入--mca btl '^openib', 实测可以解决这个Warning.
也可以试试在bsub前加一行export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1.




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