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标题: 求助Gromacs跑蛋白-磷脂体系MD程序崩溃，调试几天无果 [打印本页]

作者
Author: jay8310 时间: 2022-6-2 17:19
标题: 求助Gromacs跑蛋白-磷脂体系MD程序崩溃，调试几天无果
我用charmm-gui给蛋白加的磷脂，平衡有6步，没有出错。
Gromacs跑MD程序结果：
(, 下载次数 Times of downloads: 24)

仔细阅读了sob老师的帖子，尝试了逐步升温（50K，100K）,
域分解（-ntmpi 1）等等，程序调试几天，无果。先将mdp文件
和结构文件上传。求助解决方案。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 03:59
照着这里说的排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

诸如先确保蛋白质、磷脂都能单独正常模拟，再说混合的事

作者
Author: lonemen 时间: 2022-6-3 13:50
本帖最后由 lonemen 于 2022-6-3 13:52 编辑

charmm-gui的模型经常会崩溃，我也经常遇到。要不重新再建模试试？

作者
Author: jay8310 时间: 2022-6-6 11:31

lonemen 发表于 2022-6-3 13:50
charmm-gui的模型经常会崩溃，我也经常遇到。要不重新再建模试试？

我也在想要不要重新建模？

作者
Author: jay8310 时间: 2022-6-6 11:35

sobereva 发表于 2022-6-3 03:59
照着这里说的排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

我是照着这里排查的。我的蛋白质加上小分子模拟正常，加完磷脂模拟正常，然后换了一个小分子加磷脂模拟崩溃，如果从宏观上看，是新加的这个小分子的问题。你的建议是？

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