公社群聊Q&A整理：2015.09.03 09 ~ 2015.09.09 10 - 计算化学公社

2015.09.03 09:25:35
Q:
受教了，可是我刚入门，只知道这个方法，具体什么意思还是不太懂，我自己好好钻研一下，谢谢各位指教。
A:
大体系碰见问题先考虑减小步长上限，改优化方法之类
小体系出毛病直接先上calcall
这里有充分的介绍
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.09.03 09:28:05
Q:
老师，我想问一下，有计算单个分子微观尺寸的方法吗？比如计算一个分子的体积可以计算吗？有没有软件可以实现这个的
A:
Statile 谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
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2015.09.03 09:31:05
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
老师，对于锰元素该使用怎么样的赝势基组呢？
有没有相关文章可以看看呢
A:
lanl2DZ最便宜，好点就上SDD或Lanl2TZ
Q:
老师，整个体系只有一个锰原子
A:
再好点上lanl2TZ(f)
Q:
用最便宜的就可以了吧
A:
才一个锰还不如用好点
如果Mn是大量的，那才有必要用烂点的节约时间
Q:
是这样的，我的体系是一个碳管和锰的氯化物的组合
是不是这样的体系可以考虑使用组合基组？
就是锰元素用一种基组
其他的是一种基组
锰原子就一个，由于波普尔基组不收敛，得考虑赝势基组了
A:
鼓励用赝势。相当于计算量能少算几个轻原子
Q:
老师，那就是说全部都用赝势？
A:
仅对于Mn
前三周期的别用赝势
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2015.09.04 00:52:22
Q:
[Emoticon]没网速，看不了，只能看电荷
A:
first NPA电荷和Multiwfn无关。你用pop=NPA关键词算
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2015.09.04 00:52:22
Q:
wfn画轨道图是哪个功能？
今天没找到
有谁能告知下么
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2015.09.04 00:53:39
Q:
请问一下united atom model如何构建呢？
A:
看具体情况，有的力场，比如gromos，本身就是联合原子力场，你用gromacs以gromos力场来读进体系就自然是这种模型了
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2015.09.04 00:53:39
Q:
，带宽越大，成键越强，因为带宽越大，态密度峰跨度越
大，离域性越强，虽然不一定跟那个原子成键，但是其上面的电子离域了，肯定要成键，离
域越强，成键越强
这个理解可对
A:
可以
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2015.09.04 00:55:13
Q:
请问大家gaussian09能进行natural steric分析么，为什么我输入$nbo steric $end 不识别steric这个关键词啊
serverauditor啊
A:
你得用NBO5、6。自带的3.1不支持
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2015.09.04 01:01:59
Q:
Sob 应该怎么提高写作能力，除了多写，别无他法吧？
A:
英文么？
Q:
是的
感觉文章总是写的不地道
[Emoticon]
A:
也可以多积累一些好的句子，市面上也有一些写作书可以看看
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2015.09.04 01:02:43
Q:
请问什么是much-lower-lying orbital 轨道？
谢谢！
请问much-lower-lying orbital 可以理解为最低空轨道吗?
A:
能量很低的轨道
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2015.09.04 01:02:43
Q:
sob，用gromacs做离子液体的人可多？
A:
gromacs做离子液体的很多
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2015.09.04 01:18:43
A:
peace RI用ORCA效率最高。def2-TZVPP相当于cc-pVTZ，达到这个精度pople的就别用了。
Q:
def2和cc的效果是一样的吗？PVTZ和TZVPP是不是也是一个级别的
A:
def2-SVP约为cc-pVDZ
def2-TZVPP约为cc-pVTZ
def2-QZVPP约为cc-pVQZ
Q:
明白了！谢谢老师！
请问RI加速的RI-MP2相比MP2效率大概能够高多少
A:
快一个数量级
Q:
MP2在处理开壳层的时候好像自旋污染比较到，RI-MP2是不是可以解决这个问题还是要用[图片]这两个方法好一点
比较大
A:
自旋污染和RI、SCS没关系
解决方法是自旋投影
Q:
ORCA能够处理吗
A:
一般来说开壳层不建议用MP2
虽然也有不同的MP2变体专门考虑开壳层的，有的完全没有自旋污染问题，但都不流行
Q:
那双杂化的DFT效果怎么样
A:
[图片]
双杂化用于开壳层比起MP2的优势我没见过专门的对比，但应该比MP2强
Q:
明白了，谢谢老师深夜解答
PUMP2也就是Projection Unstricted MP2吗？
A:
即projected UMP2，往往也简称为PMP2
Q:
我说怎么谷歌不到
A:
高斯UMP2算完了就会输出
[图片]
Q:
原来是这个，涨姿势了！以前一直不知道这是什么
A:
高斯里还可以写ROMP2来基于ROHF做MP2，没有自旋污染问题，但这方法结果怎么样我没特别关注过
Q:
ORCA应该也可以做RO的MP2吧！
A:
看看手册吧，我没特别留意
UMP2是几乎所有程序都支持，ROMP2或其它基于ROHF的MP2需要额外的代码，未必支持
像GAMESS-US支持的是ZAPT那种基于ROHF的形式
Q:
嗯，正在学习中！
2015-09-04 2:05:15
[图片] 删除群动态02:05:15
2015-09-04 2:05:18
[图片] 删除群动态02:05:18
想那种配合物金属的电子排布比如说3d7，如果是强场的话就是一个单电子，这时候用RO是不是比U更加符合实际情况
A:
从结果上倒没法这么说，那个单电子也会导致其它配对儿的alpha和beta稍微分裂，这是合理的情况。RO只不过是易于进行解释罢了。
Q:
综合起来也就是说ROMP2只不过是自旋污染少，而UMP2的速度会快些，自旋污染也可以用PUMP2解决！
A:
速度倒未必有显著差异。
自旋污染用PUMP2和ROMP2都可以避免。
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2015.09.04 02:17:22
Q:
明白了！谢谢SOB老师！最后问个前途方面的问题！因为现在研三，还有一年毕业，现在手中有个方向是尝试用QM去拟合一些特定材料做吸附的力场，如果说要读博的话，这个方向可以成为以后一直做下去的方向吗？
A:
应该可以
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2015.09.04 06:56:05
A:
应该算2.8~2.9次元吧
Q:
发错群了....
A:
发错了...
Q:
www Sob酱超可爱了啦www
A:
[图片]
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2015.09.04 08:06:33
Q:
请教大家一个问题，如果我想让高斯同时计算红外和拉曼光谱，我在输入文件的关键词该如何写呢，是直接写freq吗？
A:
freq=raman
Q:
那这个会输出红外光谱吗？
A:
会
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2015.09.04 08:10:26
Q:
[图片]老师，我这样写行吗？
A:
去掉空行
Q:
是B3LYP，不是B31YP！！！
A:
分清1l
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2015.09.04 08:15:11
Q:
您写的书什么时候出版？
急着买呢
A:
╮(╯▽╰)╭
有生之年系列
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2015.09.04 08:27:32
Q:
老师，优化的时候需要写两个关键字，这样写对吗？opt=(cartesian,gdiis)
A:
对
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2015.09.04 09:56:58
Q:
老师，您好，高斯计算完成后，如何把数据提取出来用来画拉曼和红外呢
用高斯view打开光谱的输出文件，导出来数据
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.09.04 09:57:22
Q:
sob老师，我问一下，当要用D3色散校正时，比如说M06-2X-D3/6-31+G**这样的基组方法在gaussian输入文件中该怎么编写？
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
这里有写
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
[图片]
Q:
哦，那如果要添加D3，在gaussian的输入文件中该怎么写呀？ @山坡下、有棵树
A:
刚才给你的博文里写得非常清楚
读完再问
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2015.09.04 10:15:57
Q:
Sobereva老师，您好！有木有，各个相应的原子颜色所对应的数据哟？比如黑色对应0,0,0！
A:
在模板文件里就已经写清楚了默认情况下每个原子的RGB数值
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2015.09.04 10:16:43
Q:
大神，Multifwn能做荧光光谱图吗
A:
能
Q:
大神，怎么做荧光光谱图？你的博文里有吗，谢谢[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
[图片]
[图片]
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2015.09.04 10:18:52
Q:
sob老师，Psi4计算能量分解的原理是SAPT吧？
A:
是
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2015.09.04 10:20:35
Q:
请问一下，高斯中出现这样的错误 [图片]
sob老师，请问一下，那个703错误怎么解决
A:
加大%mem
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2015.09.04 10:32:46
Q:
sob老师，您好
[图片]
我想用计算解释其中的选择性，我现在用guassian对其中的羟基的键能进行了计算，这样做可以吗？
A:
没这么简单。光从热力学上看能量变化，那不光看-OH键能，还看H2CO接在不同位置上能量变化
涉及到动力学因素，还得看具体反应过程
Q:
如果只从热力学的角度考虑这个问题，我要把这个说清楚需要多长时间？
A:
没法说什么“多长时间”
最简单的做法你就直接算一下两种产物的能量差
比如G3(MP2)来算就挺合适
Q:
老师，我现在两种产物都有，算能量差可以吗？
A:
可以
Q:
您能说的详细点吗？我不太明白
A:
gview里画好结构，保存输入文件，关键词里只写G3MP2B3，然后让高斯算，比较最后输出的自由能，越低的越稳定，还可以根据deltaG=-RTLnK预测热力学平衡下的比例
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2015.09.04 10:45:45
Q:
[图片] 老师，这个模板文件是哪个文件？
A:
前面我发的截图里写明了
Q:
sob老师是不是每个软件都会有这么一个文件（每个原子的默认颜色代码）呢？一般放在哪呢
A:
一般都没有，都是内嵌在源代码里的。Multiwfn为了便于用户调节才这么设定的
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2015.09.04 11:23:53
Q:
请教一下大家：采用ts进行过渡态优化时，发现能量是上升的，但是计算正常结束，而且仅有一个虚频且振动模式也正确，请问这个过渡态正确吗？
A:
正确
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2015.09.04 12:57:04
Q:
初音未来什么时候能来沈阳开演唱会……
A:
不可能
基本都在妖都和魔都
帝都都没这福利
Q:
发错群？
东北最大的城市了，我也只能奢求一下啦
重新看初音2015上海演唱会了
妖都是什么地方
广州
A:
广州
Q:
我比老师快
[图片]
最近很喜欢里表情人这首歌
sob酱真是爱好广泛啊
进击的巨人拍了真人版，毁了
A:
V家的经典太多了
Q:
说实话我真的是看演唱会才知道这首歌的
A:
我硬盘上好几百首V家的
Q:
我喜欢节奏快的
A:
传了首节奏快的《ロストワンの号哭》
Q:
我正在学吉他，最便宜的乐器
A:
B站上很经典的《葛炮的号哭》（http://www.bilibili.com/video/av939030/）就是基于这个歌制作的
Q:
视频手机打不开
A:
用电脑呗
Q:
好的谢谢
未闻花名是看哭了的一首动漫
A:
想不到墨家还看这个
Q:
哭成狗+1
每个人内心都存在那种童心把，[Emoticon]
A:
TV版弃了，后来看了剧场版，强行催泪
Q:
听到BGM都条件反射鼻子酸了
A:
要出真人版了
http://acg.178.com/201509/235091827040.html
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2015.09.04 13:06:11
Q:
sob,gromacs培训班明年开班，是吧
A:
对，春天里
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2015.09.04 13:06:20
Q:
sob老师，现在FORTRAN比较好的编译器是intel那个？
A:
对
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2015.09.04 13:10:51
Q:
又欺负我敬爱的大葛平了
A:
此言差矣
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2015.09.04 13:42:52
Q:
sob老师您好，我想请问一下BSSE校正时不能考虑溶剂化效应嘛？当我考虑溶剂化是输出文件就有错误No SCRF with Counterpoise
A:
自己手动用Bq原子做counterpoise
counterpoise关键词不兼容scrf关键词，但不代表cp方法原理上不兼容溶剂模型
Q:
Bq原子是什么意思
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2015.09.04 13:59:41
Q:
sob老师，分子不显中性，带电荷应该怎么改呢？比如我想计算个去掉N上带H原子的
A:
意义不明
Q:
就是这个，[图片]
去掉这个H后，应该在gjf里修改？还是去掉后高斯自己就改过来了？我看去掉后，怎么左下角还是显示的中性。。neutral
A:
保存完了输入文件再自己在输入文件里改
Q:
嗯谢谢老师[图片]
是负电荷就把第一个改成-1 正的就是1对么？
A:
恩
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2015.09.04 14:00:04
Q:
老师，我的IRC往两个方向都是跑了一个点就停了，增大步长到20也是这样，是不是过渡态有问题呢？我的反应涉及质子转移，但过渡态的虚频只有-300多，但看虚频的振动方向还是对的
A:
步长加到30，还不行就让过渡态定位再准点
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2015.09.04 14:27:02
Q:
请问一下……PM6和EmpiricalDispersion关键词不兼容吗？
A:
能一起用，但结果莫名其妙，和MOPAC2012给出的PM6-D3不一样
Q:
我在Gaussian里用的时候显示
R6DS6: Unable to choose the S6 parameter, IExCor= 0 IXCFnc= 0 ScaHFX= 1.000000 IDFTD=2
结果不可信的意思吗？
A:
别用它
Q:
为什么呢？
A:
手册里明说就是给DFT用的
能算不代表结果有意义
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2015.09.04 23:39:14
Q:
请教：小弟想使用prodrg获取HOOC–(CH2)2–COOH的力场参数，但是生成的top文件中没有非键接势能参数[图片]，请问应该怎样获取非键接势能参数呢
我想知道HOOC–(CH2)2–COOH这个分子中的原子的VMD参数，
应该怎样获取呢，老师
各位老师：我在使用lammps计算，现在只想获取这个有机分子的力场参数
A:
LJ参数是在力场的nonbonded文件里定义的
Q:
sob老师，你在《[灌水]力场瞎总结》之中最后一行说的“对儿势”是什么是力场形式啊？
A:
例如LJ势，涉及的是两个原子，就叫对儿势
与之相对的是多体势，诸如EAM之类的
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2015.09.04 23:39:14
Q:
群主，使用multiwfn研究能量分解EPA在哪里有指引？
刚刚在手机发了一个问题，但是电脑看不到这条信息，所以再发一次，请群主谅解，请教哪里可以用multiwfn研究EPA？
A:
没有什么所谓的EPA。Multiwfn做简单的能量分解见手册4.100.8节
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2015.09.04 23:39:14
Q:
请教一个问题，如果已经在高斯那里得到一个有机反应(举例Sn2)的过渡态(TS)，那么放在gromacs那里，可以用来研究什么，能不能计算从鞍点到反应物的RSMD？比较大一点的问题就是，gromacs 与gaussian 结合起来能够做研究出什么东西？
A:
过渡态弄到gmx里什么也没法研究。计算两个结构的RMSD也用不着gmx，这么算就行了
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
结合起来只不过是从静态和动态两部分来考察
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2015.09.04 23:39:14
Q:
求文献Highly efficient electroluminescence from purely organic donor–acceptor systems
Katsuyuki Shizu1–3, , / Jiyoung Lee4 / Hiroyuki Tanaka1 / Hiroko Nomura1 / Takuma Yasuda1, 4, 5 / Hironori Kaji2 / Chihaya Adachi1, 3, 6
Pure and Applied Chemistry. Volume 87, Issue 7, Pages 627–638, ISSN (Online) 1365-3075, ISSN (Print) 0033-4545, DOI: 10.1515/pac-2015-0301, June 2015
A:
别用这么大的字号
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2015.09.04 23:39:14
Q:
sob老师，安装intel visual fortran必须同时安装VS么？IVF我看好像最新版本是13那个
A:
必须装
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2015.09.04 23:39:14
Q:
各位高手们：做CDA分析的时候，关键词要不要写上opt啊？
各位高手们：做CDA分析的时候，输入文件是从高斯输出文件得到的，建立高斯输入文件的时候，计算片段和复合物时候要不要写上关键词 opt？
好的谢谢了。。
@sunflower
A:
帖子、手册里都明说了，必须用单点文件
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2015.09.04 23:39:14
Q:
[图片] ，请问老师这个BrBr和这个氧之间形成了什么相互作用？感觉根据静电势无法解释这个，一般都是正对负这样的，这个就是负对负了。
A:
Statile 看RDG填色等值面图
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2015.09.04 23:39:14
Q:
sobereva老师，请问计算C2H5F的静电势格点数据为什么选低等质量格点而不选中等或高等质量格点呢？
A:
计算静电势速度慢，低质量格点对这种很小的体系已经够了
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2015.09.05 00:10:48
Q:
请教，有机小分子的机场参数应该怎样获取呢，我用prodrg获取的参数中没有LJ参数，
A:
参数都在自带的力场文件里
也可以看力场原文
Q:
您是说gromac自带s的力场参数文件吗？
您说的力场参数文件是gromacs自带的力场参数文件吗？
A:
是
Q:
如果这样的话应该用pdb2gmx能生成top文件，但是不能生成
比如乙酸
A:
两码事
本来就不该用pdb2gmx
几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=428
Q:
这个我有，但是我用prodrg尝试生成丁二酸top文件的时候，没有lj势能参数
A:
prodrg自动判断出原子类型，有了原子类型你又把自带力场给include进去了，自然会从nonbonded里面找LJ势
gromacs决定力场参数的方式
http://sobereva.com/4
此文虽然已不完全适合当前版本，但机理依然适用
Q:
您是说gromacs自带的力场参数文件中有那些未显示的lj参数？
因为我是想把力场参数提取出来再使用lammps计算，所以
A:
然
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2015.09.05 00:25:52
Q:
请教gromacs ：
System has non-zero total charge: -2.000000
是不是有两个负电荷？因此加 -pname NA -nn 2 对不对？还要不要加 -nname CL？
请教gromacs 方面：
System has non-zero total charge: -2.000000
上面是不是有两个负电荷？
因此加 -pname NA -nn 2 中和对不对？
还要不要加 -nname CL？
是，前面是写了genion，我是问后面怎么写？
喔
明白了
还要不要加 -nname CL？
明白
怪不得报错
Replacing 2 solute molecules in topology file (topol.top) by 0 NA and 2 CL ions.
它好象是自动加CL，我原来命令是这样：
gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nn 2
是不是-pname NA和 -nname CL这些其实可以省略？
请问：
它好象是自动加CL，我原来命令是这样：
gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nn 2
是不是-pname NA和 -nname CL这些其实可以省略？gmx里面好象默认加Na+ 和Cl-，对么？
请问：
它好象是自动加CL，我原来命令是这样：
gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nn 2
它报错 Replacing 2 solute molecules in topology file (topol.top) by 0 NA and 2 CL ions.
是不是-pname NA和 -nname CL这些其实可以省略？
gmx里面好象默认加Na+ 和Cl-，对么？
A:
体系当前是-2.0，应当写-pname NA -np 2，和CL-没毛关系
Q:
谢谢，只是想深一些，假如不写-pname NA 和-nname CL， GMX其实默认是加NaCl进去的，对不对？（有点钻牛角尖）
A:
try
Q:
OK
我理解您的意思就是这些lj参数可以自己从gromacs自带力场参数文件中的nobond文件中找？
就试一试
A:
然
Q:
我的？然是对？
A:
我已经睡了
Q:
群主，起来，醒一醒，真的默认是NaCl啊
太兴奋了
失礼了
A:
[图片]
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2015.09.05 08:13:58
Q:
Sob老师，我看到你写的一篇：《[灌水]DFT方法瞎总结》，然后在《[灌水]力场瞎总结》之中你说“这是瞎总结系列之三”，请问有“系列之二”么？
看到了一篇，叫《[灌水]量化计算方法（非DFT）瞎总结》，是这篇么？
A:
忘了，可能是吧
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2015.09.05 08:13:58
Q:
老师，我的高斯版本是D之前的，算弱相互，请问用这个合理吗？opt B3LYP/6-311G** 单点M062X/ 6-311+G**加BSSE。
加了应该会更好一些吧？
没有用D3色散，总想弥补些什么
A:
first
M062X/6-311+G** opt
then
M062X/6-311+G** + counterpoise
Q:
老师，之前已经用6-311G**优化过了，可以直接拿最后一步的优化结果再6-311+G**优化吗？[图片]
A:
如果不是色散作用主导的，而是静电作用主导的诸如氢键卤键之类，6-311G**优化已经够了
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2015.09.05 08:56:43
Q:
sob老师，我在优化基态结构的基础上做激发态的计算，关键词是#p td=(nstates=20,root=1) cam-b3lyp/6-31+g(d,p）scrf=(cpcm,solvent =dichloromethane) 但是SCF128步没收敛报错了 [图片]应该怎么办？
A:
基组改成6-311G**试试
Q:
好的谢谢老师
A:
弥散函数容易造成不收敛，实际上很多情况也根本不需要用弥散函数，把基组升到3-zeta还可以得到更好结果
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2015.09.05 09:01:27
Q:
老师，昨天的那个问题，RDG图不是只能看到是否存在相互作用吗？
A:
我记不得你问了什么
Q:
[图片]
我当时问的就是这个O和BrBr双卤分子之间存在的是什么相互作用
上面的那个就是RDG图，看起来他们之间是有相互作用的。
A:
帖子里很明确介绍了怎么作RDG填色等值面图，当然能考察是什么类型的相互作用
群共享里 Multiwfn与波函数分析简介(2015-Jun-11) 中也有很多介绍和图片
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2015.09.05 09:05:07
Q:
sob老师，关于解决IRC问题您说的那几个方法我都试过了，可还是只有12个点，这个结果可以用吗
A:
能不能用取决于你做什么
跑IRC如果只是验证TS对不对，那么稍微跑一点距离，就足够判断了
Q:
sob老师，就是TS振动方向是对的，但是IRC一直是这样的[图片]
A:
看轨迹，末尾的点是你要的就完事了
Q:
前面一半出不来也可以吗老师？
A:
老生常谈的问题
[图片]
你要想进一步确认，那一边也得跑点
Q:
sob老师，怎么跑都出不来的，上面哪几种方法我都试了
只有这一边
A:
那就看虚频振动方向，那一边看上去对，就当TS没错了
但得好好看看TS振动分析后偏离收敛限有多远
Q:
好的老师，多远算是可以呢
A:
最好在2倍以内
Q:
好，谢谢老师
[图片]这个可以吗老师？
老师，我是opt和FREQ一起做的，没有比较的啊
A:
如果这是freq最后输出的，可以用
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2015.09.05 09:15:03
Q:
! RI BLYP D3 def2SVP gCP Opt nopop
%maxcore 1000
* xyz 0 1
sob老师，我用orca优化60个原子的分子结构，这个语句对不对，gCP这样用可以么？
A:
此文第三节一开头就有例子：http://sobereva.com/214
再写上opt就够了
BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J opt
----------------------------------------------------
2015.09.05 09:17:34
Q:
[图片]老师，我opt=Cartesian试了，出这个错，不加也出错，加了opt=z-matrix也是这个错，已经晕了。求指导
A:
完整关键词怎么写的？
----------------------------------------------------
2015.09.05 09:17:34
Q:
*****************************************************
* SUCCESS *
* SCF CONVERGED AFTER 8 CYCLES *
*****************************************************
出现这个就是说优化对了吧
A:
优化完了有.trj文件，后缀改成.xyz后拖进VMD观看
----------------------------------------------------
2015.09.06 02:01:43
Q:
群里有没有人用过 gromacs 的GPU 版本啊
据说GPU版本比CPU的要快很多很多。。。
具体怎么设置啊。。。
A:
看具体是什么GPU和什么CPU比。比如对于普通intel四核，你花一千多买个nvidia的GPU，计算速度就能提升好几倍。
2015-09-06 2:02:09
[图片] 删除群动态02:02:10
----------------------------------------------------
2015.09.06 02:01:43
Q:
各位老师好，请问如何用multiwfn直接读取一个分子静电势的最大值最小值，不需要读取极值点的
A:
puppy love 这种说法不确切，最小的极值点的数值就是最小值，最大的极值点的数值就是最大值。
如果你是指整个空间范围内静电势最大值，肯定在核电荷最大的原子核位置上。最小值你就计算静电势格点文件，载入到Multiwfn后屏幕上直接显示。
如果你是指分子表面上静电势最大最小值，主功能12做完定量分子表面分析后直接就会输出
----------------------------------------------------
2015.09.06 09:07:37
Q:
[图片]
multiwfn 的高手们,上面是CDA（电荷分解分析）的结果，CDA的结果还算正常，不过ECDA结果却太不可观了，净电荷转移量高达903！！！！请问何解？
跪谢了
[图片]
[图片]
A:
用的什么版本？
Q:
是最新版本的3.3.8
Multiwfn_3.3.8(dev)_bin_Win
A:
输入文件给我
----------------------------------------------------
2015.09.06 09:08:22
Q:
请教下老师们，这个如何从Multiwfn生成的DOS图准确得出带隙值啊
A:
分子体系就是HOMO-LUMO gap。
周期性体系你得实际计算得到gap，没法用Multiwfn产生的DOS图得到。
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2015.09.06 09:12:33
Q:
[图片] 老师，这个是RDG图，这个可能形成的是卤键吗？
中间CO2，两边为双卤分子
A:
Statile 是。一看静电势图就知道必然是，静电势是互补的。CO2两边为负，双卤原子两边为正
Q:
恩，是的，从经典是来讲确实是这样的。只是我看教程说绿色的表示是范德华力。所以有点纳闷。而后又发现卤键似乎也属于范德华力。
静电势
A:
色彩刻度怎么设的？
Q:
啊，色彩刻度忘了设了。我再去看看[Emoticon]@Sobereva
A:
RDG的色彩有很强任意性，比如你-0.04的时候显绿，可能-0.035的时候就显淡蓝了
Q:
-0.04和0.02刻度就是设置的这个，我是把你的那个教程里面的那段代码复制粘贴到.vmd中的。
A:
能正常算就别管它
Q:
[图片]
A:
一般建议用-0.035到0.02
Q:
恩，那我改一下看看
A:
凡是相互作用形式可以算卤键的，不用管RDG什么颜色，都可以往卤键上归属，何况又有静电势的明确证据
范德华作用不会有那种构型的倾向性
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2015.09.06 09:25:38
Q:
还有sob老师，我用molden做输入文件，用wfn做静电势分析的时候，到查看不同静电势区间分子表面积这一步。multiwfn直接就退出了
这怎么回事
A:
8成是输入的命令不对，严格按照屏幕上的提示输入
Q:
我计算好几次啦
一按9就退出了
A:
完整的输入命令列出来
Q:
[图片]
就是这个帖子
A:
你把你的详细操作步骤写贴出来，否则不可能判断为什么出错
Q:
进行完定量分析表面分析
A:
帖子100%正确
Q:
我是严格按照步骤来的，出现三次才给你提问的
A:
你不给步骤就不回复你
Q:
输入molden文件，回车，12，0开始计算定量分析表面分析。计算完可以点击0进去图形界面。return关闭图形窗口。查看不同静电势区间内分子表面积，按9窗口直接关闭了
没有开始计算
A:
把你的molden文件给我
这个体系不小，你用multiwfn算静电势算了多久？
Q:
有半天吧
有时候8个小时左右
具体没记过，也有算一晚的
A:
体系这么大我也不好试
何不用高斯？60多个原子算个单点得到fch也很快，到时候cubegen来算静电势很快就完事了
Q:
这个是弱相互作用，高斯算DFT好慢的，我自己一个优化就得几天~
A:
优化你用ORCA，算单点拿B3LYP/6-31G**算一会儿的事
Q:
那我算能量用orca还是高斯
A:
借助cubegen的话，分子表面静电势几分钟就算完了
能量用ORCA，将级别再提升，比如PWPB95-D3/def2-QZVPP'完全算得动
Q:
还没用过cubegen，谢谢老师。
A:
Multiwfn手册4.12.7节有说明怎么借助Multiwfn+cubegen来做静电势的分子定量分子表面分析
Q:
恩恩，还有老师你看我现在的语句：! BLYP D3 def2-SVP def2-SVP/j GCP(DFT/SV(P)) Opt nopop
论坛帖子的GCP是这样的：!BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J pal4 nopop
我用帖子的方法提示错误，我把GCP放到后边就一直提示not implemented
我之前计算是用这个命令：! RI BLYP D3 def2-SVP def2-SVP/j Opt nopop
就没有提示任何错误、~
A:
不考虑gcp则对于这么小基组BSSE问题太大
帖子里的关键词在起码3.0.2版是绝对能用的
Q:
可是我用帖子的方法，提示错误。是不是gcp放的位置不对
A:
和位置无关
Q:
我参考手册把gcp放到后边! BLYP D3 def2-SVP def2-SVP/j GCP(DFT/SV(P)) Opt nopop
就一直提示not implemented
但是能算出个结果来
A:
SV(P)改成SVP
Q:
手册里是带括号的~
A:
按帖子里的写
Q:
我再原封a按帖子的演练一下
对了用不用加上ri
A:
不用
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2015.09.06 09:45:42
Q:
sob老师好，我在计算有机小分子间的弱相互作用，比如乙醇与乙醇之间的弱相互作用，用什么级别的方法基组比较合适？
opt和freq采用M062X/6-311++G**，单点能计算采用CCSD(T)/jul-cc-pVTZ+BSSE 可以吗？
哦，我一直都是用的gaussian，不会用orca
A:
可以。但优化时完全可以去掉弥散函数，省不少时间且不会令精度有可察觉的降低
如果乙醇数目很少，直接用完整的aug-cc-pVTZ就行，算不动再砍成jul
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2015.09.06 09:47:52
Q:
除了独立的NBO程序，有什么软件可以做NRT分析？
A:
只能用NBO
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2015.09.06 09:52:52
Q:
恩，好的，谢谢sob老师。那我再问一下，我在进行轨道分析、静电势、密度差图等分析时，是采用opt阶段得到的结果还是用高基组下单点能计算得到的结果？
A:
都一样。你拿opt最后一步的结构做单点得到的fch和opt任务最后的fch做这些分析结果是一样的
Q:
哦，这些结果分析跟计算的方法基组没有关系吗？
A:
有啊
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2015.09.06 09:59:09
Q:
[图片]http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=9348466
A:
不要发这种东西
太无聊
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2015.09.06 10:03:55
Q:
[图片]各位大神我想问下是模型确定了自旋多重度sextet 和quartet 还是sextet 和quartet确定的模型 MECP电子自旋交叉怎么回事哪位大神能简单粗暴的解答下
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
Q:
[图片]老师就是说两个势能面通过MECP下来吧
A:
恩
Q:
老师什么时候出现MECP 过渡金属吗我看文献过渡金属的都考虑了MECP
A:
有机分子也照样有，博文里有例子
涉及到自旋多重度的变化就得考虑
Q:
[图片]还有老师我用这个确定的模型的话它的自旋多重度是不是确定了
A:
严格来说是基态的自旋多重度确定了
----------------------------------------------------
2015.09.06 10:07:20
Q:
请问老师，我想用OVGF 进行光谱模拟，需要哪些必须要加的关键词命令？@Sobereva
A:
OVGF是算电离能的，运行时输入比如OVGF/6-31G*即可
----------------------------------------------------
2015.09.06 10:09:24
Q:
问1：老师，我优化一大分子的S1构型，看其收敛曲线不是最低点，后尝试int=ultrafine和opt=gdiis方法，还是不能优化到最低能量值，使用freq太过困难，现在还需要怎样尝试？
问2：老师，我优化时使用了calcall, 下一步计算频率怎样使用上一步的chk文件？毕竟calcall过程中已经计算了Hessian矩阵
A:
1 减小步长上限
2 优化使用了calcall则最后一步自动就做了freq
----------------------------------------------------
2015.09.06 10:13:57
Q:
sob老师，我请教一下，当在用MP2、CCSD等方法计算时，在进行一些静电势、密度差图、CDA等分析时，是不是必须在输入文件中添加density关键词？
[图片]这个百度一下就知道了吧
A:
是，否则是对HF波函数进行分析
但是对于G09 D.01，out=wfn的时候对于后HF方法默认就用了density关键词了
----------------------------------------------------
2015.09.06 10:16:24
Q:
老师，calcall计算后的Hessian矩阵没有记录在chk文件中吗？
A:
记录了
Q:
那怎样使用这些信息呢？我的freq计算需要单独文件
A:
freq=readfc
Q:
老师，我使用甲烷试了下，发现使用freq=readfc和freq后，虽然计算的频率一样，但频率后的正则坐标不相同，这是怎么回事？
A:
怎么不同？
Q:
[图片]
A:
分子朝向不一样
Q:
我是先计算opt,再计算freq的
是不是freq=readfc是不是opt后的朝向，而freq 是新的朝向？
A:
gv一看输出文件就知道了
Q:
[图片] 分子朝向是一样的，导出的gjf的坐标也完全相同
A:
振动矢量箭头和输出文件里的分量一对照就明白是怎么回事了
Q:
[图片]
对，他们的振动方向不同
但现在又有个问题，我是基于正则坐标调整结构来求解相关性质，现在构型相同但振动朝向不同。那么我加减正则坐标后的构型不是就不同的吗？
A:
会不同
但你给出的这种振动模式是简并的，可以将它们任意混合而不会影响振动频率，从图形上也看不出差别（改一下朝向就能重合）
Q:
老师的意思是因为这个分子高度对称，所以如果是C1的分子，应该能够调整朝向就能一样？
另，怎样更改分子的朝向？
A:
高对称体系有简并的不可约表示，你的1373的振动有多个，它们随意混合频率依然是1373，但是振动矢量的分量就不一样了。每次运行得到的都可能有所不同，但这并不影响物理意义。
----------------------------------------------------
2015.09.06 11:00:17
Q:
sob老师您用的IVF是什么版本呢是不是安装他的同时要安装微软的VS呢
A:
VS2008+IVF 2013
必须先装VS
Q:
还想请教sob老师一个问题，我看网上有人说，用高版本的VS 比如2012 2010这样的，编出的程序xp可能不认？这是真的么，这么说，用VS2008是最好的选择咯？
A:
不清楚，但有这个可能
也没必要用VS更高版本，越来越臃肿
Q:
嗯好的那我就VS 2008 IVF用这个版本可以么2013.2.149 应该是比较新的
A:
可
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2015.09.06 11:03:59
Q:
请问一下如何比较不同芳环的π电子离域程度，π电子离域程度越高是否对应的供电性和可极化性更强呢？有这方面的讨论吗？谢谢！[Emoticon]
A:
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
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2015.09.06 11:11:32
Q:
sob老师，我想问一下。我对C,O用的是6-31G(d),对Sc用的是Lanl2dz基组，以及对应的赝势。但是会出现inaccurate quadrature in caldsu。这是为什么？基组有什么不合适的吗？
对应的核势也是Lanl2dz
A:
scf=novaracc int=ultrafine
Q:
老师，这个具体为何的解释能在您的帖子或者高斯手册中查到吗？拜谢您刚才的解答
A:
[图片]
Q:
我之前看网上说，用到关键字int=ultrafine之后的能量不能和同一基组计算但是没有上述关键字的其他结构能量相互比较。老师，这个说法可有根据
A:
横向比较能量，要用int=ultrafine就都用
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2015.09.06 11:47:07
Q:
Sob老师，freq计算出来的自由能可以直接用于计算化学反应的自由能焓变吗？
A:
可以直接用于计算化学反应的自由能变
Q:
奥，好，谢谢老师
还有问题老师，我计算的PCM模型的输出文件中没有这些
[图片]
这是怎么回事呀
#p b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity scrf=(pcm,solvent=cyclohexane) sc
f=tight
这是我写的方法
A:
算自由能变，折算一下就行了
Q:
老师，我计算的PCM模型的输出文件中没有溶解自由能，是怎么回事呀
A:
PCM计算完的结果减去气相的结果就是溶解自由能
Q:
[图片]
我的输出结果中没有类似结果
A:
甭管这些
你用scrf=SMD得到的单点能减去不写它时候的单点能就完事了！
不同高斯版本、不同溶剂模型输出的信息不同
Q:
奥奥，得到的是自由能吗老师
A:
溶解自由能
Q:
奥，那老师SMD输出的单点能是能量，并不是吉布斯自由能吧
A:
不是
Q:
奥，那咱们用相减法计算出来的也应该是能量，只是近似把它作为溶解的自由能吗？
吉布斯自由能DeltaG
A:
溶液下的吉布斯自由能=气相下吉布斯自由能+溶解自由能
溶解自由能就是刚才相减得到的
Q:
电子的自由能等于零？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.09.06 12:10:33
Q:
输入文件%chk=21xts19.chk
%nprocshared=8
%mem=16GB
# IRC=（calcfc，maxpoint=200,stepsize=15) b3lyp/genecp
跑IRC输出文件CORRECTOR INTEGRATION CONVERGENCE:
Recorrection delta-x convergence threshold: 0.010000
Delta-x Convergence NOT Met
Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /home/dell/soft/g09/l123.exe at Sun Sep 6 07:30:18 2015.
Job cpu time: 2 days 12 hours 52 minutes 40.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 4018 Int= 0 D2E= 0 Chk= 44 Scr= 1
请问老师如何解决啊
A:
IRC里写上LQA
----------------------------------------------------
2015.09.06 12:57:48
Q:
the energy of the lowest vibrational level （E0,0） of the photoactive excited state 这个能量怎么求啊
A:
优化完激发态后做激发态振动分析，将激发态能量加上ZPE即可
----------------------------------------------------
2015.09.06 13:49:18
Q:
[图片]为什么这篇pdf的文字不能复制
[图片]
A:
先解密
Q:
好的老师谢谢啦
A:
群共享里传了个解密工具
----------------------------------------------------
2015.09.07 02:34:56
Q:
老师，我通过自由能变算出的电势是不是还要减去标准氢电极的电势4.44
A:
看你要的是绝对的电势值还是相对于标准氢电极的，这个随你
----------------------------------------------------
2015.09.07 02:34:56
Q:
请问，def2-TZVP和6-311+G*,这两个基组哪个大？
A:
前者大。但一个有弥散函数一个没有，故在级别上没有可比性
----------------------------------------------------
2015.09.07 02:34:56
Q:
正在学用Multiwfn计算ELF，计算的最后一步ELF value at CP n(如苯的23），看结果是有另外的输出文件吗？计算之后没看到有结果出来。找不到那里出错了，请大神解答一下[Emoticon]
A:
我不清楚你说的具体是哪步。考察ELF的方式太多了
----------------------------------------------------
2015.09.07 02:34:56
Q:
老师，有64位的windows高斯09么
老师，有64位的windows高斯09么
A:
网上没有，你得自己买
----------------------------------------------------
2015.09.07 02:34:56
Q:
那么范德华作用主导的情况用Multiwfn可以实现哪些分析功能
A:
RDG
----------------------------------------------------
2015.09.07 02:34:56
Q:
分子表面静电势分析适合氢键、二氢键之类的比较强的弱相互作用吗？
范德华作用能用静电势分析吗？
A:
极为适合。静电主导的弱相互作用都能用静电势来讨论
----------------------------------------------------
2015.09.07 04:31:09
Q:
所以说学理工科的都是穷人家小孩富二代都去学历史哲学这种看上去无用的专业了。
A:
“学理工科的都是穷人家小孩富二代都去学历史哲学这种看上去无用的专业了”
这不一定
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2015.09.07 08:52:49
Q:
求助，aug-cc-pvt(d)z这个基组在命令行中怎么写啊？
sorry，按了好多空格
A:
如果你是指aug-cc-pV(T+d)Z，到EMSL上去找定义
Q:
哦，我看文献中就写了aug-cc-pV(d)Z，呵呵，我去找找，谢谢Sob老师
A:
没有aug-cc-pV(d)Z这种写法
----------------------------------------------------
2015.09.07 08:58:00
Q:
[图片]这个会议通知好仓促啊
A:
是比较小型的会议
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:05:44
Q:
老师，模拟有机分子的三维尺寸，也就是希望知道一个有机分子的长宽高，用什么软件可以做啊？
A:
自行量一下
Q:
自行量？老师这个是什么意思，不太明白
A:
动脑筋
Q:
multiwfn中有一个功能，是可以算分子的体积的，好像还可以给出一个半径
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:10:49
Q:
各种程序生成wfn文件怎么识别这个轨道是不是占据的呢？就是按照能量低的轨道依次往上数么？
我有个模块，占据非占据混在一起了。
A:
量化程序里轨道是占据的在wfn文件里自然也就是占据的
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:23:36
A:
[图片]
这是规矩，规章制度写得很清楚
Q:
既然群主这么狭隘，把一个语气词上升到这个高度，那只好不玩了。
A:
╮(╯▽╰)╭
不是是否狭隘的问题，是对回复者的保护
Q:
好一个群规，好一个山大王。
[图片]
A:
这么理解才叫狭隘
Q:
...我觉得不喜欢可以离开嘛
玩了十几年的量化，第一次遇到这样的群主，把个人的观点上升为群规
A:
不是要离开么，还这么恋恋不舍
Q:
马上就撤
A:
[Emoticon]
Q:
没什么可以说的
没人强制
怎么了？
这是怎么了呀？
有规定就遵守
御风而行，我上过老师的课，见过本人，他人很很好的。你可能误解了，有误会
A:
他非要说不能用好吧开头是个人偏激
Q:
老师，没事的，他冷静一下就没事了。
我所听到关于教养最简单的解释就是, 不妨碍别人, 不让别人感到不适
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=334帖子强调过，无论是否是有意的，用“好吧”开头体现出对回复者一种不屑的表现，容易让回复者很心寒
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:23:44
Q:
用什么标准筛
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:24:50
Q:
老师您好，请问OVGF 得到的输出文件是否像其他输出文件一样正常结束便是正常结束？
输出文件中有哪些关键信息需要查看？@Sobereva
A:
是
电离能取Outer Valence Approximation就行了
Q:
需要看相应的轨道跃迁吗？@Sobereva
A:
根本不牵扯到什么轨道跃迁
Q:
[图片] 这个信息在输出文件有很多个，应该看哪个？麻烦老师了！
A:
你讨论从哪个轨道电离你就看哪个对应的输出
Q:
[图片]
A:
默认会输出最高几个占据轨道的
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:29:57
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
凭直觉猜可能的结构，然后优化
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:32:56
Q:
[图片] 这个是正常结束吗？还是断掉了？谢谢老师
A:
如果这就是最终信息了肯定是断了
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:32:56
Q:
老师，趁你在想请教一下，反应的中间产物除了实验测得外，我做理论计算该去如何寻找？
我知道反应的最后产物，是不是就往产物靠，一直推测到产物？
我做的是甲醇和氮氧化物反应，我是不是能借鉴甲醇的燃烧氧化机理中间的产物来类比着去猜？
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.09.07 09:36:37
Q:
老师，我使用opt=calcall都不能使体系的能量最低，是不是已经没有再进一步计算的必要了？
A:
什么叫不能最低？
----------------------------------------------------
2015.09.07 10:21:12
Q:
Sob老师，百度云上Gaussian09-D01的zip，rar两个文件，，内容有什么不一样吗？
A:
你出链接，想不起来了
可能一个是Windows一个是linux吧
Q:
http://pan.baidu.com/share/link?shareid=2239785897&uk=1074012119
[图片]
A:
显然rar的是windows
Q:
昂~
A:
rar在Linux下自带的工具没法解压，所以linux的程序我都用zip包
----------------------------------------------------
2015.09.07 10:37:07
Q:
请教一下用WinSCP上传文件到服务器时，文件列表中不显示.hessian .car .mdf文件是怎么回事要怎么处理？[Emoticon]
A:
开头是.代表隐藏文件
通过一些设置可能能显示
Q:
谢谢sob老师是不是应该设置WinSCP显示隐藏文件
A:
找找选项吧，我不用那个，可能有相应的选项
----------------------------------------------------
2015.09.07 11:20:37
Q:
sob老师 RDG展示弱作用可以展示F-F之间的么
A:
可以
是哪种F-F？如果是比如卤键那种可以
如果是F2的化学键则不合适
Q:
嗯谢谢老师就是说氟气分析不适合
[图片]
这种就可以
A:
(F2)2的F---F这样没问题，你图中的也没问题，只是不能分析F-F形成的化学键（被称为电荷转移键）
----------------------------------------------------
2015.09.07 11:34:05
Q:
sob老师我做的质子转移是双质子转移，频率震动一个振幅较大，另一个轻微震动，请问这样可以吗
A:
走走IRC，如果合理就没问题
----------------------------------------------------
2015.09.07 11:43:14
Q:
想请教一个关于FED frontier electron density前沿电子密度计算的问题。文献中提到是HOMO和LUMO的Cri平和的加和。见下图：[图片]我用M062x/6-31g+(d,p)算完后，发现56是HOMO轨道，这里面从1s,2s,2PX,2Py,2Pz,一直到4s,5s,..7s,7px,7py,等。我想知道的是，要把这些平方后加起来，是只加到2pz，还是一直到加到7px 7py 7pz。？？？这个问题一直不得其解。文献中也都语焉不详。或者直接用PM6等半经验方法，那就没有这些3s、4s了。[图片]
还请指导一下。多谢。
[图片]
[图片]
A:
你用了弥散函数，此时再去这么加和已经没有意义了，你的做法相当于SCPA方法计算轨道成份，这种方法不能用在有弥散函数的情况下。
貌似你是想得到每个原子在HOMO和LUMO轨道上的布居数，完全不需要手算，你用Multiwfn基于Becke或Hirshfeld方法做HOMO和LUMO的轨道成份分析，将原子对这两个轨道的贡献加和就行了。
另外文中这种说法不妥，不应该叫前线电子密度，而应该叫前线电子布居数。因为密度是三维的函数。
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2015.09.07 11:43:26
Q:
对了老师，F---F卤素之间的这个弱作用也是跟氢键一样应该出现在氢键的区域里吧
氢键的散点图
A:
对
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2015.09.07 11:47:44
Q:
咨询下 Molpro 的价格，请知情的大侠帮下忙！ [Emoticon]
A:
以前印象中是4万RMB左右
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2015.09.07 11:48:15
Q:
各位老师好，[图片]dmol中的这种图是翻译成“红外振动谱”呢？还是翻译成“红外振动光谱”？
A:
都可以
Q:
恩，谢谢sober老师，还有前两天突然发现的一个问题，就是dmol中的频率单位为何是（1/cm）呢？[图片]（1/cm）平常貌似都是波数的单位，这些天百思不得其解，谢谢sober老师哈
A:
写的是频率还是波数一回事。一看单位就知道了。
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2015.09.07 12:52:35
Q:
The relative energy parameter
英文出来就知道你要干啥
哎我就问你哪个词不懂啊
relative energy parameter 相对能量参数 ....[Emoticon]
都知道。。但不知道连起来怎么翻译好
A:
[图片]
google翻译都翻译得挺好
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2015.09.07 16:28:16
Q:
大家好！请问做二面角柔性扫描时出现错误:error termination via lnkle in f\g09w\l103.exe 应该怎么解决？我减小步长试了还是出问题，谢谢大家
A:
尝试不同的扫描定义方式
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2015.09.07 16:29:42
Q:
sob老师，我做的过渡态是双质子转移，但是TS优化结果频率震动显示一个是正常大幅度振动，但另一个质子是轻微振动，请问轻微振动那个质子有问题嘛
A:
回复过了，看IRC
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2015.09.07 17:10:34
Q:
sob老师，我想获取小分子有机物（草酸）的力场参数（opls）,您能提供一些途径吗？
A:
MKTOP（http://www.aribeiro.net.br/mktop/）
Q:
[图片]
大概应该怎样用呢
不好意思，有点麻烦您了
A:
就是个perl脚本，命令行方式使用，具体指令我忘了
Q:
需要在linux系统下运行吗
工科要朝我合作
A:
需
PS：字号别超过13
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2015.09.07 17:21:22
Q:
vmd怎么打不开pdb文件了@Sobereva
谢谢老师
启动VMD，然后把furan.pdb、surfanalysis.pdb和vtx.pdb按顺序依次拖动到VMD主窗口里(VMD Main)，它们的ID将分别是0、1、2。
A:
如果载入失败，命令行窗口有提示
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2015.09.07 17:27:58
Q:
我想问下 qm/mm计算前把pdb文件中原子进行分组成qm部分和mm部分，其中mm部分包含 flexible mm 和 fixed mm 两部分，并且对体系要再进行charge group的选择，应该就是说的切割成fragment吧，这些工作，我要用什么软件能完成呢？
A:
哪个pdb显示不出来？
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2015.09.08 04:00:38
Q:
老师，DOS图上态密度正值是成键轨道，负值是反键轨道么？
A:
对于OPDOS才能这么说。而且成键反键必须先明确是对于哪两个片段而言的。
2015-09-08 4:00:49
[图片] 删除群动态04:00:50
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2015.09.08 04:00:38
Q:
请问：是不是Gromacs自带的OPLS力场参数应该和所用采用OPLS力场的文献中所用的力场参数值相同
只要力场形式一样的话力场参数就应该是一样的吧？
A:
力场形式一样和参数一样是两码事。前者只是力场函数形式，gromos、opls、amber等简单力场用的形式都差不多。参数差异就大了。gmx自带的OPLS力场的参数肯定能和原文对应上
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2015.09.08 04:00:38
Q:
[图片] 老师，你这里的能量密度E是指哪个值？下面这个图中是AIM分析出来的，一种就有好几个能量密度。[图片]
A:
Statile multiwfn做AIM拓扑分析得到CP属性的输出里明确有energy density一项。其它AIM程序的输出别问我。
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2015.09.08 04:00:38
Q:
是正常结束了，但是没有生成wfn文件
A:
末尾空一行写上wfn文件的输出路径。multiwfn手册第四章开头就有说明。
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2015.09.08 04:00:38
Q:
高精度计算一个结构的能量用什么样的基组呢
A:
应当大于等于def2-TZVP
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2015.09.08 04:00:38
Q:
2甲醇+甲醛=多聚甲醛
这个反应的过渡态应该怎么算？
这个过渡态曲线感觉很有问题
A:
先根据结构构思出机理，然后猜个相应过渡态去找过渡态就行了
Q:
老师，对于多聚物，在做优化结构计算的时候把它做周期性就可以吧？
我需要算下多聚甲醛的光学性质
这是这个物质的单分子构型[图片]
A:
可以当成周期性来算，也可以拿量化程序计算不同聚合度的情况然后去外推到无限长的情况
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2015.09.08 04:00:38
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
你看的都是很老版本的帖子了，要看就到sobereva.com去看：
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
我的博文都是经常更新的，Multiwfn出了新版本会相应地更新相关博文，网上其它地方转载的都是老版本，所以绝对不要在其它网站上看。
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2015.09.08 04:00:38
Q:
sob老师，您好，对于E:\MD1\gromacs\gromacs-4.5-x64\share\gromacs\top\oplsaa.ff下的[图片]这两个文件夹，力场参数为什么不一样呢（电荷量）[图片][图片]
按理来说，tip5p.itp文件中的力场参数是从ffnonbond参数中来的对吗
A:
如果你用tip5p，那么原子电荷是从tip5p.itp里来的
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2015.09.08 04:00:38
Q:
请问下大家，gaussian09不同方法计算的单点能有计算误差？
“Such models have been developed to achieve a target accuracy of 士2 kcal/mor with respect to experiment for quantities such as atomization energies and ionization potentials. This corresponds to about 士0.1 eV or 士0.003 Hartree."
copy问题，士2 kcal/mol
A:
当然有误差了。误差在2kcal/mol已经算是精度较高的方法了。
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2015.09.08 06:02:57
Q:
在我印象中，您似乎发过一篇电荷计算的英文文章，刚才搜了一下，没找到。能否告诉我文章的标题？
A:
如果是ADCH电荷的原文，刚才传群共享了
Q:
已经看到，我之前好像实在那里看到篇不同电荷计算的英文论文，好像是你的。
A:
那就没有了，电荷对比的是发在物化学报的，中文的
Q:
你有一篇中文的关于电荷计算的文章
那可能是我记错了
非常感谢你发过来的ADCH的文献。
A:
这也有一篇wiberg发的电荷对比的文章，但是测试的方法和测试内容没物化学报那篇那么全面
Journal of Computational Chemistry, Vol. 14, No. 12,1504-1518 (1993)
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2015.09.08 08:34:09
Q:
请教sob老师，130个原子，算能量和BSSE，有氢键和pi-pi作用，这套m062x/6-311g(d,p)可以吗？我知道加+弥散更好，但时间增加三四倍。。
A:
m062x/6-311g(d,p)可以
Q:
太感谢sob老师了，那我就放心用了！！[图片]
A:
2-zeta提升到3-zeta对于弱相互作用的描述绝非徒劳
Q:
我觉得也是得311
A:
3-zeta本身有半弥散特征，还把2-zeta对价层的描述改进了。
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2015.09.08 08:36:51
Q:
老师，对于加了赝势基组的构型，SCF不收敛有没有什么特殊的关键词？我已经阅读过您的相关博客了
A:
并没有特殊的
Q:
B3LYP/gen
是不是我应该先用HF计算，然后使用泛函呢
A:
既然是小分子，就别用那么low的了
不过顺带一提，M062X对于pi-pi有时好有时不好，比如苯平行二聚体的作用能就不好。加了D3可以消除此问题（算单点时应当加上。优化的时候倒是无所谓，有时加了D3收敛会变困难）
既然是赝势基组，得genecp
用不着HF
Q:
我把博客里前三个关键词都写上了，但愿能够成功收敛
每次都是优化了两三圈就收敛失败了
A:
这和体系关系也很大，有的体系，尤其是有些构建得很不合理的体系、非平衡结构，本身就是难收敛
Q:
老师，那这样的情况就是得修改构型了吧
A:
如果几种泛函、基组你都发现很难收敛，用那些帮助收敛的关键词也不好解决，就有可能是体系原因了，看看构型是否合理，包括体系的组成本身是否合理
Q:
老师，那对称性高对于收敛困难也是有影响的吧
A:
体系本身对称性高，那你在高对称性下计算可能更容易收敛。但如果体系本身对称性没那么高，非要强制在高对称性下计算，可能造成不容易收敛。
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2015.09.08 08:51:31
Q:
sob老师，我做的过渡态对应的反应物结构基本一样，但是键长不一样，这样可以吗
A:
过渡态和反应物只是键长不一样？
Q:
对啊，结构是一样的
A:
走IRC，走得通就对
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2015.09.08 09:04:11
Q:
老师，还是昨晚的问题，就是OPDOS是怎么计算的？已知DOS的横纵坐标，用origin画的PDOS，怎么做计算OPDOS？
A:
看你的程序了
Multiwfn画OPDOS在培训班上讲过，第一性原理程序有的也能算OPDOS
Q:
那我去查手册，我用pwscf计算的PDOS，谢谢老师！
还有，您所说的“而且成键反键必须先明确是对于哪两个片段而言的。”意思是加入我要算一个O2分子，那讨论的成键反键必须是针对两个O的p轨道是么？
A:
不是那个意思。比如体系是A-B-C，某个轨道可能对于A-B起到成键作用，对于B-C起到反键作用。所以得先确定怎么划分的片段，OPDOS是对于两个片段而言的。
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2015.09.08 09:06:22
Q:
Sob老师，你好，B3LYP/6-311++G**计算C-O键均裂键能为23 kcal/mol。在100度的温度下能均裂吗？
A:
裂不了
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2015.09.08 10:32:22
Q:
请教，我在win7系统下安装的CVF6.5，但是没办法运行，我换成CVF6.6也不行，怎么办呢？
哦，XP 系统可以运行
IVF是免费的吧？
A:
win7对CVF兼容性有问题，有时能用有时用不了，最好就是换IVF，编译出来的程序速度更快还支持openMP
----------------------------------------------------
2015.09.08 10:34:18
Q:
我想请教一下大家，激发态是只针对电子吗？还有超快非绝热他们的研究对象是谁？
A:
一般说的激发态就是对电子而言。也有振动激发态，就是对于原子核运动的问题了。
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2015.09.08 10:34:18
Q:
请教大家，对于ONIOM(b3lyp-d3:pm6)，那么执行路径行是# oniom(b3lyp/genecp:pm6) sp empiricaldispersion=gd3bj 还是# oniom(b3lyp empiricaldispersion=gd3bj/genecp:pm6) sp ？
说明书里没找到~
A:
自行试一下就知道了。或者直接问高斯客服。手册没法把所有情况都考虑周全。
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2015.09.08 10:51:13
Q:
老师，对于W这样的原子有六个，赝势就不需要太高的了吧
[图片]
老师，这个可以不
A:
机子烂就用lanl2DZ，这是底限。好点就用lanl2TZ或SDD
Q:
不是机子烂，而是钨原子有点儿多
六个
A:
和原子多少没关系。
什么计算条件取决于你的计算能力和计算目的。
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2015.09.08 11:14:34
Q:
请教下，赝势基组里面的指数和系数可以部分删除吗?如果想修改基组的话，有什么教程可以参考吗
A:
当然不能删
基组不能乱改
可参考
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
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2015.09.08 11:45:13
Q:
对于过渡金属配合物形成的复合物，可能有静电作用力，范德华力之类的非共价作用，想用RDG分析，那么M06，M06-2X哪个更合适？是否有其它更好的泛函？
以及是否有其它计算量较小的分析方法？
AIM应该可以
A:
M06
RDG、AIM分析计算量都不大
Q:
好的
A:
Hirshfeld surface分析也可以，不过那个用在分子晶体分析上更多一些
Q:
用PBE0计算S0->Sn和S0->跃迁，用M06计算RDG和AIM应该合理吧
A:
可以
其实RDG、AIM分析对泛函的选择并不敏感，这都无关紧要
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2015.09.08 11:47:28
Q:
Hirshfeld surface不能分析晶体中中性配合物分子之间的弱作用吗？
A:
可以分析
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2015.09.08 11:48:40
Q:
老师,请问，在CDA分析的时候,总的r值为负,能说明两个碎片间没有成键作用么?我看CDA的说明里有[图片],意思是说,r总是为负的是么?
是不是只有在分析轨道组成里的r值的正负,才能判断轨道间的相互作用是有利于成键还是反,非键?
谢谢老师
A:
这是因为电子之间有pauli互斥，所以r总和总是负的
Q:
请问,是不是这个里面的r可以判断轨道间的相互作用是有利于成键还是反,非键?
谢谢老师.
[图片]
A:
Multiwfn用的广义化的CDA的形式其实r就等于Mulliken方式计算的片段轨道间的重叠布居，对于两个原子而言就相当于mulliken键级。为正是成键作用，为负是反键作用
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2015.09.08 13:39:58
Q:
请教一个VMD的问题。我想在制作动画的时候，当原子进入到一个特定的区域的时候，其显示方式变成 cpk模式，在未进入这个区域的时候，其显示形式是line，这个在VMD中如何才能实现！
A:
设定selected atoms的时候你用几何范围方式来选择，并且选上[图片]
Q:
这个“并且选上”不是很了解，Sob你有一篇博文，利用VMD显示离子的运动轨迹。我想是不是需要像博文上讲到的编个脚本！
A:
若在selected atom里能用几何变量描述出你说的那个区域就不需要写脚本
如果情况复杂才需要tcl脚本，即建立个函数去跟踪帧号的变化，帧号一变，就调用那个函数里的显示方式设定语句进行显示方式的调节。
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2015.09.08 13:58:59
Q:
老师，您好请问在弱相互做用的两个体系里，怎么看是那些原子间相互作用了啊？谢谢
A:
作RDG图，看弱相互作用区域等值面主要涉及哪些原子
也有些能量分解可以分解成原子对儿贡献，比如IQA、Mayer能量分解。分子力场的基于原子电荷的库仑作用能、LJ势、DFT-D3色散校正等等也都是写成原子对儿加和的。
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2015.09.08 14:51:29
Q:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/asia.200800226/abstract?systemMessage=Wiley+Online+Library+and+related+systems+will+have+3+hours+of+downtime+on+Saturday+12th+September+2015+from+10%3A00-13%3A00+BST+%2F+05%3A00-08%3A00+EDT+%2F+17%3A00-20%3A00+SGT+for+essential+maintenance.++Apologies+for+the+inconvenience.请问谁可以帮忙下到这篇文献呢?谢谢
[Emoticon],主要是我真的下不到啊
A:
怎么可能下不到
http://onlinelibrary.wiley.com.sci-hub.org/doi/10.1002/asia.200800226/abstract
群规里写得很清楚
abstract后面的?system...一大串要去掉
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2015.09.08 15:02:07
Q:
sob老师，我想生成wfn文件，这是输入文件%chk=D:\G09W\shiyan1\c2h0.chk
# b3lyp/6-31g opt freq out=wfn
Title Card Required
0 1
O 0.49504953 0.81683167 0.00000000
H 1.45504953 0.81683167 0.00000000
H 0.17459494 1.72176750 0.00000000 计算出错 Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in D:\G09W\l9999.exe at Tue Sep 08 14:57:07 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 3.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1这是什么原因呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.08 15:04:59
Q:
老师计算离子化能是不是直接两结构的电子能量相减就OK了？
A:
看你算垂直的还是绝热的
Q:
垂直的
A:
中性结构下用+1态的能量减去中性态能量
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2015.09.08 16:14:48
Q:
问一下multiwfn能计算bcp的电子密度等参数吗
A:
of course
超easy，超快
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2015.09.08 16:17:52
Q:
优化过程中出现了L502错误请问一下想看一下优化过程中的震荡曲线怎么看[Emoticon]
各位同仁，想咨询一下，同样配置的塔式服务器和刀片服务器在性能上有什么差异或者优劣。
A:
性能并无差异，刀片的主要优势是高密度
Q:
单路2CPU，16个核心，加GPU，完全够用。
GPU一块 2W多的卡能用几年？
K20C，13000元可以买到。
主要是怕，用2-3年就坏了。 CPU大约能用10来年
以前芯片设计寿命每天8小时用5-10年现在不知道
GPU有这么容易坏？
双路塔式最佳选择，塔式的散热是机架无法比拟的
只要你愿意搞水冷液氮冷却，超频也是可以的
A:
就买一两台、两三台机子的话用塔式的很好，散热好而且扩展性强，也占不了多少地方。
要求高密度可以弄个四子星的。
Q:
四子星不错，四2699v3
顶配
四路是不错，就是价格好贵
问一个专业点的问题，amber力场的键伸缩能势函数是什么形式？莫斯函数？还是谐振子？
话说我10年以后买的显卡都快坏了但是98年的显卡还是好的真是醉了
A:
GPU的寿命不需要担心，顶多是周围电子元件个别坏了修修就行，GPU芯片本身坏不了
Q:
现在位置有，就是机子和学生可能要在一间，考虑到散热，所以考虑塔式，但是对塔式和刀片的差异不太懂，因为以前都是用刀片机，没接触过12核以上的塔式机。
A:
98年那时候显卡设计简单、发热量小，出故障的几率自然也低
Q:
芯片会疯我的声卡的一片fpga 就疯了
是的
借 sob吉言，以后试试搞GPU ，说是能提高2-3倍的速度
不止
10倍以上的速度
98年的显卡s800 后来当音频效果器用了所以现在还在用
A:
正常情况下芯片不会坏的。我收藏的超过20年的古董都还能用
Q:
10倍？这夸张了吧？真的这么强？那大家每台机子上2快GPU 多花几年，一台都够用了啊
能借塔式双路机的配置参考下吗
A:
S800-PCI在收藏市场上曾经价格飚得很高
Q:
可以啊，私聊
吼吼这群里还有人知道这件事
A:
我也是老藏友了，AGP版不值钱
Q:
现在还有PCI接口吗
[Emoticon]
哈哈那篇显卡编效果器的文章是我写的
看来好多人都有点硬件控
A:
这是我以前收的S800 AGP
[图片]
Q:
20年前你18岁开始玩硬件@Sobereva
有人用agp的也搞成功了
我用的pci的
A:
有AGP和PCI的，几乎都是PCI值钱
Q:
说起来是2004年的事了
我偷偷的把淘宝的3张pci都买走了然后发了篇文章给soomal
A:
可惜帝都以及整体收藏环境不好，大概从08年就没再收藏了
Q:
那已经收藏了好多宝贝了！
08年以后的硬件没什么调调了
长得也不好看
A:
是的，一对大盒子全是卡
Q:
我觉得CPU可能真有收藏价值。
A:
一堆大盒子全是卡
Q:
电子垃圾不具收藏价值
A:
我感觉从Gefore 5xxx开始，就没什么好收的了。PCI-E时代的卡真心爱不起来
Q:
是的
我最喜欢的硬件是一块yamaha的sw1000xg卡
如果sob老师喜欢玩dos时代的游戏一定知道这东西的价值
声卡@pyncell-eric
A:
硬件风云想必你也去吧
Q:
Poincare-Hopf relationship is not satisfied[Emoticon]
sw1000xg是当时最完整的xg音色库26MB
后来网上出现过一块plg150vl只卖300被一个资深收藏者买走了
A:
其实对雅马哈的东西我没那么关注
Q:
雅马哈声卡除了综合音源和合成器也没什么了
A:
虽然喜欢MIDI，但还没痴迷很深
我也就是弄个VSC88、SYXG50软波表就能满足的
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2015.09.08 16:53:59
Q:
各位老师同学好，本人初学者，请问分子的四级矩怎么算，一般看Qzz是么，例如对于苯环，在不同位置上放置相同的取代基后，四级矩感觉不具有什么可比性，这是什么情况，最后请问，四级矩在什么情况下可以用
不是，就是简单地想算下四极矩，用来解释一些现象，文献里面有很多给出了四极矩的数值，比如说苯环及六氟苯，四极矩数值都是正确的，但是一旦自己做其他的位置上不对称地放置取代基时，时正时负，实在是不明白为什么会这样，因为从来没做过四极矩，很多问题都不懂@平凡之路
A:
puppy love 对于苯不同取代情况，整个分子四极矩不好比。与其比它还不如考察静电势或原子电荷之类，这更为直观、全面
看哪个分量取决于分子的朝向。
毕竟你的取代基本身特征会很明显地影响四极矩
----------------------------------------------------
2015.09.08 16:55:31
Q:
老师，我想算些气体小分子在石墨烯上的反应，建了包含42个C原子的石墨烯表面，您觉得用B3LYP和M06-2X哪个方法更合适？还有基组您能推荐下吗，我初步用B3LYP/6-31G**进行结构优化，在我的机器上大约4个小时算完，谢谢
A:
M06-2X。基组6-31G**没问题。
----------------------------------------------------
2015.09.08 17:01:47
Q:
老师您好，请问在结合VDW做密度差图时，请问输出的density.cub文件里面应该是含有结构的哦？为什么我做出来的图只有电荷密度差变化，却不能显示原来的分子？[图片]请问老师这个我应该如何解决呢？
A:
什么叫结合VDW？
density.cub开头就记录了原子坐标。估计是你没有设定用于显示分子结构的representation
Q:
此时建议用选项6的方式设定初猜点。这种设定方式比较野蛮但是可靠强大。老师用这个选项会很慢吗
A:
你试试就知道，和体系大小有关系
Q:
好的
A:
而且6当中你也可以设定每个原子附近撒多少初猜点，默认是1000，你也可以改大或改小
----------------------------------------------------
2015.09.08 17:04:28
Q:
请教各位高手，高斯在计算活化能时使用自由能
Sum of electronic and thermal Free Energies=
但用orca做完频率分析后有下面这些数据------------
INNER ENERGY
------------
Summary of contributions to the inner energy U:
Electronic energy ...
Zero point energy ...
Thermal vibrational correction ...
Thermal rotational correction ...
Thermal translational correction ...
-----------------------------------------------------------------------
Total thermal energy
Summary of corrections to the electronic energy:
(perhaps to be used in another calculation)
Total thermal correction
Non-thermal (ZPE) correction
----------------------------------------------------------------------
Total correction
--------
ENTHALPY
--------
Total free energy
Thermal Enthalpy correction
-----------------------------------------------------------------------
Total Enthalpy
ENTROPY
------
Electronic entropy
Vibrational entropy
Rotational entropy
Translational entropy
-----------------------------------------------------------------------
Final entropy term
-------------------
GIBBS FREE ENTHALPY
-------------------
Total enthalpy
Total entropy correction
-----------------------------------------------------------------------
Final Gibbs free enthalpy
我应该用哪些数据怎么计算过渡态的自由能？
A:
你拿个很简单的分子，在HF下用两个程序都算一下对比结果就知道了。
----------------------------------------------------
2015.09.08 17:09:24
Q:
sob老师，跑IRC对应的产物，结构差不多，键长不一样可以吗
A:
可，从IRC和结构上你看着对就对
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2015.09.08 17:09:48
Q:
sob老师高斯和orca在有的方面做的近似不是不太一样吗？可以用简单分子用同样的方法计算之后进行比较吗？
A:
不同程序用HF可比性比较强，因为不涉及DFT那样积分格点的设定
Q:
好的我试下
A:
只要收敛限设得较严，基组定义严格一致（特别是注意笛卡尔型和球谐型的差异，不同程序默认不一样），那么结果基本可以精确对上
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2015.09.08 17:16:11
Q:
如果对于一系列环上不同取代基，计算过渡态和反应物之间的能垒，这个数值能够与分子的什么性质关联起来
比如说是前面提到的分子四级矩，空间最大静电势可以么
A:
四极矩对于结构稍微复杂点的分子都没多大用，因为这是电子分布非常低阶的描述。
反应能垒你可以考察原子电荷，比如刚往群共享里传了一篇，势垒和发生反应的原子的Hirshfeld电荷有密切相关性。另外也可以考察平均局部离子化能、分子表面静电势（特别是发生反应的原子的局部表面的静电势平均值）、亲电/亲核指数（以及局部亲电/亲核指数）等等
2015-09-08 17:16:58
[图片] 删除群动态17:16:58
2015-09-08 17:17:00
[图片] 删除群动态17:17:00
2015-09-08 17:17:09
[图片] 删除群动态17:17:09
Q:
谢谢老师！@sobereva
A:
[图片]
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2015.09.08 17:20:08
Q:
请问高斯当中的耦合常数-coupling constants怎么计算的
A:
什么耦合常数？
Q:
obtain both magnetic shieldings and coupling constants
好像是通过nmr核磁共振
A:
NMR=spinspin
Q:
我试试们谢谢
那请问nmr=mixed 这个关键词是干啥的，sob老师
老师好，我使用了NMR=spinspin，我没在log文件搜到耦合常数这几个词
A:
使得一般基组也能得到合理的耦合常数值，否则你就得用专用的基组，比如IGLO-III、pcJ系列基组
Q:
[图片]
谢谢
A:
[图片]
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2015.09.08 18:03:08
Q:
请问一下，除了Gaussian的ADMP关键词，还有什么软件也可以做ab initio MD？而且并行效果很好的？
A:
CPMD、CP2K、Dmol3、VASP、Quantum espresso、ORCA、NWChem、DeMon2k等等多了去了
Q:
……弱弱问一下CP2K好上手吗
噢，忘了说了，还可以能够支持弱作用校正的
A:
CP2K做AIMD的文章很多，有不少档次很高的。不过我没亲自用过，普遍反映手册比较差。
如果是分子体系，Dmol3肯定能满足你的要求而且容易上手
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2015.09.08 19:06:47
Q:
老师：您好！我有一个全金属(Sb,Au)的体系，带三个单位的负电荷，方法和基组是b3lyp,sdd.但是出现如下错误，请问老师您的建议是[图片]
A:
输入文件写法不对
Q:
[图片]
输入文件如下，老师您怎么看？
A:
别写pseudo=read
noraman是多余的
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2015.09.08 19:24:37
Q:
老师SDD是什么
A:
讲义上讲赝势的部分介绍了
Q:
SDD=固态硬盘？
A:
那是SSD
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2015.09.08 19:26:21
Q:
sob老师您好，您曾经写过的xtd2xyz脚本，运行之后提示不支持周期系统，（Cannot operate upon infinite SymmetrySystem (function/property "Atoms") at -e line 42），请问现在可以解决么 @Sobereva
A:
应该不是周期性问题，而是对称性问题。
Q:
Forcite动力学模拟的时候都是没有对称性的呀
第42行是这样的
my $atoms = $doc->Atoms;
A:
反正我以前能用，应该不是周期性的事，这点已经考虑了
Q:
会不是和MS版本有关我是 7.0
A:
probably
Q:
sob 老师 ->Atoms 这个Atoms 是不是指轨迹中对于原子的名称叫 Atoms，是不是7.0版本里不叫这个名字了
trj那个文件没法文本查看
A:
你去看看help吧，里面介绍了变量名那些东西，我都忘了
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2015.09.08 19:50:37
Q:
求助文献http://www.nature.com/nature/journal/v514/n7523/full/nature13795.html
A:
[图片]
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2015.09.08 19:53:02
Q:
老师：您觉得我的这个全金属(Sb,Au)的体系，带三个单位的负电荷，方法和基组是b3lyp,sdd.，您觉得合适吗？从精度和速度来看，
A:
几何优化这种目的基本合适
Q:
恩[Emoticon]，好的谢谢老师[Emoticon][Emoticon]
老师：您好！优化错误终止在103，说是超出梯度范围[图片]，这种问题该怎样解决呢？
A:
看最后一步几何结构是否合理
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2015.09.09 03:47:05
Q:
老师，您帖子中提到的PBE38和PBE0-1/3泛函在高斯09中的输入形式是什么？
A:
PBE38对应于PBEPBE IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250)
PBE1/3对应于PBEPBE IOp(3/76=1000003333) IOp(3/77=0666706667)
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2015.09.09 03:47:05
Q:
你可以随便画个氯苯，优化，频率分析后，用NBO 程序算算NPA
这还是没正视出现问题的原因。
因为算电荷时，不管用什么方法，但最好还是符合一些化学直觉。
A:
“Cl的NBO”这个形容本身就有问题
B3LYP/6-31G*下Cl的NPA电荷是-0.01是合理的。这不能光看电负性，电负性只是影响sigma电子的诱导效应，但Cl还和苯环有共轭效应，应当分开考虑。
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2015.09.09 03:47:05
Q:
假设总是能达到有优化收敛，那么opt和opt(maxstep=3)的结果应该没有明显区别吧？
A:
对
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2015.09.09 03:47:05
Q:
[图片] 老师我这个老成键我该怎么办呢
A:
Chan mouse-add/remove bonds，点那两个原子取消成键
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2015.09.09 04:24:19
A:
上个月波函数分析培训班的时候好几个人问这图出自哪篇，当时还没发表，现在正好文章刚接收http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2015/ra/c5ra17148b
[图片]
Q:
厉害厉害.....
A:
还有这个DOS图也好几个人问是哪篇的，也是刚才说的这篇
[图片]
Q:
这个RSC Advances 是不是就是Nature Communication， Scientific Report的类似物？
A:
大杂烩吧
算化学口的
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2015.09.09 08:07:53
Q:
求问，在什么理论水平下可以得出正确的三重态C2基态的轨道分布？
我尝试用UHF,UDFT，ROHF,RODFT都不能得出正确的轨道分布，而且同样的方法用gamess和gaussian得出的分布还不一样。。。
难道只能用MCSCF？
A:
什么叫正确的？轨道分布指什么？
两种方法给出的预测结果并没有多大区别嘛
Q:
轨道分布我指的是占据轨道和空轨道的排布顺序。三重态C2的成键是两个π键，没有sigma键，那么对于p轨道形成的分子轨道，应该是两个π轨道的能量较低吧，我试了几个方法，都得不出这个结果。。。
A:
这是单重态轨道分布。三重态就把一个pi beta电子变成alpha挪到sigma空轨道上
[图片]
这是b3lyp/6-31G* 0 3的结果，和期望的一致
[图片]
怎么成两个pi键？如果让两个pi轨道都是双占据的，成为三重态必须把一个sigma占据电子挪到sigma空轨道才行
Q:
那个单重态是没有问题的。但是三重态貌似不是这样的吧。。。我查了一些资料说三重态的成键是两个π键。比如gamess的uhf，其给出的beta占据轨道最后两个就是π。
A:
初猜是可以自己调的，想怎么调怎么调。
我贴出的高斯的结果用stable关键词检测是稳定的
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2015.09.09 08:17:53
Q:
请问计算亲核反应位点时（hishfeld 电荷），我使用简缩福井函数和双描述符得出的结论不一样，正常吗？如图
[图片]
做试验结果是GSH直接亲核加成上去了，之前判断是245其中一个，但计算后没有任何规律。[Emoticon]
A:
两种方法给出的预测结果并没有多大区别嘛
Q:
我可以根据CDD结果，写C5是最活跃的位点吗？[Emoticon]
A:
可以
我刚才看错了
建议你再考察下静电势
毕竟从f+和Hirshfeld电荷来看C4最可能反应
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2015.09.09 08:40:01
Q:
老师，寻找bcp临界点必须要都找出来吗，我要是只分析配合物中的金属氧键呢，谢谢
A:
找到感兴趣的就够了呢
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2015.09.09 08:45:50
Q:
Amber12可以做REMD嘛
A:
可以
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2015.09.09 08:47:03
Q:
老师，请教一个问题，就是我优化一个金属配合物的结构，开始在真空情况下已经优化好了，然后再加溶剂优化结构，可是一加溶剂优化，结果就并的很不稳，波动很大，请问这是为什么啊？
A:
换个溶剂模型试试
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2015.09.09 09:05:29
Q:
老师又麻烦您了，我现在找出来金属和氧之间的临界点，但是金属和临界点怎么没有显示键径连接呢
A:
别用赝势，或者用.wfx文件
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2015.09.09 09:07:59
Q:
请教sob老师如何提取高斯柔性扫描的各个点的结构？
A:
gv打开，切换到相应帧，保存就行了
Q:
有没有可以用脚本的方法因为结构比较多
A:
可以啊，就得自己写了
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2015.09.09 09:09:50
Q:
各位大神影响因子看哪个怎么会有两个影响因子
A:
一般说的都是两年期影响因子
Q:
老师能告诉我下催化学报影响因子多少吗我不知道哪个对
A:
群共享里 2014年SCI影响因子(2015公布) 一查就知道了，看2 year那列
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2015.09.09 09:33:58
Q:
[图片][图片][图片]
这种情况怎么办呢，也加了calcfc,怎么收敛不了
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.09.09 09:34:42
Q:
[图片] 老师您好，我有一个问题想请教一下，如果以H2O为例，计算出占据轨道系数，我想知道哪个原子的占据轨道系数最大，应该如何分析？
A:
用Multiwfn计算轨道成份
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Q:
[图片]老师，是不是得到这样的计算结果，在最后每个原子的成份结果，就可以用做占据轨道系数的比较！
A:
对于原子来说只能说轨道成份，不能说原子的什么系数
Q:
那如果想分析分子轨道系数，应该如何分析呢？
A:
你先弄清楚为什么要分析，分析它想干嘛
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2015.09.09 09:56:15
Q:
[图片]请问一下公式前面的[图片]表示什么意思啊
A:
近似等于
Q:
那这个公式的话用近似等号
为什么会在Fi后面加（）
如果说是力等于多少时，不应该是Fi [图片][图片]么
还是说[图片]在这里代表了其他的含义？
sob老师@Sobereva
A:
应该是指Fi这个函数的自变量可近似表示为那个加和
这肯定不能直接写约等于，因为肯定距离越远受力越小。所以只能是对自变量做那个约等于
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2015.09.09 10:06:34
Q:
sobereva老师，请问在计算的时候出现[图片]
这个问题要怎么办呢
我不明白是什么意思。
A:
硬盘不够
Q:
[图片]好的，我的计算分子之前是这样设置的。
A:
和这个没关系。你得确保scratch目录有足够空余空间
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